CuGenDBv2

Gene ID	HG10010864
Organism	Lagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Description	MADS-box protein SOC1-like
Genome location	Chr06:26598165..26607078
RNA-Seq Expression	HG10010864
Synteny	HG10010864
Gene Ontology terms	GO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function) GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function) GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domains	IPR002100 - Transcription factor, MADS-box IPR002487 - Transcription factor, K-box IPR033896 - MADS MEF2-like IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily

Homology

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GenBank top hits

e value

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KAG6593700.1 MADS-box protein SOC1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

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XP_038877328.1 MADS-box protein SOC1 isoform X2 [Benincasa hispida]

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A0A1S3CD40 MADS-box protein SOC1-like

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A0A6J1HK51 MADS-box protein SOC1 isoform X1

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A0A6J1HMG1 MADS-box protein SOC1 isoform X2

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A0A6J1KBW9 MADS-box protein SOC1 isoform X1

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A0A6J1KKV3 MADS-box protein SOC1 isoform X2

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O64645 MADS-box protein SOC1

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         + +  P  V+   ++HL + EAA++M KIE+LE SKRK+LGE +G+CS++ELQQ+E QLEKSV  IRARK +VF+EQI+QL+QKEK L  EN KL +KW
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         S      +N   E  G+     E SSPSSEVET+LFIG P
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O82743 Agamous-like MADS-box protein AGL19

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                + N  Q      +E + L  KIE+LE+SKRK+LGE + +CS++ELQQLE+QL++S+S+IRA+K ++  E+I++L+ +E+ L  EN  L +KW
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           G   + +++       +N  +    + EVET LFIGPPE R
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Q38838 Agamous-like MADS-box protein AGL14

2.1e-44

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        MVRGKT+M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVALIIFSPRGKLYEF+SSS +                           T++RY+K  +
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        E +G G +           L+  ++     EV T+LFIGPPE R
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Q9FIS1 MADS-box protein AGL42

6.2e-44

45.87

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        MVRGK +M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKA+ELSVLCDA+++LIIFS RG+LYEF+SS                           MQ TI+RYRK+ K
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               G + ++ + + K+++       + EVET+LFIG P
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Q9XJ60 MADS-box transcription factor 50

8.4e-41

46.31

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                  +I Q++     +A  L  K+E LE  KRK+LGE L  CS++EL  LE +LE+S+  IR RK ++ EEQ+ +LR+KE  L+ +N +L +K 
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        +++           E E   + +N   +++ + +VETELFIG P
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G45660.1 AGAMOUS-like 20

6.4e-60

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         + +  P  V+   ++HL + EAA++M KIE+LE SKRK+LGE +G+CS++ELQQ+E QLEKSV  IRARK +VF+EQI+QL+QKEK L  EN KL +KW
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         S      +N   E  G+     E SSPSSEVET+LFIG P
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        MVRGKT+M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVALIIFSPRGKLYEF+SSS +                           T++RY+K  +
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           +    + N  Q    + +E   L  KIE LE+S RKM+GE L + S++ELQQLE+QL++S+ KIRA+K ++  E+ ++L++KE+ L  EN  L++K 
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        E +G G +           L+  ++     EV T+LFIGPPE R
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        MVRGKT+M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVAL+IFSPR KLYEF+SSS+                           ATI+RY++  K
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                + N  Q      +E + L  KIE+LE+SKRK+LGE + +CS++ELQQLE+QL++S+S+IRA+K ++  E+I++L+ +E+ L  EN  L +KW
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           G   + +++       +N  +    + EVET LFIGPPE R
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        MVRGK +M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKA+ELSVLCDA+++LIIFS RG+LYEF+SS                           MQ TI+RYRK+ K
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          E  +  S +++ QL+    +EA+ ++ KIE LE  KRK+LG+ + SCS++ELQ+++ QL++S+ K+R RK ++F+EQ+++L+ KEK L +EN KL QK
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               G + ++ + + K+++       + EVET+LFIG P
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AT5G62165.2 AGAMOUS-like 42

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          E  +  S +++ QL+    +EA+ ++ KIE LE  KRK+LG+ + SCS++ELQ+++ QL++S+ K+R RK ++F+EQ+++L+ KEK L +EN KL QK
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               G + ++ + + K+++       + EVET+LFIG P
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Sequences

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CDS sequence

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TCTCTGTGATGCTGAGGTTGCTCTTATCATCTTCTCCCCTAGAGGAAAGCTTTATGAATTTGCTAGCTCAAGTTTAGTGATGGCTTCATCTGAATCTGAATCTCTATGCT
TGACTTTAATGGCAACTCTTGCAAATAGGGTTTTCTTGCTCATGCAGGCAACTATAGATCGTTACCGAAAGCATGCAAAAACAAAAGAAGCCCTGGATCCTCCATCTGTT
AATATTGTACAGTTGGAGCATCTGAATCATGAAGAAGCAGCTAGCCTGATGAATAAGATAGAGAAACTTGAAGTTTCAAAACGGAAAATGTTGGGAGAAGATCTGGGATC
TTGCTCCATGGATGAACTTCAACAGCTTGAACATCAGTTGGAGAAAAGTGTTTCCAAAATTAGAGCCAGAAAGATAGAAGTGTTTGAAGAACAGATTAAACAACTAAGGC
AAAAGGAGAAAGTCTTGCAAGATGAAAATGCTAAGCTACTTCAAAAGTGGGAAAGTGAGGGAGATGGAGGAGTAAATAATAATGAAGGAGAAAGAGAAGGGAAATTGTTA
AACTATGCAGAAAGTAGCAGCCCAAGTTCAGAGGTGGAGACTGAATTGTTCATTGGGCCACCTGAAGCAAGGCCCCGACGATTTCTTTCCCTTCACTGA

mRNA sequence

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Protein sequence

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NIVQLEHLNHEEAASLMNKIEKLEVSKRKMLGEDLGSCSMDELQQLEHQLEKSVSKIRARKIEVFEEQIKQLRQKEKVLQDENAKLLQKWESEGDGGVNNNEGEREGKLL
NYAESSSPSSEVETELFIGPPEARPRRFLSLH

HG10010864 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome