; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10016721 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10016721
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptiontranscription factor SPATULA
Genome locationChr03:7455235..7457350
RNA-Seq ExpressionHG10016721
SyntenyHG10016721
Gene Ontology termsGO:0006468 - protein phosphorylation (biological process)
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InterPro domainsIPR011598 - Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain
IPR031066 - Basic helix-loop-helix (bHLH) transcription factors ALC-like, plant
IPR036638 - Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004142005.2 transcription factor SPATULA isoform X1 [Cucumis sativus]3.9e-19488.81Show/hide
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XP_031742540.1 transcription factor SPATULA isoform X2 [Cucumis sativus]3.7e-19288.56Show/hide
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XP_038883118.1 transcription factor APG-like isoform X1 [Benincasa hispida]4.1e-20790.95Show/hide
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XP_038883119.1 transcription factor APG-like isoform X2 [Benincasa hispida]3.8e-20590.71Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KLD3 BHLH domain-containing protein1.9e-19488.81Show/hide
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A0A1S3B0R8 transcription factor SPATULA8.3e-19087.59Show/hide
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A0A5D3CR49 Transcription factor SPATULA1.4e-18987.78Show/hide
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A0A6J1GF25 transcription factor SPATULA-like isoform X12.6e-15979.95Show/hide
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        MDHSI NNCD+NAC+SSTWTLP   TAAV SSSPPD+ISLFLQQ+LLRSSS+APH SLL    SPSPSIFSE TCNIRAFT PTHNI PPYG PNAVP+E
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        IS VD+       SSS ++HDPLRSCPTP PPNASS  VGASDH ENDEF+CES EGLEAL E+LPTKPN RSSSKRSRAAEVHN+SEKRRRSRINEKMK
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        ALQNL+PNSNKTDKASMLD+AIEYLKQLQLQ+QMLSMR+GLSLHPMNLPGSLQYLQLS MRMDFGE +RS+SSDQERPNQIFLSLPDQK ASIHPFMSDI
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        GRTN +T FEL PPIQ HL+PFYLS S KSKEIC R+ LR DHQVN  + QSETTPF+S P NIPAPPDL+ ++N VS+EP IIE NRS
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A0A6J1ILN5 transcription factor SPATULA-like isoform X14.8e-16180.31Show/hide
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        MDHSI NNCD+NAC+SSTWTLP     TAAVSSSSPPD+ISLFLQQ+LLRSSS+APH SLL    SPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNI PPYGPPNAVP
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        MKALQNL+PNSNKTDKASMLD+AIEYLKQLQLQ+QML MR+ LSLHPMNLPGSLQYLQLS MRMDFGE +RS+SSDQERPNQIFLSLPDQK ASIHPFMS
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Query:  DIGRTNVETAFELTPPIQAHLLPFYLSDSSKSKEICSRDVLRDDHQVNVNVRQSETTPFVSRPYNIPAPPDLQGIQNCVSVEPSIIEGNRS
        DIGRTN +T FEL PPIQ HL+PFYLS S KSKEIC R+ LR DHQVN  + QSETTPF+S P NIPAPPDL+ +QN VS+EP IIE NRS
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0JNI9 Transcription factor PHYTOCHROME INTERACTING FACTOR-LIKE 158.1e-2572.04Show/hide
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        K  TR S+KRSR AEVHNLSE+RRR RINEKM+ALQ LIPN NK DKASMLDEAIEYLK LQLQVQM+SM  GL + PM LP ++Q+LQ+  M
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Q6AT90 Transcription factor APG1.5e-2339.52Show/hide
Query:  TAAVSSSSPPDDISLFLQQILLRSSS--SAPHFSLLSPSPSPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNIPPPYGPPNAVPDEISAVDSSSSAILHDPLRSCPTPI
        +AA +S+ P +   +      LRS+   S    + L P P PSP          RA  PP    PPP  P      + +A  ++ +  L       P   
Subjt:  TAAVSSSSPPDDISLFLQQILLRSSS--SAPHFSLLSPSPSPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNIPPPYGPPNAVPDEISAVDSSSSAILHDPLRSCPTPI

Query:  PPNASSTSVGAS--------------DHNENDEFDCESEEGLEALAEELP--TKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDK
        PP A++T+  +S              D + N   +  + +    L +EL    + +   SSKRSR AEVHNLSE+RRR RINEKM+ALQ LIPN NK DK
Subjt:  PPNASSTSVGAS--------------DHNENDEFDCESEEGLEALAEELP--TKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDK

Query:  ASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLPGSLQYLQLSHMRM
        ASML+EAIEYLK LQLQVQM+SM  G+ + PM LP +   +Q  HM+M
Subjt:  ASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLPGSLQYLQLSHMRM

Q8GZM7 Transcription factor PIF15.8e-2348.32Show/hide
Query:  DHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS
        D  +  E +  + +  E+ +EE      + +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
Subjt:  DHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS

Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+   A
Subjt:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA

Q9FHA2 Transcription factor ALC7.6e-2368.04Show/hide
Query:  SEEGLEALA-EELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLP
        SE G +  A E   +    R+S KR+  A+ HNLSEK+RRS+INEKMKALQ LIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQ L++ NGL L+PM LP
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Q9FUA4 Transcription factor SPATULA1.5e-4259.09Show/hide
Query:  SSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTK---PNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQ
        SS+SVGAS  NE DE+DCESEEG EA+ +E P+    P++RSSSKR RAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQ+LIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQ
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Query:  VQMLSMRNGLSLHPMNLPG-SLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQ-KTASIHPFMSDIGRTNVETAFELTPPIQAHLLPFYLSDS
        VQML+MRNG++LHP+ LPG +L  LQLS +R              E  N   L+  +Q  + S  P M +     V +++ L P I++H  PF L  S
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G20180.1 phytochrome interacting factor 3-like 54.1e-2448.32Show/hide
Query:  DHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS
        D  +  E +  + +  E+ +EE      + +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+   A
Subjt:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA

AT2G20180.2 phytochrome interacting factor 3-like 54.1e-2448.32Show/hide
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        D  +  E +  + +  E+ +EE      + +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
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Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+   A
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AT2G20180.3 phytochrome interacting factor 3-like 54.1e-2448.32Show/hide
Query:  DHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS
        D  +  E +  + +  E+ +EE      + +S+KRSRAAEVHNLSE++RR RINE+MKALQ LIP  NK+DKASMLDEAIEY+K LQLQ+QM+SM  G  
Subjt:  DHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLS

Query:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA
        + PM  PG  QY  + HM M  G        +Q  P   F+  P+   A
Subjt:  LHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTA

AT4G36930.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.0e-4359.09Show/hide
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Query:  VQMLSMRNGLSLHPMNLPG-SLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQ-KTASIHPFMSDIGRTNVETAFELTPPIQAHLLPFYLSDS
        VQML+MRNG++LHP+ LPG +L  LQLS +R              E  N   L+  +Q  + S  P M +     V +++ L P I++H  PF L  S
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AT5G67110.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein5.4e-2468.04Show/hide
Query:  SEEGLEALA-EELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLP
        SE G +  A E   +    R+S KR+  A+ HNLSEK+RRS+INEKMKALQ LIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQ L++ NGL L+PM LP
Subjt:  SEEGLEALA-EELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQLQVQMLSMRNGLSLHPMNLP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GTTTCTGCAACAGATTTTGCTACGTTCCTCTTCCTCTGCTCCCCATTTCTCTCTCCTCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCATCTTCTCCGAGCTCACCTGCAACA
TTAGAGCCTTCACCCCCCCAACCCATAACATTCCCCCTCCTTACGGGCCGCCTAATGCAGTGCCCGACGAGATCTCCGCCGTCGATTCCTCATCGTCCGCTATATTACAT
GATCCCTTGCGCTCTTGTCCCACACCCATTCCACCCAATGCGTCTTCTACGTCGGTTGGAGCTAGTGATCACAACGAAAACGATGAATTTGACTGCGAAAGTGAGGAGGG
TCTGGAGGCATTGGCTGAAGAGCTCCCTACAAAGCCCAATACTCGCAGCTCTTCCAAAAGAAGCAGAGCCGCCGAAGTTCATAATCTGTCTGAAAAGAGAAGGAGGAGCA
GAATAAATGAGAAAATGAAGGCACTGCAAAATCTGATCCCAAATTCTAACAAGACTGACAAGGCCTCGATGCTGGACGAAGCAATTGAATATCTGAAGCAACTTCAACTT
CAAGTTCAGATGCTGTCGATGAGAAATGGCTTGAGTTTGCATCCTATGAACTTGCCTGGGAGTTTGCAATATCTCCAACTTTCCCACATGAGAATGGACTTTGGTGAAGA
AAACAGGTCAATTTCTTCTGACCAAGAAAGACCAAACCAGATCTTTCTCAGTTTGCCTGACCAAAAGACTGCCTCCATCCATCCTTTCATGTCAGACATTGGAAGAACTA
ATGTAGAAACTGCATTTGAATTGACCCCGCCCATCCAGGCTCACCTACTCCCTTTTTACTTGAGTGACTCCTCCAAGTCTAAGGAGATTTGCAGCAGAGATGTACTGCGA
GATGATCACCAGGTGAATGTGAATGTGCGCCAATCGGAGACAACTCCCTTTGTGTCACGCCCCTATAACATACCAGCGCCTCCTGATTTACAAGGAATACAGAATTGCGT
CTCAGTGGAACCGAGCATCATAGAAGGAAATCGCTCAGGTGTGCTTCTAAATTACACTCCAGAGCACAGCCTTGTATTCCCTTCCCCTTTTAATCGCATTAACACAGGAA
GACCAACTGAAACAACAGAGCTGCAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGACCATTCCATTCCCAACAACTGCGATCGAAATGCATGTACTTCGTCGACGTGGACTCTCCCCACCGCCGCCGTCTCCTCCTCTTCCCCTCCCGACGATATCTCTCT
GTTTCTGCAACAGATTTTGCTACGTTCCTCTTCCTCTGCTCCCCATTTCTCTCTCCTCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCTCCATCTTCTCCGAGCTCACCTGCAACA
TTAGAGCCTTCACCCCCCCAACCCATAACATTCCCCCTCCTTACGGGCCGCCTAATGCAGTGCCCGACGAGATCTCCGCCGTCGATTCCTCATCGTCCGCTATATTACAT
GATCCCTTGCGCTCTTGTCCCACACCCATTCCACCCAATGCGTCTTCTACGTCGGTTGGAGCTAGTGATCACAACGAAAACGATGAATTTGACTGCGAAAGTGAGGAGGG
TCTGGAGGCATTGGCTGAAGAGCTCCCTACAAAGCCCAATACTCGCAGCTCTTCCAAAAGAAGCAGAGCCGCCGAAGTTCATAATCTGTCTGAAAAGAGAAGGAGGAGCA
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CAAGTTCAGATGCTGTCGATGAGAAATGGCTTGAGTTTGCATCCTATGAACTTGCCTGGGAGTTTGCAATATCTCCAACTTTCCCACATGAGAATGGACTTTGGTGAAGA
AAACAGGTCAATTTCTTCTGACCAAGAAAGACCAAACCAGATCTTTCTCAGTTTGCCTGACCAAAAGACTGCCTCCATCCATCCTTTCATGTCAGACATTGGAAGAACTA
ATGTAGAAACTGCATTTGAATTGACCCCGCCCATCCAGGCTCACCTACTCCCTTTTTACTTGAGTGACTCCTCCAAGTCTAAGGAGATTTGCAGCAGAGATGTACTGCGA
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CTCAGTGGAACCGAGCATCATAGAAGGAAATCGCTCAGGTGTGCTTCTAAATTACACTCCAGAGCACAGCCTTGTATTCCCTTCCCCTTTTAATCGCATTAACACAGGAA
GACCAACTGAAACAACAGAGCTGCAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDHSIPNNCDRNACTSSTWTLPTAAVSSSSPPDDISLFLQQILLRSSSSAPHFSLLSPSPSPSPSIFSELTCNIRAFTPPTHNIPPPYGPPNAVPDEISAVDSSSSAILH
DPLRSCPTPIPPNASSTSVGASDHNENDEFDCESEEGLEALAEELPTKPNTRSSSKRSRAAEVHNLSEKRRRSRINEKMKALQNLIPNSNKTDKASMLDEAIEYLKQLQL
QVQMLSMRNGLSLHPMNLPGSLQYLQLSHMRMDFGEENRSISSDQERPNQIFLSLPDQKTASIHPFMSDIGRTNVETAFELTPPIQAHLLPFYLSDSSKSKEICSRDVLR
DDHQVNVNVRQSETTPFVSRPYNIPAPPDLQGIQNCVSVEPSIIEGNRSGVLLNYTPEHSLVFPSPFNRINTGRPTETTELQ