; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10006688 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10006688
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionRRM domain-containing protein
Genome locationChr07:21010836..21014447
RNA-Seq ExpressionHG10006688
SyntenyHG10006688
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK10694.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 25 [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-17193.06Show/hide
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XP_004139331.2 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa [Cucumis sativus]1.2e-16789.17Show/hide
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XP_008457973.1 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 25 [Cucumis melo]1.5e-17092.49Show/hide
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XP_023547216.1 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.0e-16691.04Show/hide
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XP_038889756.1 serine/threonine-protein kinase prpf4B [Benincasa hispida]3.2e-17394.51Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LIV9 RRM domain-containing protein5.7e-16889.17Show/hide
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A0A1S3C6W1 zinc finger CCCH domain-containing protein 257.3e-17192.49Show/hide
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A0A5A7V7D5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 257.3e-17192.49Show/hide
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A0A5D3CHM1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 256.6e-17293.06Show/hide
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A0A6J1G3E0 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa1.1e-16691.04Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22703 Glycine-rich RNA-binding protein RZ1B2.3e-1236.31Show/hide
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        +S I+VGGL +D TE  L   FD YG +   +I+  R T R + +GF+TFT+ R A DAIK M GR +  +V+ VN  + + GG                
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         G E   F   R   W RD     D D +R+R     R R  D    RDR  + DL++ER  E   DR +  D   DRD
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Q18409 Probable splicing factor, arginine/serine-rich 66.6e-1235.03Show/hide
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        D+ +YVGGLP DAT   L  IFD +G +  V +      R   + FV + + R A DA++ +DG  I G   RV    G +  GGGR          GR+
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Query:  SNRFDVERDVSWERDRDRGRDYDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDK-------ERGYEHSLDRDLPKDKLLDR
         + +  +R  S  R RDRGRD   DR R R R+    R R+RSRE +  +       ER   HS  R   + +   R
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Q54PM6 Uncharacterized protein DDB_G02844597.8e-0529.6Show/hide
Query:  KDMDGRTIEGRVVRVNGVKSRGGGRFGRESNRFDVERDVSWERDRDRGRDYDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDKERGYEHSLDRDLPKDKLLDRD
        +D   RT  GR             R  RE +R D +RD   +RDRDR RD D  R R  G   +  RDRDRS   D D++R  +   DRD  +D+  DRD
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Query:  PELEKTSKDNEKVHDLKLNHDQDWEKDHGEDWSGGGGIDNTDDYDKSLDNDRDQL-SRRDNGVTIEGRTARDLSSDSSDDYIHELKEQLEISTERLEELR
         + ++  +D ++  D   + D+D +  +  + S     +N ++ + + +N+ ++  +  +N         RD + D S   +   K + E   E+L  +R
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Query:  KEISQIEERSGEKGKLVIELQKK
         +I QI+E + +  KL  ELQ K
Subjt:  KEISQIEERSGEKGKLVIELQKK

Q66II8 U1 small nuclear ribonucleoprotein 70 kDa3.6e-1029.48Show/hide
Query:  DDDSSIYVGGLPYDATEDSLRRIFDLYGAVVAVKII-NDRTTRGKCYGFVTFTNPRSAIDAIKDMDGRTIEGRVVRVNGVKSR----------GGGRFG-
        D   +++V  + YD TE  LRR F++YG +  + ++ N R+ + + Y F+ + + R    A K  DG+ I+GR V V+  + R          GGG  G 
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Query:  ---------RESNRFDV----ERDVSWERDRD---RGRDYDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDKERGYEHSLDRDLPKDKLLDRDPELEKTSKDNE
                 R S R D     ERD   ER+RD   R R+ D +R R R R+ +  R R RSRE + +++R  E S D+D  KDK  D++ + +K      
Subjt:  ---------RESNRFDV----ERDVSWERDRD---RGRDYDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDKERGYEHSLDRDLPKDKLLDRDPELEKTSKDNE

Query:  KVHDLKLNHDQDWEKDHGEDWSGGGGIDNTDDYDKSLDNDRDQLSRRDNGV
        +    +   ++D +++  ED   G       +  +S+D  +D     D G+
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Q9FNR1 Glycine-rich RNA-binding protein 3, mitochondrial4.1e-1448.28Show/hide
Query:  SSIYVGGLPYDATEDSLRRIFDLYGAVVAVKIINDRTT-RGKCYGFVTFTNPRSAIDAIKDMDGRTIEGRVVRVNGVKSR-GGGRFG
        S +++GG+ Y   EDSLR  F  YG VV  ++I DR T R + +GFVTFT+  +A  AI+ +DGR + GRVV+VN    R  GG FG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G39260.1 cold, circadian rhythm, and RNA binding 11.2e-1343.37Show/hide
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        +VGGL +   ++ L+R F  +G V+  KIINDR + R + +GFVTF + ++  DAI++M+G+ ++GRV+ VN  +SRG G  G
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AT4G39260.2 cold, circadian rhythm, and RNA binding 11.2e-1343.37Show/hide
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        +VGGL +   ++ L+R F  +G V+  KIINDR + R + +GFVTF + ++  DAI++M+G+ ++GRV+ VN  +SRG G  G
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AT4G39260.3 cold, circadian rhythm, and RNA binding 11.2e-1343.37Show/hide
Query:  YVGGLPYDATEDSLRRIFDLYGAVVAVKIINDRTT-RGKCYGFVTFTNPRSAIDAIKDMDGRTIEGRVVRVNGVKSRGGGRFG
        +VGGL +   ++ L+R F  +G V+  KIINDR + R + +GFVTF + ++  DAI++M+G+ ++GRV+ VN  +SRG G  G
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AT5G19960.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.2e-5644.41Show/hide
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        MT+DD +S+YVGGLPYD TE+++RR+F +YG+V+ VKI+NDR+ RGKCYGFVTF+N RSA DAI+DMDG++I GR VRVN V +R GGR      R  ++
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Query:  RDVSWERDRDRGRD--YDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDKERGYEHSLDRDLPKD-KLLDRDPELEKTSKDNEKVHDLKLNHDQDWEKDHGEDWS
            W+R  DR  D  Y+ DRY  R R  D S+DR +   + ++KER YEHS D +   D  ++DR+   E+    +E           DW  D      
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Query:  GGGGIDNTDDYDKSLDNDRDQLSRRDNGVTIEGRTARDLSSDSSDDYIHELKEQLEISTERLEELRKEISQIEERSGEKGKLVIELQKKAKKLEDALISA
         G GI+ T     S    R Q ++R++   ++G   RD  S+SS D  H++KE LE   +  E LR E+  +EER   K  +  ELQKK+K+LED LI+ 
Subjt:  GGGGIDNTDDYDKSLDNDRDQLSRRDNGVTIEGRTARDLSSDSSDDYIHELKEQLEISTERLEELRKEISQIEERSGEKGKLVIELQKKAKKLEDALISA

Query:  KKRSSFRQMQLTKLHKSFLLVKDYSERLKTSEQELQALVESTAIESDVG
        KK  S R+ +L KLHKS+  V++ ++ LK  EQELQ LV S A E   G
Subjt:  KKRSSFRQMQLTKLHKSFLLVKDYSERLKTSEQELQALVESTAIESDVG

AT5G61030.1 glycine-rich RNA-binding protein 32.9e-1548.28Show/hide
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        S +++GG+ Y   EDSLR  F  YG VV  ++I DR T R + +GFVTFT+  +A  AI+ +DGR + GRVV+VN    R  GG FG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACGGTGGACGACGATAGCTCGATATACGTCGGCGGTCTTCCTTACGACGCAACGGAGGATAGTTTGCGCAGAATCTTCGATTTGTACGGCGCCGTCGTCGCTGTTAA
GATTATCAATGATCGTACTACTAGGGGAAAGTGCTATGGCTTTGTTACCTTTACAAACCCTCGATCTGCTATTGATGCCATCAAAGACATGGATGGAAGGACTATTGAAG
GTCGGGTTGTCAGAGTTAATGGAGTGAAGTCTAGAGGTGGTGGAAGGTTTGGTAGAGAAAGTAATCGGTTCGATGTAGAGAGGGATGTGAGTTGGGAGAGGGATAGAGAT
CGAGGGAGGGATTATGATCATGACAGATATCGTCATAGAGGTAGAAATAATGACTGGTCTAGAGACCGTGATCGGTCTCGAGAACATGATCTGGACAAGGAAAGAGGATA
TGAACATTCACTAGATCGTGATCTACCAAAGGATAAATTGTTGGATAGGGATCCAGAGTTGGAAAAAACTTCAAAAGATAATGAGAAAGTACATGACTTGAAGTTGAACC
ACGATCAAGATTGGGAAAAAGATCATGGTGAAGATTGGAGCGGAGGTGGAGGCATTGATAACACTGATGATTATGATAAAAGCCTTGACAATGATAGAGATCAACTCTCA
AGGAGAGATAACGGTGTTACAATTGAAGGTCGAACTGCTCGGGATCTTTCATCTGATTCTAGTGATGACTATATCCATGAATTAAAGGAACAACTGGAGATATCAACAGA
AAGATTGGAAGAACTTAGAAAAGAGATTTCTCAAATAGAGGAGAGGTCAGGAGAGAAGGGAAAACTTGTAATTGAGTTGCAAAAGAAAGCCAAGAAACTGGAAGATGCAT
TAATCAGTGCAAAGAAGCGCTCTTCATTCCGTCAGATGCAGTTGACCAAGCTCCATAAAAGCTTTCTGCTAGTGAAGGATTATTCTGAGAGACTTAAAACCAGTGAACAA
GAACTTCAGGCTCTGGTTGAATCAACTGCAATAGAGAGTGATGTTGGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACGGTGGACGACGATAGCTCGATATACGTCGGCGGTCTTCCTTACGACGCAACGGAGGATAGTTTGCGCAGAATCTTCGATTTGTACGGCGCCGTCGTCGCTGTTAA
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CGAGGGAGGGATTATGATCATGACAGATATCGTCATAGAGGTAGAAATAATGACTGGTCTAGAGACCGTGATCGGTCTCGAGAACATGATCTGGACAAGGAAAGAGGATA
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ACGATCAAGATTGGGAAAAAGATCATGGTGAAGATTGGAGCGGAGGTGGAGGCATTGATAACACTGATGATTATGATAAAAGCCTTGACAATGATAGAGATCAACTCTCA
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GAACTTCAGGCTCTGGTTGAATCAACTGCAATAGAGAGTGATGTTGGATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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RGRDYDHDRYRHRGRNNDWSRDRDRSREHDLDKERGYEHSLDRDLPKDKLLDRDPELEKTSKDNEKVHDLKLNHDQDWEKDHGEDWSGGGGIDNTDDYDKSLDNDRDQLS
RRDNGVTIEGRTARDLSSDSSDDYIHELKEQLEISTERLEELRKEISQIEERSGEKGKLVIELQKKAKKLEDALISAKKRSSFRQMQLTKLHKSFLLVKDYSERLKTSEQ
ELQALVESTAIESDVG