CuGenDBv2

Gene ID	Cucsat.G16631
Organism	Cucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	ctg24:1962610..1964938
RNA-Seq Expression	Cucsat.G16631
Synteny	Cucsat.G16631
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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A0A0A0KVK2 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A5A7TSB7 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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        LEEIRKNLSEFR+RSSVPPPS+LG TPSS SSSWQRGISFQ+LYK N+MRKG+D + AP +    GR GM  FDSI+ESLR+VSS++ MQ+E KSGDS+S
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Query:  LSAFKDSLKLKPSDP----VMGGTERLPVSVFGKEMKEKKDGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETES
        LSAFK+SLKLKP DP    V GGTERLP SVFGKEM ++K G+N G+KTEFVKMYS+ ELG KLR LRP+KEKGKNWFSLTELN+RL+KLRTMEEKETES
Subjt:  LSAFKDSLKLKPSDP----VMGGTERLPVSVFGKEMKEKKDGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETES

Query:  RIGGISFQDLRASLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTT
        +IGGISFQDLR SL++MK+SDDE+ KK T+QRLDI+GQL RTPN+ML+PP EHLVEKYFHPDNMSSAEK+KIELAKVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLTT
Subjt:  RIGGISFQDLRASLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTT

Query:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK
        KINHLTAVLHKKDKHSKKGLL MVQ RKKLLKYLRRTDW+SYCM+LN LG RDNPDYK
Subjt:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A6TEI4 30S ribosomal protein S15

6.4e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR
        AK+  +F   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV QR+KLL YL+R D   Y  ++  LGLR
Subjt:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR

A8F724 30S ribosomal protein S15

8.4e-13

Show/hide

Query:  ELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR
        E  K+ E+F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV +R+KLL+YLR+++ +SY  ++  L LR
Subjt:  ELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR

B0THS1 30S ribosomal protein S15

3.8e-13

Show/hide

Query:  KFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR
        KFK  E D GS  VQ+A LT +IN+LT  L  HKKD HS++GLL MV QR+ LL YL+RTD + Y  ++  LGLR
Subjt:  KFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR

B5XSX7 30S ribosomal protein S15

4.9e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR
        AK+  +F   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV QR+KLL YL+R D   Y  ++  LGLR
Subjt:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR

B5YEA9 30S ribosomal protein S15

8.4e-13

48.81

Show/hide

Query:  KIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR
        K E  ++ EKF+++E+D GS  VQ+A LT +I  LT  L  HKKD HS+ GLL M+ +R+KLLKYL+  D++ Y  ++  LGLR
Subjt:  KIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

1.9e-81

45.29

Show/hide

Query:  TNPSLIHLFSSNSSAPSDPN-----DETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLK---QDQQFSSSPSARRPADSFTSPFNRSTSPASKAASL---EEIRKNL
        +N SLI  F SNSS+ S P       E    S +SP  S SS + D++  LK   Q+QQ           +    PF+RS + +    S    + + KNL
Subjt:  TNPSLIHLFSSNSSAPSDPN-----DETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLK---QDQQFSSSPSARRPADSFTSPFNRSTSPASKAASL---EEIRKNL

Query:  SEFRNRSSVPPPSDLGSTPSSSSSWQRGISFQDLYKNNSMRKGEDSNDAPANSTGGGRIGMPFDSIKESLRKVSSARGMQSELKSGDSLSLSAFKDSLKL
        ++F+ RS+VPPP D G     S      IS   LYK ++     D  ++ A        G   +++ E+L+ + +     + +     + L +FK ++  
Subjt:  SEFRNRSSVPPPSDLGSTPSSSSSWQRGISFQDLYKNNSMRKGEDSNDAPANSTGGGRIGMPFDSIKESLRKVSSARGMQSELKSGDSLSLSAFKDSLKL

Query:  KPSDPVMGGTERLPVSVFGKEMKEKK--DGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETESRIGGISFQDLRA
                  E LP  +F  +M E K  +G+     TEF+  Y+ +ELG KLR LRP+ EK + WFSL ELN RLVKLR +EEKE + R    +F  LR 
Subjt:  KPSDPVMGGTERLPVSVFGKEMKEKK--DGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETESRIGGISFQDLRA

Query:  SLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKK
         +   K   +E  + ++ Q + IMG L   P Y L PP E LV+ YFHPDNMSSAEKMKIEL+KVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLTTKI HL++ LHKK
Subjt:  SLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKK

Query:  DKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK
        DKHS+KGLLGMVQ+RKKLLKYLRRTDWDSYC++L+ L LRDNPDYK
Subjt:  DKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

1.1e-89

47.06

Show/hide

Query:  MALQLTFKPKTPKTLTNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPSARRPADSFTSPFNRSTSPASKAAS
        MAL L  +PK  +  +NPSLIHLF    SS+SS+P D N+     S +S    ISSY S +R+ LKQ Q    S   +R    F         P +  + 
Subjt:  MALQLTFKPKTPKTLTNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPSARRPADSFTSPFNRSTSPASKAAS

Query:  LEEIRKNLSEFRNRSSVPPPSDLGSTPSSSSSWQRGISFQDLYKNNSMRKGEDSNDAPANSTGGGRI-GMPFDSIKESLRKV----SSARGMQSELKSGD
         ++IR+NL+EFR+R++ PPP D+                QDL+K N + K          S G  RI G+P  +IK +LR++    ++     + L    
Subjt:  LEEIRKNLSEFRNRSSVPPPSDLGSTPSSSSSWQRGISFQDLYKNNSMRKGEDSNDAPANSTGGGRI-GMPFDSIKESLRKV----SSARGMQSELKSGD

Query:  SLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVSVFGKEMKEKKDGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETE--
        ++  +   D+++   S+ + G  E LP SV GKE+ E++D     +K+EF+K Y   ELG KLR  RP+ +K + WFSL ELN RLVKLR MEE++ +  
Subjt:  SLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVSVFGKEMKEKKDGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETE--

Query:  SRIGGISFQDLRASLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLT
        S +      +LR+   +      + +K    Q  +I G L  TP YMLEPP + LVE YFHPDNMSSAEKMKIELAKVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLT
Subjt:  SRIGGISFQDLRASLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLT

Query:  TKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK
        TKI HL++VLHKKDKHS+KGL+ MVQ+RKKLLKY+RRTDWDSYC+ L+ LGLRDNPDYK
Subjt:  TKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

GTTTTTCCGACCCGACCCGGTTTTCCGTCCCAGAGGTTCATTTCTCAAACCCTAAGTCAGATTTCGGCGCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCATCAGTTTCCCATAC
AATGGCGCTTCAACTCACCTTCAAACCCAAAACCCCTAAAACTCTCACTAATCCTTCTCTCATCCATCTTTTCTCCTCCAATTCCTCTGCCCCATCTGATCCGAATGACG
AAACCGCCGATACATCCACTGCCTCACCTCGATCTTCCATCTCCTCTTATCTCAGCGATGTCAGAGCCCGCCTCAAACAGGACCAGCAATTTTCTTCTTCACCCTCCGCT
AGAAGACCTGCCGACTCATTCACTTCTCCTTTCAATCGCTCGACTTCTCCGGCTTCCAAAGCCGCCTCACTTGAAGAAATCAGAAAAAATCTCTCTGAATTTCGGAACCG
ATCGTCTGTGCCTCCTCCCTCCGACCTCGGTTCTACACCTTCCTCTTCTTCGTCTTGGCAGCGTGGTATCTCGTTTCAAGATCTGTACAAGAATAATAGCATGAGAAAGG
GTGAGGATAGTAATGATGCACCTGCAAATTCGACGGGAGGTGGCCGTATCGGTATGCCATTTGATTCTATTAAGGAGAGCTTACGGAAGGTGAGTTCAGCGAGGGGGATG
CAAAGTGAACTGAAGAGTGGGGATTCGTTGTCTTTATCGGCGTTTAAGGACAGCTTGAAATTGAAACCATCGGACCCGGTGATGGGTGGGACAGAGAGGTTACCAGTGTC
GGTTTTTGGGAAGGAAATGAAGGAAAAAAAAGATGGGAAGAATGTGGGATTGAAGACGGAGTTCGTGAAGATGTATAGCTATGATGAACTGGGAAATAAGTTGAGAAATT
TGAGGCCAGATAAAGAAAAAGGGAAGAATTGGTTTTCATTGACGGAGTTGAATGACAGGTTGGTGAAGCTTAGAACAATGGAGGAGAAGGAGACTGAGTCGAGAATTGGA
GGGATTTCATTTCAGGATTTGAGAGCGAGCTTGATGCAGATGAAGATTTCTGATGATGAAAGGGAAAAAAAAGCGACACTCCAGCGGCTCGATATCATGGGTCAGCTAGT
TCGAACACCAAACTATATGCTAGAACCTCCAAATGAACATCTTGTCGAGAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCATCTGCCGAAAAGATGAAAATTGAGCTAGCAAAAG
TTAGAGAAAAATTTAAAATGTCAGAATCAGACTGTGGATCTGCTCGTGTTCAAGTTGCTCAACTGACCACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTCCTGCACAAGAAGGAT
AAGCATTCTAAGAAAGGTCTGCTTGGAATGGTACAACAGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGATTGGGATTCCTACTGTATGATTCTTAACACACTTGG
TCTTCGAGACAACCCGGATTACAAGGCCTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

VFPTRPGFPSQRFISQTLSQISAPSSSSSSSSSVSHTMALQLTFKPKTPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPSA
RRPADSFTSPFNRSTSPASKAASLEEIRKNLSEFRNRSSVPPPSDLGSTPSSSSSWQRGISFQDLYKNNSMRKGEDSNDAPANSTGGGRIGMPFDSIKESLRKVSSARGM
QSELKSGDSLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVSVFGKEMKEKKDGKNVGLKTEFVKMYSYDELGNKLRNLRPDKEKGKNWFSLTELNDRLVKLRTMEEKETESRIG
GISFQDLRASLMQMKISDDEREKKATLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPNEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKKD
KHSKKGLLGMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMILNTLGLRDNPDYKA

Cucsat.G16631 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome