; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10011389 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10011389
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptionribonucleoside-diphosphate reductase small chain
Genome locationChr01:5548178..5549164
RNA-Seq ExpressionHG10011389
SyntenyHG10011389
Gene Ontology termsGO:0009263 - deoxyribonucleotide biosynthetic process (biological process)
GO:0004748 - ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000358 - Ribonucleotide reductase small subunit family
IPR009078 - Ferritin-like superfamily
IPR012348 - Ribonucleotide reductase-like
IPR030475 - Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site
IPR033909 - Ribonucleotide reductase small subunit


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6581100.1 hypothetical protein SDJN03_21102, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.4e-18096.05Show/hide
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A0A0A0L8R8 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain3.1e-17995.14Show/hide
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A0A1S3BNB8 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain5.3e-17994.83Show/hide
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A0A6J1F5K5 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain2.8e-18096.05Show/hide
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A0A6J1J9K8 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain6.9e-17995.74Show/hide
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A0A6P4AGQ7 ribonucleoside-diphosphate reductase small chain3.3e-17390.58Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0DKH3 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain B2.2e-15880.78Show/hide
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P49730 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain1.2e-16786.63Show/hide
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P50651 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain A4.9e-14275.62Show/hide
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        +EPLL +   RF MFPI+Y  IWEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
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        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK+RLF AIET+PC+ KKA W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
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Query:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN +LMSQYI+FV DRL+  LG E+ Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
Subjt:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY

Query:  QKASVMSNL-NGNGGHVFKMDEDF
        QKASVMSNL NGN  + F  +EDF
Subjt:  QKASVMSNL-NGNGGHVFKMDEDF

Q4KLN6 Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M21.9e-13371.34Show/hide
Query:  PAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGF
        P+I +EPLL  NP RF +FPI+Y  IW+MYKKAEASFWTAEEVDLS+D++HWE+L  DE+HFI+HVLAFFAASDGIV ENL  RF +EVQV EAR FYGF
Subjt:  PAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGF

Query:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
        QIA+ENIHSEMYSLL++TYIKDS E+  LF AIET+PCVKKKADWAL+WI D   ++ ER++AFA VEGIFFSGSF SIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR
Subjt:  QIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWI-DSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISR

Query:  DEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEK
        DEGLHCDFACL++  L  K SE RVKEI+T +V IE+EF+ +ALPV L+GMN  LM QYIEFV DRL+  LG+ KI+ V+NPFD+ME ISL+GKTNFFEK
Subjt:  DEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEK

Query:  RVGEYQKASVMSNLNGNGGHVFKMDEDF
        RVGEYQ+  VMSN   N    F +D DF
Subjt:  RVGEYQKASVMSNLNGNGGHVFKMDEDF

Q9LSD0 Ribonucleoside-diphosphate reductase small chain C6.9e-16082.23Show/hide
Query:  MPAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++P+EPLL   PDRFCMFPI YPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
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Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E++ LFRAIET+PCV KKA WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLSE+RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN DLMSQYIEFV DRL+GALGY K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGEYQKASVMSNLNGNG---GHVFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMS++NGNG    HVF +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSNLNGNG---GHVFKMDEDF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23580.1 ribonucleotide reductase 2A3.5e-14375.62Show/hide
Query:  DEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI
        +EPLL +   RF MFPI+Y  IWEMYKKAEASFWTAEEVDLS D++ WE+LT  EKHFI+H+LAFFAASDGIVLENLA RF+ +VQV EARAFYGFQIA+
Subjt:  DEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAI

Query:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
        ENIHSEMYSLLLET+IKDS EK+RLF AIET+PC+ KKA W L WI S  SFA R++AFACVEGIFFSGSFC+IFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH
Subjt:  ENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLH

Query:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY
        CDFACLLYSLL+K+L  ++V +IV EAV+IE EFVC ALP  L+GMN +LMSQYI+FV DRL+  LG E+ Y  +NPFDWME ISLQGKTNFFEKRVGEY
Subjt:  CDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEY

Query:  QKASVMSNL-NGNGGHVFKMDEDF
        QKASVMSNL NGN  + F  +EDF
Subjt:  QKASVMSNL-NGNGGHVFKMDEDF

AT3G27060.1 Ferritin/ribonucleotide reductase-like family protein4.9e-16182.23Show/hide
Query:  MPAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY
        MP++P+EPLL   PDRFCMFPI YPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQD R WE SL   E+HFI HVLAFFAASDGIVLENLA RFM +VQV+EARAFY
Subjt:  MPAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWE-SLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFY

Query:  GFQIAIENIHSEMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
        GFQIAIENIHSEMYSLLL+TYIKD+ E++ LFRAIET+PCV KKA WA+KWID +++FAERI+AFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELIS
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Query:  RDEGLHCDFACLLYSLLRKKLSEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFE
        RDEGLHCDFACLLY+LL+ KLSE+RVK IV +AV+IEREFVCDALP ALVGMN DLMSQYIEFV DRL+GALGY K+Y V NPFDWMELISLQGKTNFFE
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Query:  KRVGEYQKASVMSNLNGNG---GHVFKMDEDF
        KRVG+YQKASVMS++NGNG    HVF +DEDF
Subjt:  KRVGEYQKASVMSNLNGNG---GHVFKMDEDF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCCTGCAATTCCTGATGAGCCTCTCCTTGCCTCCAACCCCGATCGCTTCTGCATGTTCCCGATTCAGTATCCTCAAATCTGGGAGATGTACAAGAAAGCCGAAGCCTC
CTTCTGGACTGCCGAGGAAGTCGATCTCTCACAGGACCTTCGCCATTGGGAATCCTTAACTTCCGACGAGAAACACTTCATCACTCACGTTCTTGCCTTCTTCGCTGCTT
CTGATGGCATCGTTTTGGAGAATCTCGCCGGACGCTTCATGAAAGAAGTTCAAGTGGCTGAAGCCAGAGCCTTCTATGGATTCCAAATTGCGATCGAGAATATCCACTCT
GAGATGTACAGTCTTCTCCTTGAAACCTATATCAAGGATTCGATTGAGAAGAATCGGTTATTCCGTGCTATTGAAACTGTCCCCTGCGTCAAGAAAAAGGCTGATTGGGC
GTTGAAGTGGATTGACAGTACAGAATCGTTCGCTGAGCGGATTTTGGCGTTCGCTTGTGTTGAGGGAATTTTCTTCTCAGGTAGTTTCTGCTCTATTTTCTGGTTAAAAA
AACGTGGGCTAATGCCTGGATTAACGTTCTCAAATGAGTTGATTTCAAGAGATGAAGGGCTTCATTGTGATTTTGCTTGTTTGTTGTATTCATTATTGAGGAAGAAACTG
AGTGAGGATCGAGTGAAGGAGATTGTAACAGAGGCAGTAGATATAGAGAGGGAATTTGTGTGTGATGCGTTGCCAGTGGCTCTTGTTGGAATGAATGGGGATTTGATGAG
CCAATACATAGAATTTGTGACAGATAGGTTGGTTGGAGCCTTAGGGTATGAGAAAATCTACAACGTTCAAAATCCATTTGATTGGATGGAGTTGATTTCATTGCAGGGGA
AGACTAATTTCTTTGAGAAAAGAGTTGGTGAATATCAAAAGGCATCTGTGATGTCAAATTTAAATGGAAATGGGGGTCATGTGTTTAAGATGGATGAGGATTTCTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MPAIPDEPLLASNPDRFCMFPIQYPQIWEMYKKAEASFWTAEEVDLSQDLRHWESLTSDEKHFITHVLAFFAASDGIVLENLAGRFMKEVQVAEARAFYGFQIAIENIHS
EMYSLLLETYIKDSIEKNRLFRAIETVPCVKKKADWALKWIDSTESFAERILAFACVEGIFFSGSFCSIFWLKKRGLMPGLTFSNELISRDEGLHCDFACLLYSLLRKKL
SEDRVKEIVTEAVDIEREFVCDALPVALVGMNGDLMSQYIEFVTDRLVGALGYEKIYNVQNPFDWMELISLQGKTNFFEKRVGEYQKASVMSNLNGNGGHVFKMDEDF