; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10001662 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10001662
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptionprotodermal factor 1-like
Genome locationChr09:19234091..19234978
RNA-Seq ExpressionHG10001662
SyntenyHG10001662
Gene Ontology termsGO:0016020 - membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR039923 - Protodermal factor 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004143175.1 protodermal factor 1 [Cucumis sativus]7.9e-10786.83Show/hide
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XP_008456355.1 PREDICTED: protodermal factor 1-like [Cucumis melo]5.7e-10586.83Show/hide
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XP_022149747.1 protodermal factor 1-like [Momordica charantia]5.7e-10587.29Show/hide
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        TTPVDPGTP+ PSTP  P  PF  TCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGA+LREGTASYLNSLA+N FPFTT
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        KQVR+SFVSALSSN+AAADQA  FKLANEGK+KPRA
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XP_022947015.1 protodermal factor 1-like [Cucurbita moschata]4.3e-10583.94Show/hide
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        ASYLNSLASNRFPFTTKQV++SFVSAL+SNRAAADQAN FKLANEGKIK
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XP_038900371.1 protodermal factor 1-like [Benincasa hispida]3.0e-11491.39Show/hide
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        MR+KQAS LLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSI DQKSYYSPP DPH+GTPPTGSHSSP PPSHGYGG+PPHYSTPTPSTPS PPS GGGYYNPPSSGGGSP
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Query:  PTTPVDPGT---------PTTPSTPSTPTTPFTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLA
        PTTPVDPGT         P+TPSTPS PTTPFTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLA
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KF76 Uncharacterized protein3.8e-10786.83Show/hide
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        MRSKQ SAL+FTLLAGLLSQSLLIPV STSI DQKSYYSPPDPH+G+PP+GSHSSP PPSHG GGT PHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYNPPSS GGSPP
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        +TPVDPGTP+TPSTPS P+T         PFTC YWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREGTASYLNSLAS
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        NRFP+TTKQVRTSFVSALSSN+AA +QANTFKLANEGKIKPRA
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A0A1S3C4A9 protodermal factor 1-like2.7e-10586.83Show/hide
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        MRSKQASALLFTLLAGLLSQSLLIPV STSI DQKSYYSPPDPH+G+PP+GSH SP PPSHG GGT PHYSTPTPST    PSGGGGYYNPPSS GGSPP
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Query:  TTPVDPGTPTTPSTPST---------PTTPFTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLAS
        +TPVDPGTP+TPSTPS          PTTPFTCNYWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREGTASYLNSLAS
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A0A5A7UHX0 Protodermal factor 1-like2.7e-10586.83Show/hide
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        +TPVDPGTP+TPSTPS          PTTPFTCNYWLNHPG+IWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DG+GALLREGTASYLNSLAS
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A0A6J1D8U7 protodermal factor 1-like2.7e-10587.29Show/hide
Query:  MRSKQASALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYYSPPDPHAGTPPTGSHSSPTPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPP
        MRSKQASALLFTLLAGLLS SL+IPVFS++I DQKSYYS PDPHAGTPPTG+H++P PP HGYGGTPPH  TPTPSTP NPPSGGGGYYNPPSSGGGSPP
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Query:  TTPVDPGTPTTPSTPSTPTTPF--TCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTT
        TTPVDPGTP+ PSTP  P  PF  TCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGA+LREGTASYLNSLA+N FPFTT
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        KQVR+SFVSALSSN+AAADQA  FKLANEGK+KPRA
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A0A6J1G5M6 protodermal factor 1-like2.1e-10583.94Show/hide
Query:  MRSKQASALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYYSPPDPHAGTPPTGSHSSPTPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPP
        MR+KQAS LLFTLLAGLLSQSLLIPV ST+I DQKSYYSPPDPHAGTPPTGSHS+P PPSHGYGGTPPHYSTPTPSTP+  PSGG GYYNPPS  GGS P
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Query:  TTPVDPGTPTTPSTPS------------------TPTTPFTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGT
        TTPVDPGTP+TPSTPS                  TPTTPFTCN+WLNHPGMIWGVLGWWGTLGN FGATNVPGFGTNLNLLQALSNTR DGFGALLREGT
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Query:  ASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQANTFKLANEGKIK
        ASYLNSLASNRFPFTTKQV++SFVSAL+SNRAAADQAN FKLANEGKIK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9S728 Protodermal factor 11.1e-4745.03Show/hide
Query:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYY-SPPDPHAGTPPT-----------------GSHSSPTPPSH---------------------------
        S  ++ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP    GTPP+                  + S P+PPSH                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYY-SPPDPHAGTPPT-----------------GSHSSPTPPSH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPTTPSTPST-PTTPFTCNYWLNHPGMIW
               +  TP H STP+  TPS+PPS  GGYY+           PPS          GGSPPT  +DPGTP TP  P+  P    TC+YW NHP +IW
Subjt:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPTTPSTPST-PTTPFTCNYWLNHPGMIW

Query:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQANTFKLANEGKIK
        G+LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSN+AA  QA+TFKLANEG++K
Subjt:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQANTFKLANEGKIK

Query:  PR
        PR
Subjt:  PR

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G42840.1 protodermal factor 18.0e-4945.03Show/hide
Query:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYY-SPPDPHAGTPPT-----------------GSHSSPTPPSH---------------------------
        S  ++ L A LLSQ L   V S    D K+YY SPP    GTPP+                  + S P+PPSH                           
Subjt:  SALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYY-SPPDPHAGTPPT-----------------GSHSSPTPPSH---------------------------

Query:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPTTPSTPST-PTTPFTCNYWLNHPGMIW
               +  TP H STP+  TPS+PPS  GGYY+           PPS          GGSPPT  +DPGTP TP  P+  P    TC+YW NHP +IW
Subjt:  ------GYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYN-----------PPSS--------GGGSPPTTPVDPGTPTTPSTPST-PTTPFTCNYWLNHPGMIW

Query:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQANTFKLANEGKIK
        G+LGWWGT+G AFG     +++PGF  ++NLLQALSNTR+D  GAL REGTAS+LNS+ +++FPFTT QVR  FV+ LSSN+AA  QA+TFKLANEG++K
Subjt:  GVLGWWGTLGNAFGA----TNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQANTFKLANEGKIK

Query:  PR
        PR
Subjt:  PR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTTCTTTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTTTCTCAAAGCCTGCTCATCCCTGTATTCTCCACCTCCATTGTTGACCAGAAAAGCTA
TTACTCTCCTCCAGACCCACATGCTGGAACTCCCCCAACAGGTTCACATAGCAGCCCTACCCCACCATCACATGGTTATGGAGGAACGCCGCCGCATTACTCCACACCAA
CTCCTTCCACACCGTCAAACCCTCCGTCTGGTGGTGGTGGATACTACAACCCTCCATCTTCCGGTGGCGGTAGCCCACCAACCACCCCTGTAGATCCAGGCACTCCAACT
ACTCCAAGCACACCAAGCACTCCCACTACTCCTTTCACCTGCAATTATTGGCTGAATCATCCAGGAATGATATGGGGAGTATTGGGATGGTGGGGAACATTGGGAAATGC
CTTTGGAGCAACCAATGTCCCAGGGTTTGGAACAAATCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCAAACACAAGGACTGATGGGTTTGGGGCCCTTTTAAGGGAAGGCACTGCTT
CATACCTCAACTCTCTTGCCAGTAACAGATTCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTAGGACGAGTTTCGTCTCGGCACTCAGCTCCAACAGAGCAGCAGCTGATCAGGCCAAC
ACCTTCAAGTTAGCCAACGAGGGGAAAATTAAACCCAGAGCCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGAAGCAAACAAGCTTCTGCTCTTCTTTTCACTTTGCTTGCTGGGCTGCTTTCTCAAAGCCTGCTCATCCCTGTATTCTCCACCTCCATTGTTGACCAGAAAAGCTA
TTACTCTCCTCCAGACCCACATGCTGGAACTCCCCCAACAGGTTCACATAGCAGCCCTACCCCACCATCACATGGTTATGGAGGAACGCCGCCGCATTACTCCACACCAA
CTCCTTCCACACCGTCAAACCCTCCGTCTGGTGGTGGTGGATACTACAACCCTCCATCTTCCGGTGGCGGTAGCCCACCAACCACCCCTGTAGATCCAGGCACTCCAACT
ACTCCAAGCACACCAAGCACTCCCACTACTCCTTTCACCTGCAATTATTGGCTGAATCATCCAGGAATGATATGGGGAGTATTGGGATGGTGGGGAACATTGGGAAATGC
CTTTGGAGCAACCAATGTCCCAGGGTTTGGAACAAATCTCAACTTGCTCCAAGCACTTTCAAACACAAGGACTGATGGGTTTGGGGCCCTTTTAAGGGAAGGCACTGCTT
CATACCTCAACTCTCTTGCCAGTAACAGATTCCCCTTCACAACCAAGCAAGTTAGGACGAGTTTCGTCTCGGCACTCAGCTCCAACAGAGCAGCAGCTGATCAGGCCAAC
ACCTTCAAGTTAGCCAACGAGGGGAAAATTAAACCCAGAGCCTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRSKQASALLFTLLAGLLSQSLLIPVFSTSIVDQKSYYSPPDPHAGTPPTGSHSSPTPPSHGYGGTPPHYSTPTPSTPSNPPSGGGGYYNPPSSGGGSPPTTPVDPGTPT
TPSTPSTPTTPFTCNYWLNHPGMIWGVLGWWGTLGNAFGATNVPGFGTNLNLLQALSNTRTDGFGALLREGTASYLNSLASNRFPFTTKQVRTSFVSALSSNRAAADQAN
TFKLANEGKIKPRA