; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cucsat.G16990 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome

Gene IDCucsat.G16990
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationctg2465:100889..103072
RNA-Seq ExpressionCucsat.G16990
SyntenyCucsat.G16990
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.32e-11096.46Show/hide
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KGN53959.2 hypothetical protein Csa_021575 [Cucumis sativus]6.25e-10893.3Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]1.00e-116100Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]5.02e-11196.97Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]6.92e-10894.85Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.86e-117100Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.86e-117100Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.86e-117100Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.43e-11196.97Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.43e-11196.97Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR13.6e-3958.85Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 13.0e-3863.86Show/hide
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        G + + YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P G+  P RGGGRGGGRGGGRG  GG G  G GG RGGRGG   GGG     RGGGF
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.8e-3658.05Show/hide
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        G+ ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK              G    RGG RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG R GG
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 13.1e-5979.51Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 27.7e-5074.74Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein2.2e-6079.51Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein5.4e-5174.74Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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