; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10006673 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10006673
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationChr07:20912877..20914229
RNA-Seq ExpressionHG10006673
SyntenyHG10006673
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]4.1e-18489.88Show/hide
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XP_022946029.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita moschata]3.7e-18590.46Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LKX6 Uncharacterized protein7.2e-18792.82Show/hide
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A0A1S3C7N3 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.5e-18993.97Show/hide
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A0A5A7V7E5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like4.5e-18993.97Show/hide
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A0A6J1G2M8 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.8e-18590.46Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.2e-18189.31Show/hide
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Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 287.1e-2236.06Show/hide
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        Y DW+DD+
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 313.3e-1135.34Show/hide
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        K+K C KF++   CP+G+ C+F H  P  ++            ++  T    +N  + + P P+RA          A GN  P S  KT++CTK+     
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        C FGDKCHFAHG+ EL
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 567.5e-4835.86Show/hide
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        + C+KFY  E CPYGD C FLH       D+  + RES AIS+    +P + G        S A + + + A   NG + +PS WKT++C KWE+TG+CP
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        FG KCHFAHG +EL    GG    +   ++A  + K  +V+ +AP    ++ TT +P + V                 GQ ++ + KWKGP KI+RIY D
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Query:  WLDD
        W+D+
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Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 127.7e-4533.6Show/hide
Query:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNSSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE
        +    D +  W+  P N   D          P K+ R S  + S+    + S+ ++R         K I  +FFKT++C KF+ G C    +CNFAH VE
Subjt:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNSSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE

Query:  DMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI
        ++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+
Subjt:  DMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI

Query:  GTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGN---------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASSAALNVKP-
        G  G     G  S         S S    L   G          ++PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL    GG   E     ++  P 
Subjt:  GTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGN---------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASSAALNVKP-

Query:  ----------------LI---VAMEAPSSLTTSV----PSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
                        L+   V   A +S  T V     SSAV +    +   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ----------------LI---VAMEAPSSLTTSV----PSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 391.6e-8249.85Show/hide
Query:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSP---IPYSNSS---LNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGI
        QSQ   Q  P  KR R  ++N  +P    P  +SS   +   ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NWQEIVG 
Subjt:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSP---IPYSNSS---LNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGI

Query:  KEDDQS--------------------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPE
            Q                      +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + + S+  E
Subjt:  KEDDQS--------------------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPE

Query:  PSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASS--AALNVKPLIVAMEA----PSSLTTSVPSSAVP
         +R  S  V   +   G V+  +WKT+LC K++ITG CPFGDKCHFAHGQ+EL  S+G  EGEA +  A++N + ++ A EA    P +  T+  S    
Subjt:  PSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASS--AALNVKPLIVAMEA----PSSLTTSVPSSAVP

Query:  EGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME
        EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  EGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein5.5e-4633.6Show/hide
Query:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNSSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE
        +    D +  W+  P N   D          P K+ R S  + S+    + S+ ++R         K I  +FFKT++C KF+ G C    +CNFAH VE
Subjt:  YGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNSSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVE

Query:  DMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI
        ++R+PPPNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+
Subjt:  DMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISI

Query:  GTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGN---------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASSAALNVKP-
        G  G     G  S         S S    L   G          ++PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL    GG   E     ++  P 
Subjt:  GTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGN---------VRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASSAALNVKP-

Query:  ----------------LI---VAMEAPSSLTTSV----PSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
                        L+   V   A +S  T V     SSAV +    +   KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  ----------------LI---VAMEAPSSLTTSV----PSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein2.1e-0526.17Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R    + +                       K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein2.1e-0526.17Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G  C FAHG++++R    + +                       K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein5.0e-2336.06Show/hide
Query:  KMKLCRKFYNGEECPY-GDRCNFLHE---------DPAKFRD---DSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWK
        K KLC KF  G  CPY    C+F H           P  +++   ++ R RES A+S+G  G                    +V+  L++        WK
Subjt:  KMKLCRKFYNGEECPY-GDRCNFLHE---------DPAKFRD---DSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWK

Query:  TKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGR-EGE---ASSAALNVK-----PLIVAMEAP--SSLTTSVPSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRI
        T++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL    GG  EGE    +SA L+ K       + ++ +P  SS  TS   +  P G   Q   KWKGP KI+R+
Subjt:  TKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGR-EGE---ASSAALNVK-----PLIVAMEAP--SSLTTSVPSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRI

Query:  YADWLDDL
        Y DW+DD+
Subjt:  YADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.1e-8349.85Show/hide
Query:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSP---IPYSNSS---LNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGI
        QSQ   Q  P  KR R  ++N  +P    P  +SS   +   ++PP  PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NWQEIVG 
Subjt:  QSQFEVQQSP-FKRARNSEENQSSP---IPYSNSS---LNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGI

Query:  KEDDQS--------------------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPE
            Q                      +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + + S+  E
Subjt:  KEDDQS--------------------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPE

Query:  PSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASS--AALNVKPLIVAMEA----PSSLTTSVPSSAVP
         +R  S  V   +   G V+  +WKT+LC K++ITG CPFGDKCHFAHGQ+EL  S+G  EGEA +  A++N + ++ A EA    P +  T+  S    
Subjt:  PSRATSCSVSDALRANGNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASS--AALNVKPLIVAMEA----PSSLTTSVPSSAVP

Query:  EGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME
        EG+ K+CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   ST  +E
Subjt:  EGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSTSKME


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATTAGAGCCTCTGTTATACCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATCCATT
TGATCCACAATCACAATTTGAGGTACAACAGTCTCCATTTAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTATCCCTTATTCAAATTCATCCTTGAATTCTA
GAGTGCACCCACCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAATAAGCAATATCTTTTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCAAGTTGT
AACTTTGCTCATGGTGTTGAAGACATGAGACAACCACCACCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATAAAGGAGGATGATCAATCAGTAAGCAATTGGAATGATGATCAGAA
GATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTCTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCACGAAGATCCTGCTAAGTTTAGAGATGATT
CAGGTAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGTTATCCTGAACCTAGCAGGGCAACTTCTTGTTCT
GTTTCTGATGCTCTTCGAGCTAATGGAAATGTTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGTTATGCACCAAGTGGGAGATTACAGGTCACTGCCCCTTCGGTGACAAGTGTCA
TTTTGCTCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCTATTGGTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAGTGCTGCCCTCAATGTAAAGCCTCTAATTGTGGCCATGGAAGCACCTT
CAAGTTTGACGACTAGTGTTCCATCCTCTGCTGTACCAGAGGGCCAGGCGAAGCAGTGTTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCCGATTGG
CTCGATGATTTGCCTCTATCACCAAGCTCAACAAGCAAAATGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGTTTCAATGATATTAGAGCCTCTGTTATACCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCTAATGGCGATGCGTCTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATCCATT
TGATCCACAATCACAATTTGAGGTACAACAGTCTCCATTTAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTATCCCTTATTCAAATTCATCCTTGAATTCTA
GAGTGCACCCACCAAATGCTCCAGTGAATAAAGGAATAAGCAATATCTTTTTTAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCAAGTTGT
AACTTTGCTCATGGTGTTGAAGACATGAGACAACCACCACCAAATTGGCAAGAAATTGTTGGTATAAAGGAGGATGATCAATCAGTAAGCAATTGGAATGATGATCAGAA
GATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTCTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGTAATTTTCTTCACGAAGATCCTGCTAAGTTTAGAGATGATT
CAGGTAGGTTTAGGGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGAACCACAGGAACTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGTTATCCTGAACCTAGCAGGGCAACTTCTTGTTCT
GTTTCTGATGCTCTTCGAGCTAATGGAAATGTTAGGCCTTCATTCTGGAAGACGAAGTTATGCACCAAGTGGGAGATTACAGGTCACTGCCCCTTCGGTGACAAGTGTCA
TTTTGCTCATGGCCAATCTGAGTTACAACTATCTATTGGTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAGTGCTGCCCTCAATGTAAAGCCTCTAATTGTGGCCATGGAAGCACCTT
CAAGTTTGACGACTAGTGTTCCATCCTCTGCTGTACCAGAGGGCCAGGCGAAGCAGTGTTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATAAATCGGATCTATGCCGATTGG
CTCGATGATTTGCCTCTATCACCAAGCTCAACAAGCAAAATGGAGGGTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDIRASVIPPPLHSYGANGDASGCWSQFPRNDPFDPQSQFEVQQSPFKRARNSEENQSSPIPYSNSSLNSRVHPPNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGASC
NFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIKEDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGTPLMNGSDSSYPEPSRATSCS
VSDALRANGNVRPSFWKTKLCTKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSIGGREGEASSAALNVKPLIVAMEAPSSLTTSVPSSAVPEGQAKQCLLKWKGPKKINRIYADW
LDDLPLSPSSTSKMEG