; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cucsat.G2521 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome

Gene IDCucsat.G2521
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationctg1002:6224611..6226169
RNA-Seq ExpressionCucsat.G2521
SyntenyCucsat.G2521
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
P08221.1 RecName: Full=Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic; Short=CAB; Short=LHCP; Flags: Precursor [Cucumis sativus]6.46e-18999.61Show/hide
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A0A0A0KI21 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.53e-195100Show/hide
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A0A0A0KKK7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.97e-19499.25Show/hide
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A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.24e-18996.6Show/hide
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A0A5A7UBM9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.72e-18895.85Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.24e-18996.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic1.5e-14190.94Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)5.8e-14999.61Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.2e-14192.42Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.1e-14290.94Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic8.1e-14392.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 35.4e-13486.89Show/hide
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        MAAS MALSSP  AG+AV LSP A E+ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 25.4e-13486.89Show/hide
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        MAAS MALSSP  AG+AV LSP A E+ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.4e-13487.27Show/hide
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        MAAS MALSSP  AG+AVKLSP A E+ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.3e-13286.52Show/hide
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        MA+S MALSSP  AG+AVK  P A ++ G+ + TMRKT +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B19.8e-13687.59Show/hide
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        MAAS MALSSP L G+AVKLSP A E+ G  + TMRK +  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASAMALSSPTLAGQAVKLSPTAPEIQGNAKFTMRKTASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCCTCTGCAATGGCTCTTTCCTCCCCAACTCTGGCCGGCCAAGCCGTGAAACTCTCCCCCACTGCCCCTGAAATTCAGGGCAATGCAAAATTCACCATGAGGAA
GACTGCCAGCAAGTCAGTTTCCTCCGGCAGCCCGTGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCACCATCCTACCTTACCGGAGAGTTCC
CTGGTGACTACGGTTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGGTGTGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCTCGCAATGGTGTGAAGTTTGGTGAGGCTGTTTGGTTCAAGGCTGGATCTCAGATCTTCAGCGAGGGCGGGCTTGACTACTTGGG
CAACCCCAGCTTGGTCCATGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAGGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGGGTTACCGTATTGCTGGCGGCCCACTCGGAGAGG
TGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTTGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAATTGAAGGTTAAGGAGTTGAAGAATGGAAGGTTGGCA
ATGTTTTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCTTTGGAAAACTTGGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCATA
TGCCACAAACTTTGTTCCCGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTGCCTCTGCAATGGCTCTTTCCTCCCCAACTCTGGCCGGCCAAGCCGTGAAACTCTCCCCCACTGCCCCTGAAATTCAGGGCAATGCAAAATTCACCATGAGGAA
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ATGTTTTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCCATTGTTACTGGAAAGGGTCCTTTGGAAAACTTGGCTGACCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCATA
TGCCACAAACTTTGTTCCCGGAAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASAMALSSPTLAGQAVKLSPTAPEIQGNAKFTMRKTASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK