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HG10001657 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10001657
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationChr09:19177735..19178538
RNA-Seq ExpressionHG10001657
SyntenyHG10001657
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ABF17940.1 putative chloroplast chlorophyll a/b-binding protein [Carya cathayensis]1.8e-14794.01Show/hide
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XP_038901990.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1 [Benincasa hispida]5.1e-15098.13Show/hide
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A0A0A0KGD7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.2e-14997.38Show/hide
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A0A1S3C301 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.2e-15097.75Show/hide
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A0A2I4H7D3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.7e-14894.01Show/hide
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Q1KLZ3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.7e-14894.01Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P04783 Chlorophyll a-b binding protein 91R, chloroplastic4.0e-14289.51Show/hide
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P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic5.3e-14289.89Show/hide
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P12333 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.6e-14490.26Show/hide
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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic1.4e-14289.51Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic4.8e-14389.89Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.1e-13788.06Show/hide
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.1e-13788.06Show/hide
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        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP  S++LG GR+TMRKTV KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.8e-13888.43Show/hide
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        MAAS+MALSSP+ AG+AVKLSP  S++LG GR+TMRKTV KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
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        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B23.1e-13788.43Show/hide
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        MA+S+MALSSP+ AG+AVK  P  SD+LG GR+TMRKTV KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
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        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B14.4e-13687.69Show/hide
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        MAAS+MALSSP+L G+AVKLSP  S++ G GRITMRK      P  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
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Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
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Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TTTGGGGAACCCGAGCCTAATCCACGCTCAGAGCATTTTAGCCATTTGGGCTTCTCAAGTTGTGCTAATGGGTGCGGTTGAGGGGTACAGAATTGCCGGCGGACCATTGG
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TTGGCTATGTTTTCGATGTTTGGTTTCTTTGTACAGGCGATTGTGACTGGGAAAGGGCCCTTGGAGAATTTGGCTGATCATTTGGCTGACCCTGTTAACAATAATGCTTG
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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LAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK