; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10008964 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10008964
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptionshort-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like
Genome locationChr06:1137738..1148027
RNA-Seq ExpressionHG10008964
SyntenyHG10008964
Gene Ontology termsGO:0016491 - oxidoreductase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002347 - Short-chain dehydrogenase/reductase SDR
IPR036291 - NAD(P)-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004145894.1 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic [Cucumis sativus]3.3e-13381.47Show/hide
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XP_008437510.1 PREDICTED: short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like [Cucumis melo]7.9e-13582.43Show/hide
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XP_022922240.1 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X2 [Cucurbita moschata]4.1e-13180.77Show/hide
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XP_038876124.1 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X1 [Benincasa hispida]1.0e-13479.94Show/hide
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XP_038876125.1 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X2 [Benincasa hispida]1.4e-13684.03Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KQF8 Uncharacterized protein1.6e-13381.47Show/hide
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A0A1S3AUS1 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like3.8e-13582.43Show/hide
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A0A6J1E611 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X12.6e-13180.51Show/hide
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A0A6J1E865 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X22.0e-13180.77Show/hide
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        KKLWDFTTNL+K
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A0A6J1IA71 short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic-like isoform X25.7e-13180.13Show/hide
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        SKLSN+LHANELTR FK                                           GAATTCYVALHPQVKGVSGEYF+NSNL+K +QHGQDVDLA
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        KKLWDFTTNL+K
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0A078IS66 Short-chain dehydrogenase TIC 32 A, chloroplastic2.3e-7349.68Show/hide
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        + G SG+ S+STAE+VT  ID   LTAI+TG +SGIG E ARVL +RG HVI+  RN +A  +  E I++  P+A+ID ++LDLSS  SVR F   + + 
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          PLNILINNAG+M  PF LS+D IE QFATNH+GHFLLTNLLL+ MK +A ES  EGRIVN+SS AH YTY EGI FD IND  RY++ +AYGQSKL+N
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        +LH+N L+R                                              +GAATTCYVALHP +K V+G+YF + N+   S    D  LA KLW
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        DF+  L++
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A0A078ISJ6 Short-chain dehydrogenase TIC 32 B, chloroplastic2.1e-7450.16Show/hide
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        + G SG+ S+STAE+VT  ID   LTAI+TG +SGIG E ARVL +RG HVI+  RN +A  +  E I++  P+A+ID ++LDLSS  SVR F   + + 
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Query:  GFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQSKLSN
          PLNILINNAG+M  PF LS+D IE QFATNH+GHFLLTNLLL+ MK +A ES  EGRIVN+SS AH YTY EGI FD IND  RY++ +AYGQSKL+N
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Query:  VLHANELTRCF--------------------------------------------KGAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDLAKKLW
        +LH+N L+R                                              +GAATTCYVALHP +KGV+G+YF + N+   S    D  LA KLW
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Query:  DFTTNLL
        DF+  L+
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A2RVM0 Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic5.9e-10163.14Show/hide
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        MW F  KG SGFSS STAEEVT G+DGTGLTAIVTGASSGIG ETARVL+LRGVHV+M VRN ++G  V E IVK+ P AK+D MELDLSS  SVRKFAS
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        +Y+S+G PLN+LINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNHLGHFLLT LLL+ MK T+ ESK+EGRIVN+SSEAHR++YPEG+RFD IND+S Y+ M+AYGQ
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Query:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        SKL NVLHANELT+  K                                             GAATTCYVAL+PQV GVSGEYF +SN+ K     +D +
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNL
        LAKK+WDF+T L
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Q6RVV4 Short-chain dehydrogenase TIC 32, chloroplastic1.1e-10766.24Show/hide
Query:  MWLF-RRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFA
        MW F  +KG SGFS SSTAE+VT GID TGLTAIVTGASSGIG+ET RVLALRG HVIMGVRN+ A ++V +TI+K+ PSAK+DA+ELDLSS  SV+KFA
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Query:  SDYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYG
        S++ SSG PLNILINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNH+GHFLLTNLLL+ MKKT  ESKKEGRIVNV+SEAHR+ YPEGIRFD IND+S YN  +AYG
Subjt:  SDYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYG

Query:  QSKLSNVLHANELTRCFK--------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        QSKL+NVLHAN+LT+  K                                            GAATTCYVALHPQVKGVSGEYF +SN+YK + HG+DVD
Subjt:  QSKLSNVLHANELTRCFK--------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNLLK
        LAKKLWDF+ NL+K
Subjt:  LAKKLWDFTTNLLK

Q91WL8 WW domain-containing oxidoreductase3.2e-3834.19Show/hide
Query:  FSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFASDYQSSGFPLNI
        +  S+TA E+  G D TG   +VTGA+SGIG ETA+  AL G HVI+  RNL         I++E   AK++AM LDL+   SV+ FA  +++    L++
Subjt:  FSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFASDYQSSGFPLNI

Query:  LINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGIND-------------ESRYNKMQAY
        L+ NAG  A P+GL+KD +E  F  NHLGHF L  LL + + +++       R++ VSSE+HR+T         IND              S Y  M AY
Subjt:  LINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGIND-------------ESRYNKMQAY

Query:  GQSKLSNVLHANELTRCF------------------------------------------KGAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDL
         +SKL N+L +NEL R                                            +GAATT Y A+ P+++G+ G YF N      S+  Q  + 
Subjt:  GQSKLSNVLHANELTRCF------------------------------------------KGAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDL

Query:  AKKLWDFTTNLLK
        A+ LW+ +  L++
Subjt:  AKKLWDFTTNLLK

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G11410.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein3.0e-10062.38Show/hide
Query:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS
        MW F  KG SGFS+ STAEEVT GIDGTGLTAIVTGASSGIG ET RVLALRGVHV+M VRN ++G  V + I+KE P AKID M+LDLSS ASVR FAS
Subjt:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS

Query:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ
        +YQS   PLN+LINNAGIMA PF LS DNIELQFATNHLGHFLLTNLLLE MKKTA+ES +EGRIV VSSE HR+ Y EG++FD INDE+RYN +QAYGQ
Subjt:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ

Query:  SKLSNVLHANELTRCFK--------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDL
        SKL N+LHA EL R FK                                            GAATTCY ALHPQ KGVSGEY +++N+   +  G+D DL
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK--------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDL

Query:  AKKLWDFTTNL
        AKKLW+F+  L
Subjt:  AKKLWDFTTNL

AT4G23420.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein1.4e-10263.78Show/hide
Query:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS
        MW F  KG SGFSS STAEEVT G+DGTGLTAIVTGASSGIG ETARVLALRGVHV+M VRN  AG  V E IVK+ P AK+D MEL+LSS  SVRKFAS
Subjt:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS

Query:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ
        +Y+S+G PLN+LINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNHLGHFLLT LLL+ MK T+ ESK+EGRIVNVSSEAHRY+YPEG+RFD INDES Y+ ++AYGQ
Subjt:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ

Query:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        SKL NVLHANEL +  K                                             GAATTCYVAL+PQV GV+GEYF +SN+ K  +  +D +
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNL
        LAKKLWDF+T L
Subjt:  LAKKLWDFTTNL

AT4G23420.2 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein1.4e-10263.78Show/hide
Query:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS
        MW F  KG SGFSS STAEEVT G+DGTGLTAIVTGASSGIG ETARVLALRGVHV+M VRN  AG  V E IVK+ P AK+D MEL+LSS  SVRKFAS
Subjt:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS

Query:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ
        +Y+S+G PLN+LINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNHLGHFLLT LLL+ MK T+ ESK+EGRIVNVSSEAHRY+YPEG+RFD INDES Y+ ++AYGQ
Subjt:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ

Query:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        SKL NVLHANEL +  K                                             GAATTCYVAL+PQV GV+GEYF +SN+ K  +  +D +
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNL
        LAKKLWDF+T L
Subjt:  LAKKLWDFTTNL

AT4G23430.1 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein6.7e-10062.82Show/hide
Query:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS
        MW F  KG SGFSS STAEEVT G+DGTGLTAIVTGASSGIG ETARVL+LRGVHV+M VRN ++G  V E IVK+ P AK+D MELDLSS  SVRKFAS
Subjt:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS

Query:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ
        +Y+S+G PLN+LINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNHLGHFLLT LLL+ MK T+ ESK+EGRIVN+SSEAHR++YPEG+RFD IND+S  + M+AYGQ
Subjt:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ

Query:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        SKL NVLHANELT+  K                                             GAATTCYVAL+PQV GVSGEYF +SN+ K     +D +
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNL
        LAKK+WDF+T L
Subjt:  LAKKLWDFTTNL

AT4G23430.2 NAD(P)-binding Rossmann-fold superfamily protein4.2e-10263.14Show/hide
Query:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS
        MW F  KG SGFSS STAEEVT G+DGTGLTAIVTGASSGIG ETARVL+LRGVHV+M VRN ++G  V E IVK+ P AK+D MELDLSS  SVRKFAS
Subjt:  MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFAS

Query:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ
        +Y+S+G PLN+LINNAGIMA PF LSKDNIELQFATNHLGHFLLT LLL+ MK T+ ESK+EGRIVN+SSEAHR++YPEG+RFD IND+S Y+ M+AYGQ
Subjt:  DYQSSGFPLNILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQ

Query:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD
        SKL NVLHANELT+  K                                             GAATTCYVAL+PQV GVSGEYF +SN+ K     +D +
Subjt:  SKLSNVLHANELTRCFK---------------------------------------------GAATTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVD

Query:  LAKKLWDFTTNL
        LAKK+WDF+T L
Subjt:  LAKKLWDFTTNL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTGGTTATTCAGAAGAAAAGGGCCCTCTGGGTTTTCGTCTTCTTCCACTGCCGAGGAAGTTACTGACGGAATCGATGGCACTGGTCTTACCGCCATTGTTACAGGAGC
ATCTAGCGGTATTGGCTCTGAAACTGCACGTGTTCTTGCATTACGTGGAGTCCATGTCATTATGGGTGTTAGGAATTTAGAAGCTGGTAGAAATGTCAGCGAAACCATCG
TCAAGGAGAATCCCTCTGCAAAAATTGATGCCATGGAATTGGATCTTAGCTCCACGGCATCTGTAAGAAAATTCGCCTCAGATTACCAGTCATCCGGGTTTCCACTTAAC
ATCCTCATTAACAATGCAGGAATAATGGCTACCCCTTTTGGACTTTCAAAAGATAACATAGAGCTGCAATTCGCAACAAACCACTTGGGCCATTTCCTTTTGACAAATCT
ACTTTTGGAAAACATGAAGAAAACTGCGGCTGAAAGTAAGAAAGAAGGAAGAATTGTAAATGTCTCCTCGGAAGCTCATCGTTACACATATCCTGAAGGCATCCGATTCG
ATGGAATTAACGATGAATCAAGGTATAATAAAATGCAGGCTTATGGCCAGTCGAAGTTATCTAATGTTTTGCATGCCAATGAACTTACAAGATGTTTCAAGGGTGCAGCA
ACAACCTGCTATGTGGCATTGCATCCACAAGTAAAGGGAGTGAGTGGTGAATATTTTCTGAATAGTAACCTATACAAGGCAAGTCAGCATGGCCAGGATGTTGACTTGGC
TAAAAAACTTTGGGATTTTACCACTAATTTACTCAAATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTGGTTATTCAGAAGAAAAGGGCCCTCTGGGTTTTCGTCTTCTTCCACTGCCGAGGAAGTTACTGACGGAATCGATGGCACTGGTCTTACCGCCATTGTTACAGGAGC
ATCTAGCGGTATTGGCTCTGAAACTGCACGTGTTCTTGCATTACGTGGAGTCCATGTCATTATGGGTGTTAGGAATTTAGAAGCTGGTAGAAATGTCAGCGAAACCATCG
TCAAGGAGAATCCCTCTGCAAAAATTGATGCCATGGAATTGGATCTTAGCTCCACGGCATCTGTAAGAAAATTCGCCTCAGATTACCAGTCATCCGGGTTTCCACTTAAC
ATCCTCATTAACAATGCAGGAATAATGGCTACCCCTTTTGGACTTTCAAAAGATAACATAGAGCTGCAATTCGCAACAAACCACTTGGGCCATTTCCTTTTGACAAATCT
ACTTTTGGAAAACATGAAGAAAACTGCGGCTGAAAGTAAGAAAGAAGGAAGAATTGTAAATGTCTCCTCGGAAGCTCATCGTTACACATATCCTGAAGGCATCCGATTCG
ATGGAATTAACGATGAATCAAGGTATAATAAAATGCAGGCTTATGGCCAGTCGAAGTTATCTAATGTTTTGCATGCCAATGAACTTACAAGATGTTTCAAGGGTGCAGCA
ACAACCTGCTATGTGGCATTGCATCCACAAGTAAAGGGAGTGAGTGGTGAATATTTTCTGAATAGTAACCTATACAAGGCAAGTCAGCATGGCCAGGATGTTGACTTGGC
TAAAAAACTTTGGGATTTTACCACTAATTTACTCAAATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MWLFRRKGPSGFSSSSTAEEVTDGIDGTGLTAIVTGASSGIGSETARVLALRGVHVIMGVRNLEAGRNVSETIVKENPSAKIDAMELDLSSTASVRKFASDYQSSGFPLN
ILINNAGIMATPFGLSKDNIELQFATNHLGHFLLTNLLLENMKKTAAESKKEGRIVNVSSEAHRYTYPEGIRFDGINDESRYNKMQAYGQSKLSNVLHANELTRCFKGAA
TTCYVALHPQVKGVSGEYFLNSNLYKASQHGQDVDLAKKLWDFTTNLLK