; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10011679 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10011679
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionRING-type domain-containing protein
Genome locationChr01:9236956..9237372
RNA-Seq ExpressionHG10011679
SyntenyHG10011679
Gene Ontology termsGO:0016020 - membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6577374.1 RING-H2 finger protein ATL8, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.3e-4465.73Show/hide
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        MHIIV+FG FL I V ++FF LCLYICFQCYN GFPE +   + + E+TTTTT A     D  E NR  Q+AMEKLTKPS EYD+E+++E+ S LS+CAI
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        CLEEF     CRVFPNCKHMFHTHCI+ WL INQTCP+CRTQL
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KAG6600728.1 putative RING-H2 finger protein ATL19, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.6e-3660Show/hide
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        M IIV+FGF LT+ V  SFF LC+YICFQC+ QGF    Q  R +G+       T   T + EE N QT   MEKLT P  +Y  +END   + S L+EC
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        AICLE FG RVSCRVFPNCKHMFHTHCII WL IN TCPICRT L
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KAG7031368.1 RING-H2 finger protein ATL52, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.6e-3660Show/hide
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        AICLE FG RVSCRVFPNCKHMFHTHCII WL IN TCPICRT L
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XP_011652743.1 uncharacterized protein LOC105435076 [Cucumis sativus]9.9e-4176.72Show/hide
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        C N  GF E EQRG+ N E T TTTT      AD EERNRQ QMAMEKLTKPSA Y+ EENDESPS+LSEC ICLE+ GERVSCRVFPNCKH+FHTHCII
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        NWLEINQTCPICRT+L
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XP_023545744.1 RING-H2 finger protein ATL52-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.9e-2465.93Show/hide
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        T   T + EE N Q   AMEKLT P  +Y  +END   + S L+ECAICLE FG RVSCRVFPNCKHMFHTHCII WL IN TCPICRT L
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A067F8J1 RING-type domain-containing protein (Fragment)5.2e-1150Show/hide
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        EER RQ +  + K+T     Y  +E   S SS S CAICLE F +  +CR+F  C H+FH +CI  WLEIN TCP+CR
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A0A0A0L7Y8 RING-type domain-containing protein3.4e-3188Show/hide
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        ERNRQ QMAMEKLTKPSA Y+ EENDESPS+LSEC ICLE+ GERVSCRVFPNCKH+FHTHCIINWLEINQTCPI
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A0A1S2XDR3 putative RING-H2 finger protein ATL193.0e-1148.24Show/hide
Query:  TTTADLEERNRQTQMAMEKLTKPSAEYDFEEN-DESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICR
        T  A ++E+  Q   A +KL  P   Y    N DE   S +ECAICLE+F ER  C+VFP CKH+FH+ C  +WL+   TCPICR
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A0A7N2M906 RING-type domain-containing protein4.0e-1136.21Show/hide
Query:  GLCLYICFQCYNQGFPEGEQRGSGNVETTTTTTTADLEERNRQTQMAMEKLTKPSAEYDFEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHC
        GL +Y  F+C +Q F   E+                 ++  +Q + A+++L+ P + Y   +  E+ S    C ICLEEF     C+ FP CKH+FH+HC
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Query:  IINWLEINQTCPICRT
        I +WL+   TCPICRT
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V4URL5 RING-type domain-containing protein2.3e-1150Show/hide
Query:  EERNRQTQMAMEKLTKPSAEYDFEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICR
        EER RQ +  + K+T+    Y  +E   S SS S CAICLE F +  +CR+F  C H+FH +CI  WLEIN TCP+CR
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L9T5 RING-H2 finger protein ATL24.2e-1047.37Show/hide
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        F  +DE+     ECA+CL EF E  + RV PNC+H FH  CI  W   + TCP+CR+
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Q8LF65 RING-H2 finger protein ATL175.0e-1153.19Show/hide
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        EC++CL EF +  S RV PNCKH FH HCI  W   + +CP+CR+Q+
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Q8LGA5 E3 ubiquitin-protein ligase ATL313.2e-1043.28Show/hide
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        T P+  Y   +  +      ECAICL EF +  + R+ P C H+FH HCI  WL+ + TCP+CRT L
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Q9LSW9 RING-H2 finger protein ATL161.9e-1043.1Show/hide
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        E  +E      EC++CL EF +    R+ PNC H+FH  CI  WL+ N  CP+CRT++
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Q9SLC4 RING-H2 finger protein ATL404.2e-1048.94Show/hide
Query:  SECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRTQ
        +ECA+CL    E+ + R+ PNCKH+FH  C+  WL    TCP+CRT+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G42350.1 RING/U-box superfamily protein3.0e-1148.94Show/hide
Query:  SECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRTQ
        +ECA+CL    E+ + R+ PNCKH+FH  C+  WL    TCP+CRT+
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AT2G42360.1 RING/U-box superfamily protein6.7e-1145.45Show/hide
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        D   +S +ECA+CL    E+   R  PNCKH+FH  C+  WL    TCP+CRT++
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AT3G16720.1 TOXICOS EN LEVADURA 23.0e-1147.37Show/hide
Query:  FEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRT
        F  +DE+     ECA+CL EF E  + RV PNC+H FH  CI  W   + TCP+CR+
Subjt:  FEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRT

AT5G27420.1 carbon/nitrogen insensitive 12.3e-1143.28Show/hide
Query:  TKPSAEYDFEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRTQL
        T P+  Y   +  +      ECAICL EF +  + R+ P C H+FH HCI  WL+ + TCP+CRT L
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AT5G43420.1 RING/U-box superfamily protein1.3e-1143.1Show/hide
Query:  EENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFPNCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRTQL
        E  +E      EC++CL EF +    R+ PNC H+FH  CI  WL+ N  CP+CRT++
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCACATAATCGTCGTCTTTGGCTTTTTCTTGACAATTTTTGTGTTCATCTCCTTCTTTGGCTTGTGTCTATACATCTGTTTCCAATGCTACAACCAGGGATTCCCAGA
GGGCGAGCAACGCGGCAGTGGGAATGTAGAAACGACGACAACAACGACAACGGCGGATCTTGAGGAGCGGAATCGTCAGACTCAAATGGCAATGGAGAAATTGACGAAGC
CATCGGCAGAGTATGATTTCGAGGAGAATGATGAATCTCCATCGTCATTGAGTGAATGCGCGATATGTTTGGAGGAGTTTGGAGAAAGGGTTTCGTGTCGAGTTTTTCCT
AATTGCAAGCATATGTTCCATACACATTGCATTATCAATTGGTTAGAAATTAATCAAACTTGTCCAATATGTCGGACACAGCTGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCACATAATCGTCGTCTTTGGCTTTTTCTTGACAATTTTTGTGTTCATCTCCTTCTTTGGCTTGTGTCTATACATCTGTTTCCAATGCTACAACCAGGGATTCCCAGA
GGGCGAGCAACGCGGCAGTGGGAATGTAGAAACGACGACAACAACGACAACGGCGGATCTTGAGGAGCGGAATCGTCAGACTCAAATGGCAATGGAGAAATTGACGAAGC
CATCGGCAGAGTATGATTTCGAGGAGAATGATGAATCTCCATCGTCATTGAGTGAATGCGCGATATGTTTGGAGGAGTTTGGAGAAAGGGTTTCGTGTCGAGTTTTTCCT
AATTGCAAGCATATGTTCCATACACATTGCATTATCAATTGGTTAGAAATTAATCAAACTTGTCCAATATGTCGGACACAGCTGTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MHIIVVFGFFLTIFVFISFFGLCLYICFQCYNQGFPEGEQRGSGNVETTTTTTTADLEERNRQTQMAMEKLTKPSAEYDFEENDESPSSLSECAICLEEFGERVSCRVFP
NCKHMFHTHCIINWLEINQTCPICRTQL