; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10004441 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10004441
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionSerine/arginine-rich splicing factor SC35-like
Genome locationChr08:17112399..17115597
RNA-Seq ExpressionHG10004441
SyntenyHG10004441
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0064834.1 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like [Cucumis melo var. makuwa]4.4e-12296.84Show/hide
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KAG6598682.1 Serine/arginine-rich splicing factor SC35, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.0e-12095.63Show/hide
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XP_031736561.1 serine/arginine-rich splicing factor SC35 isoform X1 [Cucumis sativus]2.4e-12094.94Show/hide
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A0A0A0LQG4 RRM domain-containing protein1.2e-12297.21Show/hide
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A0A1S3BCG4 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like1.8e-12196.81Show/hide
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A0A5A7VC44 Serine/arginine-rich splicing factor SC35-like2.1e-12296.84Show/hide
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A0A6J1HFJ8 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X22.2e-11995.24Show/hide
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A0A6J1K4H2 serine/arginine-rich splicing factor SC35-like isoform X29.9e-12095.24Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q01130 Serine/arginine-rich splicing factor 21.0e-2545.74Show/hide
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Q06A98 Serine/arginine-rich splicing factor 21.0e-2545.74Show/hide
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Q3MHR5 Serine/arginine-rich splicing factor 21.0e-2545.74Show/hide
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Q62093 Serine/arginine-rich splicing factor 21.0e-2545.74Show/hide
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Q9FMG4 Serine/arginine-rich splicing factor SC352.8e-6361.9Show/hide
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        I KGRV+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDD+R+KDYR+RSRSRS +R  R+R    +R+ R R+RSRSASPD  K R 
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Query:  RGRDDDDERRSASHS-DRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS
        RGR D++ R   SHS   S SP R SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G55310.1 SC35-like splicing factor 337.5e-1137.8Show/hide
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        SLLV N+      +DL   F+++G V D+++PRD  TGD RGF FV++    +A  A   +DG +L GRE+ V FA+     E  +K   M +  +  GR
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Query:  ------------SRSRSPRSRH-RDDHRDKDY-----RR---RSRSRSRERYDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRSKDRRRGRDDDDERRSASHSD-RS
                    SRSRSP  R  R   R  DY     RR   RS S   ERYD  R +        SR RS +P R K R         RRS S S  RS
Subjt:  ------------SRSRSPRSRH-RDDHRDKDY-----RR---RSRSRSRERYDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRSKDRRRGRDDDDERRSASHSD-RS

Query:  MSPTRHSPDTRRSISPRRT---PPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSP
         SP   SP   RS+SPRR+    P R R     SP+    S   +P  SRS SP
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AT3G13570.1 SC35-like splicing factor 30A1.1e-0935.1Show/hide
Query:  FGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRK
        FG S   D+    SLLV N+      +DL   F+++G V D+++PRD  TGD RGF F+++    +A +A  ++DG +L GRE+ V FA+   N +K  +
Subjt:  FGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRK

Query:  GRVMESSSKA-RGRSRSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSR-----------SRERYDRDRPHRSERERYR------SRSRSASPDRSKDRRRGRDDDDER
         R  +   ++ R + R RSP    R     +  R RSRSR           SR    +DR +  ER   R      SR RS SP R K   R       R
Subjt:  GRVMESSSKA-RGRSRSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSR-----------SRERYDRDRPHRSERERYR------SRSRSASPDRSKDRRRGRDDDDER

Query:  RSAS-HSDRSMSPTR---HSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSP
        RS S   +RS +P +    SP  R+S SP  TP  RG  + + SP
Subjt:  RSAS-HSDRSMSPTR---HSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSP

AT5G18810.1 SC35-like splicing factor 286.3e-1033.16Show/hide
Query:  LLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRKGRVMESSSKARG--
        LL+ N+      +DL   F+++G + D+++PR+  TG+ RGF FV+Y+YA++A +A+ +++ +++ GREI + FA+   N +  ++ R    +S   G  
Subjt:  LLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRKGRVMESSSKARG--

Query:  -RSRSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERERYRSRSRSASP--DRSKDRRRGRDDDDERRSASHSDRSMSPTR
         R+  RSPR R+R   R +   RR    S+ R D      S R R RS SRS  P  +R    R  R   +ER       R +S +R
Subjt:  -RSRSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERERYRSRSRSASP--DRSKDRRRGRDDDDERRSASHSDRSMSPTR

AT5G64200.1 ortholog of human splicing factor SC352.0e-6461.9Show/hide
Query:  MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEK
        MSHFGRSGPPDI DTYSLLVLNITFRTTADDLYPLF KYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKY DEA KA+++LDGR++DGREI VQFAKYGPNAEK
Subjt:  MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEK

Query:  IRKGRVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERE-RYRSRSRSASPDRSKDRR
        I KGRV+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDD+R+KDYR+RSRSRS +R  R+R    +R+ R R+RSRSASPD  K R 
Subjt:  IRKGRVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERE-RYRSRSRSASPDRSKDRR

Query:  RGRDDDDERRSASHS-DRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS
        RGR D++ R   SHS   S SP R SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
Subjt:  RGRDDDDERRSASHS-DRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS

AT5G64200.2 ortholog of human splicing factor SC352.0e-6461.9Show/hide
Query:  MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEK
        MSHFGRSGPPDI DTYSLLVLNITFRTTADDLYPLF KYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKY DEA KA+++LDGR++DGREI VQFAKYGPNAEK
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Query:  IRKGRVME---SSSKARGRS--------------------RSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERE-RYRSRSRSASPDRSKDRR
        I KGRV+E    S ++R RS                    RSRSPR R RDD+R+KDYR+RSRSRS +R  R+R    +R+ R R+RSRSASPD  K R 
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Query:  RGRDDDDERRSASHS-DRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS
        RGR D++ R   SHS   S SP R SP   RS SP++T P+R     E SP        DK  + RSPSP +S
Subjt:  RGRDDDDERRSASHS-DRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRSDDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCGCATTTTGGAAGATCAGGGCCTCCCGATATCAGAGATACTTACTCACTTCTCGTCCTCAACATCACTTTCCGAACCACCGCCGATGATCTTTACCCCCTTTTCGA
CAAGTATGGAAAAGTCGTCGATGTCTTCATCCCCAGAGACCGCAGGACTGGGGATTCCCGAGGATTTGCGTTTGTTCGATACAAGTATGCGGATGAAGCACAGAAGGCAA
TTGATAAGCTTGACGGACGAATGTTGGATGGTAGAGAAATTATGGTTCAATTCGCTAAGTATGGTCCCAATGCTGAGAAAATTCGTAAGGGGAGAGTAATGGAGTCATCA
TCGAAGGCAAGGGGAAGATCAAGGAGTCGCAGTCCACGTTCAAGGCACCGTGATGACCATAGGGATAAGGATTACAGGAGGAGAAGTCGCAGTAGAAGCCGGGAGAGATA
TGATCGTGATAGACCCCACAGAAGTGAGAGAGAACGCTATCGTAGTAGGAGTCGTAGTGCTAGTCCTGACCGTAGTAAAGATCGTAGGAGGGGAAGAGATGATGATGATG
AACGGCGTAGTGCTAGCCACTCTGACAGAAGCATGTCGCCCACCCGACATTCCCCTGATACTCGGAGAAGCATATCTCCACGTAGGACACCACCATCTAGAGGTAGAAGT
GACGATGAACATTCGCCAAAGATAGATAATGGCTCACCGGATGATAAACCAGTTGATTCTCGAAGTCCATCTCCTGCTAAATCCGATGCGGATGTGAGTCAACCTACCAT
GCTTATTACTTGTTGCTTATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCGCATTTTGGAAGATCAGGGCCTCCCGATATCAGAGATACTTACTCACTTCTCGTCCTCAACATCACTTTCCGAACCACCGCCGATGATCTTTACCCCCTTTTCGA
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GACGATGAACATTCGCCAAAGATAGATAATGGCTCACCGGATGATAAACCAGTTGATTCTCGAAGTCCATCTCCTGCTAAATCCGATGCGGATGTGAGTCAACCTACCAT
GCTTATTACTTGTTGCTTATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSHFGRSGPPDIRDTYSLLVLNITFRTTADDLYPLFDKYGKVVDVFIPRDRRTGDSRGFAFVRYKYADEAQKAIDKLDGRMLDGREIMVQFAKYGPNAEKIRKGRVMESS
SKARGRSRSRSPRSRHRDDHRDKDYRRRSRSRSRERYDRDRPHRSERERYRSRSRSASPDRSKDRRRGRDDDDERRSASHSDRSMSPTRHSPDTRRSISPRRTPPSRGRS
DDEHSPKIDNGSPDDKPVDSRSPSPAKSDADVSQPTMLITCCL