; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Cucsat.G9944 (gene) of Cucumber (B10) v3 genome

Gene IDCucsat.G9944
OrganismCucumis sativus L. var. sativus cv. B10 (Cucumber (B10) v3)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationctg1673:2073832..2078228
RNA-Seq ExpressionCucsat.G9944
SyntenyCucsat.G9944
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0042802 - identical protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.02e-12096.32Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]2.36e-12398.93Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]1.47e-12498.94Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]9.54e-128100Show/hide
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XP_023004543.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita maxima]6.93e-12197.35Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ217.10e-12598.94Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X11.14e-12398.93Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X11.54e-11995.77Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like5.19e-12096.3Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like3.36e-12197.35Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ223.0e-5970.2Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.2e-6371Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A1.1e-5365.45Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ216.1e-5264.21Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A4.8e-5768.39Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 218.4e-6571Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 218.4e-6571Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.0e-6269.5Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 222.1e-6070.2Show/hide
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 222.1e-6070.2Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACTCGAGTTTATATTGGTAATCTGGATCCACGCGTTACGGAGAGGGATCTCGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCC
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GTGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAGCCTGGACATTTTGCTCGT
GAATGCCGTTCACGTGGGGGCTCACGAGGTGTTGGAGGTGGTCTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGTCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGTAA
CAGTCCTCGTGGTAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGTAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGTCATGCTCGTCGTGCTTCACCTT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTRVYIGNLDPRVTERDLEDEFRMFGVLRSVWVARRPPGYAFIEFDDRRDALDAIQALDGKNGWRVELSHNSKGGGGGGGRRGRGGGGGGGGGGDDLKCYECGEPGHFAR
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