; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10016966 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10016966
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionPentatricopeptide repeat-containing protein
Genome locationChr03:9739052..9741500
RNA-Seq ExpressionHG10016966
SyntenyHG10016966
Gene Ontology termsGO:0009451 - RNA modification (biological process)
GO:0043231 - intracellular membrane-bounded organelle (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002885 - Pentatricopeptide repeat
IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0025251.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein [Cucumis melo var. makuwa]8.9e-7488.75Show/hide
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XP_004143385.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial [Cucumis sativus]6.8e-7488.12Show/hide
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XP_008462579.1 PREDICTED: putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460 [Cucumis melo]8.9e-7488.75Show/hide
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XP_023544808.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial [Cucurbita pepo subsp. pepo]3.7e-7292.05Show/hide
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XP_038882846.1 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial [Benincasa hispida]8.1e-7592.72Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KFC9 DYW_deaminase domain-containing protein3.3e-7488.12Show/hide
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A0A1S3CH87 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g114604.3e-7488.75Show/hide
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A0A5D3CAP8 Putative pentatricopeptide repeat-containing protein4.3e-7488.75Show/hide
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A0A6J1EDM7 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial1.8e-7292.05Show/hide
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A0A6J1IQ02 putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial2.2e-7089.4Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P0C8Q2 Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g19191, mitochondrial4.7e-1735.57Show/hide
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Q9CAY1 Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g11460, mitochondrial1.1e-4761.22Show/hide
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         +L+VCYNALISGY +NSK +DA  +FR+M E  V V+SVT+LGL+P
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Q9LN01 Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic2.0e-2040.15Show/hide
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         V Y ALI GY S     +A  LF     + +PV  V
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Q9LTV8 Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g127703.6e-1731.25Show/hide
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          V + A++S Y  N +  +A+ +F QM +  V  + V L+ ++
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Q9MA95 Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g052403.2e-1834.97Show/hide
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         V + +LISG+V+N++ SDA+  FR+M    V  N   ++ L+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G08070.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein1.4e-2140.15Show/hide
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         V Y ALI GY S     +A  LF     + +PV  V
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AT3G05240.1 mitochondrial editing factor 192.3e-1934.97Show/hide
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AT3G11460.1 Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein8.1e-4961.22Show/hide
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AT3G12770.1 mitochondrial editing factor 222.5e-1831.25Show/hide
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AT4G19191.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein3.3e-1835.57Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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