; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10007011 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10007011
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionC3H1-type domain-containing protein
Genome locationChr10:325819..327047
RNA-Seq ExpressionHG10007011
SyntenyHG10007011
Gene Ontology termsGO:0005689 - U12-type spliceosomal complex (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR003604 - Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger
IPR013085 - U1-C, C2H2-type zinc finger
IPR036236 - Zinc finger C2H2 superfamily
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004135569.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucumis sativus]2.7e-6677.3Show/hide
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XP_008450521.1 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucumis melo]3.1e-7079.75Show/hide
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        I GFPENNQPPN+P N F+DG SS TGSL SD +G TSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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XP_022931617.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Cucurbita moschata]1.5e-5974.07Show/hide
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        I GFPENNQ PNIP+N F++GSS TGSL  D + RTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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XP_022989487.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 isoform X1 [Cucurbita maxima]1.3e-6074.69Show/hide
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        I GFPENNQ PN+P+N F++GSS TGSL  D + RTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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XP_038879279.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 [Benincasa hispida]2.6e-7282.82Show/hide
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        PI GFPENNQPPN P+N F DGSSFTGSL SDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0M1B0 C3H1-type domain-containing protein1.3e-6677.3Show/hide
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        + GFPEN QPPN+P+N F+DG SS TGSL SD +G TSWGNLPPSLMPPP+GGYPPLPFVDWG
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A0A1S3BQ25 zinc finger CCCH domain-containing protein 31.5e-7079.75Show/hide
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        I GFPENNQPPN+P N F+DG SS TGSL SD +G TSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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A0A5D3CFN3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 31.5e-7079.75Show/hide
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A0A6J1EU59 zinc finger CCCH domain-containing protein 37.1e-6074.07Show/hide
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        I GFPENNQ PNIP+N F++GSS TGSL  D + RTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
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A0A6J1JFY8 zinc finger CCCH domain-containing protein 3 isoform X16.4e-6174.69Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0JP11 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39.0e-3647.7Show/hide
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        MPLGKYYCDYCEKQFQDTP ARKRHL    H +A+ALW+D+            +     QP + +      +C  F+ TG C++GDSC+YFHP     N 
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                S P+          PN       DGSSF+G++     G TSWGNLPPSL PPPEGGYPP PFVDWG
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Q2TA39 Zinc finger matrin-type protein 51.6e-1331.61Show/hide
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        +Y+CDYC++ FQD    RK+HL  L H KAK LW+D F  A++        D  + RP  C  F+ TG C +G +C++ H +  +    +          
Subjt:  KYYCDYCEKQFQDTPFARKRHLQSLSHQKAKALWFDSFSSASSSNQQQPFSDSFHLRPRICNPFITTGFCQYGDSCKYFHPNNNN--NTTTHNSTSHPIP

Query:  GFP-ENNQPPNIPLNPFLDGSSFTGSLASDS-------------MGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
         +P +  + P + L  +L+  +   S A  S             +G      LPPSL  PP GG+P  P V WG
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Q6AXL8 Zinc finger matrin-type protein 51.2e-1128.88Show/hide
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        +YYCDYC++ FQD    RK+HL  + H +AK  WFD+F  A++    +   +       +C  F+ TG C +G SC++ H +                  
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Query:  PENNQPPNIPLNPFLDGSSFTG----------SLASDSMGRT-------------------SWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
         E  Q      +P  DGSS              LA+ + GR                    S  +LPPSL PPP GG+      +WG
Subjt:  PENNQPPNIPLNPFLDGSSFTG----------SLASDSMGRT-------------------SWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG

Q9CQR5 Zinc finger matrin-type protein 53.1e-1231.03Show/hide
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        +Y+CDYC++ FQD    RK+HL  L H KAK +W+D F  A++        D  + RP  C  F+ TG C +G +C++ H +  +    +          
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Query:  GFP-ENNQPPNIPLNPFLDGSSFTGSLASDS-------------MGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
         +P E  + P   L  +L+  +   S A  S             +G      LPPSL  PP GG+  L  V WG
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Q9UDW3 Zinc finger matrin-type protein 51.1e-1229.31Show/hide
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        +Y+CDYC++ FQD    RK+HL  L H KAK +W+D F  A++        D  + RP  C  F+ TG C +G +C++ H +  +               
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Query:  ----PIPGFPENN-------QPPNIPLNPFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
              P  PE +       +   +   P         ++    +G      LPPSL  PP GG+P  P V WG
Subjt:  ----PIPGFPENN-------QPPNIPLNPFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G26749.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein1.3e-3752.15Show/hide
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        MP GKYYCDYCEK+FQDT  ARKRHLQS  H +AKALW+    S+SSS+   P   +F  +  +CN FIT+ FC +GDSC+YFHPNNN  +T        
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Query:  IPGFPENNQPPNIPLN-PFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
          GF  N Q     LN   + GS+      S   G T W +LPPSL PPPE GYP LPF+DWG
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AT5G26749.2 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein3.9e-3446.7Show/hide
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        MP GKYYCDYCEK+FQDT  ARKRHLQS  H +AKALW+    S+SSS+   P   +F  +  +CN FIT+                    FC +GDSC+
Subjt:  MPLGKYYCDYCEKQFQDTPFARKRHLQSLSHQKAKALWFDSFSSASSSNQQQPFSDSFHLRPRICNPFITT-------------------GFCQYGDSCK

Query:  YFHPNNNNNTTTHNSTSHPIPGFPENNQPPNIPLN-PFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG
        YFHPNNN  +T          GF  N Q     LN   + GS+      S   G T W +LPPSL PPPE GYP LPF+DWG
Subjt:  YFHPNNNNNTTTHNSTSHPIPGFPENNQPPNIPLN-PFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCACTGGGAAAATATTACTGCGATTACTGCGAGAAGCAATTCCAAGACACTCCTTTCGCTCGTAAACGCCATCTTCAAAGCCTTTCCCATCAGAAGGCCAAAGCTCT
GTGGTTCGACTCCTTCAGTTCAGCTTCTTCTTCCAATCAACAACAACCTTTCTCTGATTCCTTCCACCTCCGACCACGCATCTGTAATCCATTCATCACTACGGGGTTTT
GCCAATATGGTGATTCTTGTAAATATTTCCACCCCAACAACAACAACAATACTACTACGCACAACTCCACTTCCCACCCCATTCCAGGTTTCCCGGAAAATAATCAACCC
CCAAATATTCCCCTGAATCCATTCCTGGACGGCAGCTCTTTCACAGGTAGTTTAGCTAGCGATAGTATGGGAAGAACATCATGGGGCAATTTACCTCCATCACTGATGCC
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCCACTGGGAAAATATTACTGCGATTACTGCGAGAAGCAATTCCAAGACACTCCTTTCGCTCGTAAACGCCATCTTCAAAGCCTTTCCCATCAGAAGGCCAAAGCTCT
GTGGTTCGACTCCTTCAGTTCAGCTTCTTCTTCCAATCAACAACAACCTTTCTCTGATTCCTTCCACCTCCGACCACGCATCTGTAATCCATTCATCACTACGGGGTTTT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPLGKYYCDYCEKQFQDTPFARKRHLQSLSHQKAKALWFDSFSSASSSNQQQPFSDSFHLRPRICNPFITTGFCQYGDSCKYFHPNNNNNTTTHNSTSHPIPGFPENNQP
PNIPLNPFLDGSSFTGSLASDSMGRTSWGNLPPSLMPPPEGGYPPLPFVDWG