; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10010334 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10010334
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase Topors
Genome locationChr06:21202244..21204012
RNA-Seq ExpressionHG10010334
SyntenyHG10010334
Gene Ontology termsGO:0000209 - protein polyubiquitination (biological process)
GO:0006513 - protein monoubiquitination (biological process)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR017907 - Zinc finger, RING-type, conserved site


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAE8646983.1 hypothetical protein Csa_020881 [Cucumis sativus]2.6e-13189.39Show/hide
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XP_008458477.1 PREDICTED: E3 ubiquitin-protein ligase Topors [Cucumis melo]1.4e-13289.59Show/hide
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XP_038875512.1 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X1 [Benincasa hispida]3.0e-13589.74Show/hide
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XP_038875513.1 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X2 [Benincasa hispida]3.9e-13590.37Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KCD1 RING-type domain-containing protein3.0e-13388.32Show/hide
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A0A1S3C7X8 E3 ubiquitin-protein ligase Topors6.7e-13389.59Show/hide
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A0A6J1CAG7 E3 ubiquitin-protein ligase Topors5.3e-11477.9Show/hide
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        DK   GVGSSR D+R +LQ  RNELNR RRSE  LTWRRSFGRRG E V ADV+A+RKLQWRASIY R IQAVPSSVR   +LNI GS GAKEAILE+IK
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A0A6J1EQ79 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X12.3e-12582.42Show/hide
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A0A6J1KEK6 E3 ubiquitin-protein ligase Topors isoform X12.5e-12783.15Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P08393 E3 ubiquitin-protein ligase ICP07.9e-0638.3Show/hide
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        G+ CA+C  E+          C+H +CI C++ W   + TCPLCNA+
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P29128 E3 ubiquitin-protein ligase ICP01.1e-0443.75Show/hide
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        +C ICL  +    AA    C+HA+C+ CIR+W   + TCPLC A   S
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P29836 E3 ubiquitin-protein ligase ICP01.1e-0443.75Show/hide
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        +C ICL  +    AA    C+HA+C+ CIR+W   + TCPLC A   S
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Q0IJ20 RING finger protein 1451.5e-0440.82Show/hide
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        + C+IC    +D  +AV+T C H +  GC++KW   + TCPLC+ Q  S
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Q5BIY5 RING finger protein 1451.5e-0440.82Show/hide
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        + C+IC    +D  +AV+T C H +  GC++KW   + TCPLC+ Q  S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G18770.1 RING/U-box superfamily protein1.5e-0433.33Show/hide
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        PA KL  ++   K+  ++ +  GE C ICL E  +    V   C H +   C+ KW     +CPLC
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AT1G35330.1 RING/U-box superfamily protein1.8e-0544.68Show/hide
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        G  CAICL E ED  T  ++  C HA+   CI  W + + TCP+C A
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AT2G39100.1 RING/U-box superfamily protein2.0e-5746.9Show/hide
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        F  + I PA+ G++C ICL  L E R+AAV+T C H YC+ CIRKWS+FKR CPLCN +FDSWF   + +SR + KE+L      D+  +    ++ +D 
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Query:  RGILQSTRNELNRERRSERSLTWRRSFGRRGPESVSADVVARRKLQWRASIYGRCIQAVPSSVRSCLQLNILGSRGAKEAILERIKPWIQRELQAILEDP
        R I+Q +R+ L       R L WRRSFGR  P SV   V+ +RKLQWRASIY + ++AV    R  L+L++  +   K  I ERI+PWI+RELQA+L DP
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Query:  DPTIIVHLATSLFVARLEAPSSQLNAE-----DDLLSPLRPFLFEKTDLFWHELRKLA
        DP++IVH A++LF+ RLE  +++   +     +D +S LR FL +K D+FWHELR  A
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AT5G10380.1 RING/U-box superfamily protein1.2e-0440.82Show/hide
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        I G  C++CL E  ED +  +L  C HA+ + CI  W    + CPLC A
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AT5G12310.1 RING/U-box superfamily protein7.3e-0743.14Show/hide
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        G  CAICL  +  +  A++  C HAYC+ CI +W+++K   TCP C   FD
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTGCAAGCGGAAGTCATGAAGCCTTCGACCCGAGATCCGGCGCGAAAGCTCAACGGCGAAAACTTCATAACGAAGGTAATTTCGCCGGCAATTTGTGGAGAAACCTG
CGCAATTTGCCTCAGAGAATTGGAGGATCGTACCGCCGCCGTGCTTACAACGTGTATCCACGCCTATTGCATAGGCTGTATTCGCAAATGGAGCAATTTTAAGCGAACTT
GCCCTCTCTGTAACGCGCAATTCGATTCATGGTTCACCAAAATCAACCTCTCATCGCGAAGCTTCCGCAAAGAACGGTTGACAACCTCTAATTGTCTCGATAAGCCCAAG
GTTGGAGTTGGATCTTCCCGGACAGACGCTCGCGGGATTCTTCAGAGCACGAGGAATGAATTAAATAGGGAAAGACGGTCGGAAAGATCACTTACATGGCGGCGATCATT
TGGACGGCGAGGGCCGGAATCTGTGTCTGCTGATGTTGTTGCCCGGCGAAAACTTCAATGGCGAGCAAGCATATACGGCCGATGTATACAAGCTGTTCCATCTTCGGTCA
GATCATGTTTACAACTGAACATATTGGGAAGTCGTGGAGCCAAAGAAGCGATTCTAGAGAGGATTAAACCATGGATTCAAAGGGAGTTACAGGCCATCCTCGAGGACCCA
GATCCAACTATAATTGTTCATCTGGCTACCTCACTATTTGTGGCAAGACTTGAAGCTCCTTCCTCACAGCTTAATGCTGAAGATGACCTTCTTTCGCCGTTGCGTCCTTT
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AGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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AGTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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VGVGSSRTDARGILQSTRNELNRERRSERSLTWRRSFGRRGPESVSADVVARRKLQWRASIYGRCIQAVPSSVRSCLQLNILGSRGAKEAILERIKPWIQRELQAILEDP
DPTIIVHLATSLFVARLEAPSSQLNAEDDLLSPLRPFLFEKTDLFWHELRKLATRECKNMISAPKLQRNPVDYK