; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10016995 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10016995
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionRAB6-interacting golgin
Genome locationChr03:9970150..9971447
RNA-Seq ExpressionHG10016995
SyntenyHG10016995
Gene Ontology termsGO:0005794 - Golgi apparatus (cellular component)
InterPro domainsIPR007033 - RAB6-interacting golgin


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0025281.1 putative DNA double-strand break repair Rad50 ATPase isoform X2 [Cucumis melo var. makuwa]4.4e-5883.54Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQ++QN PQQLQ +          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG      EKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

XP_004143305.1 uncharacterized protein LOC101209289 [Cucumis sativus]4.6e-6386.59Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQS+QN PQQLQA+          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTEL+NKLQ+RLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG+TCQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

XP_008462544.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103500877 [Cucumis melo]2.1e-6386.59Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQ++QN PQQLQ +          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG+TCQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

XP_023543803.1 uncharacterized protein LOC111803564 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.9e-5677.91Show/hide
Query:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN
        MQ+EQNPQQLQ +          SKED+EMSKSAL+AFREKEEEI+RMRTEL  KLQ RLGRV+EESRRL + REELE I GDP RKEIGQIRK+ID LN
Subjt:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN

Query:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        KELKPLG  CQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQ ISKLMEMVGESE++RLKRLEELSKHVD++
Subjt:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

XP_038882826.1 uncharacterized protein LOC120073968 isoform X1 [Benincasa hispida]1.6e-6385.28Show/hide
Query:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN
        MQS+QNPQQLQA+          SKEDD+MSKSALAAFREKEEEIDRMR +LHNKLQVRLGRVQEESRRL + REEL+AI GDPMRKEIGQIRKKIDALN
Subjt:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN

Query:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        KELKPLG+TCQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KHE9 RAB6-interacting golgin2.2e-6386.59Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQS+QN PQQLQA+          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTEL+NKLQ+RLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG+TCQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

A0A1S3CIS0 RAB6-interacting golgin1.0e-6386.59Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQ++QN PQQLQ +          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG+TCQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

A0A5A7SM04 RAB6-interacting golgin2.1e-5883.54Show/hide
Query:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
        MQ++QN PQQLQ +          SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRL++ REELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL
Subjt:  MQSEQN-PQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDAL

Query:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        NKELKPLG      EKEYKDALD FNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVD++
Subjt:  NKELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

A0A6J1EJF7 RAB6-interacting golgin5.8e-5677.3Show/hide
Query:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN
        MQ+EQNPQQLQ +          SKED+EMSKSAL+AFREKEEEI+RMRTEL  KLQ RLGRV+EESRRL + REELE I GDP RKEIGQIRK+ID LN
Subjt:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN

Query:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        KELKPLG  CQKKEKEYKDALD FNEKNNEKV  ISKLMEMVGESE++RLKRLEELSKHVD++
Subjt:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

A0A6J1IS07 RAB6-interacting golgin9.0e-5777.91Show/hide
Query:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN
        MQ+EQNPQQLQ +          SKED+EMSKSAL+AFREKEEEI+RMRTEL  KLQ RLGRV+EESRRL + REELE I GDP RKEIGQIRK+ID LN
Subjt:  MQSEQNPQQLQAI----------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALN

Query:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS
        KELKPLG  CQKKEKEYKDALD FNEKNNEKVQ ISKLMEMVGESE++RLKRLEELSKHVD++
Subjt:  KELKPLGLTCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36410.2 Family of unknown function (DUF662)3.0e-4464.29Show/hide
Query:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD
        +S+ED+EM++SAL+AFR KE+EI++ R E+  ++Q +LGRV++E++RL+T REELE++  DPMRKE+  +RKKID++NKELKPLG T QKKE+EYK+ALD
Subjt:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD

Query:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS
         FNEKN EKVQLI+KLME+VGESEKLR+ +LEELSK +++
Subjt:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS

AT2G36410.3 Family of unknown function (DUF662)4.3e-4363.57Show/hide
Query:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD
        +S+ED+EM++SAL+AFR KE+EI++ R E+  ++Q +LGRV++E++RL+T REELE++  DPMRKE+  +RKKID++NKELKPLG T QKK  EYK+ALD
Subjt:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD

Query:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS
         FNEKN EKVQLI+KLME+VGESEKLR+ +LEELSK +++
Subjt:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS

AT3G09980.1 Family of unknown function (DUF662)3.5e-4565Show/hide
Query:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD
        +SKED+EMS++AL+AFR KEEEI++ + E+  ++Q +LGRV+EE++RL   REELE +  DPMRKE+  +RKKID++NKELKPLG T QKKE+EYK+AL+
Subjt:  ISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDALD

Query:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS
         FNEKN EKVQLI++LME+VGESEK+R+K+LEELSK++DS
Subjt:  VFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS

AT3G52920.1 Family of unknown function (DUF662)1.5e-4361.15Show/hide
Query:  QNPQQLQAI------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGL
        Q PQQ+ ++      SKED+EM++SAL+AFR KE+EI++ + E+  +++ +LGRV+EE+RRL + REELE +  DPMRKE+  +RKKID++NKELKPLG 
Subjt:  QNPQQLQAI------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGL

Query:  TCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEM---VGESEKLRLKRLEELSKHVDS
        T QKKE+EYK+ALD FNEKN EKVQLI+KLMEM   VGESEKLRLK+L+ELS+ +D+
Subjt:  TCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEM---VGESEKLRLKRLEELSKHVDS

AT3G52920.2 Family of unknown function (DUF662)7.8e-4561.69Show/hide
Query:  QNPQQLQAI------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGL
        Q PQQ+ ++      SKED+EM++SAL+AFR KE+EI++ + E+  +++ +LGRV+EE+RRL + REELE +  DPMRKE+  +RKKID++NKELKPLG 
Subjt:  QNPQQLQAI------SKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGL

Query:  TCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS
        T QKKE+EYK+ALD FNEKN EKVQLI+KLME+VGESEKLRLK+L+ELS+ +D+
Subjt:  TCQKKEKEYKDALDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAGAGCGAGCAGAATCCACAGCAACTTCAAGCAATTAGCAAAGAAGACGATGAGATGTCCAAATCTGCGCTTGCGGCTTTCAGGGAAAAGGAAGAGGAAATCGACCG
GATGAGGACCGAGCTTCATAACAAACTTCAAGTTCGTCTCGGCCGAGTCCAGGAAGAATCAAGGCGTTTGACTACTTTTCGAGAGGAACTTGAAGCCATAGGGGGGGATC
CAATGAGGAAGGAAATTGGACAAATTCGTAAGAAAATCGATGCCCTAAACAAGGAATTAAAGCCTCTCGGACTAACATGCCAAAAGAAGGAGAAAGAGTACAAAGATGCC
CTTGATGTTTTTAATGAAAAGAACAACGAAAAAGTACAGTTAATATCAAAACTAATGGAGATGGTTGGTGAAAGTGAAAAGCTGAGGCTAAAGAGGTTGGAAGAATTGAG
TAAGCATGTGGATTCTTCCTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCAGAGCGAGCAGAATCCACAGCAACTTCAAGCAATTAGCAAAGAAGACGATGAGATGTCCAAATCTGCGCTTGCGGCTTTCAGGGAAAAGGAAGAGGAAATCGACCG
GATGAGGACCGAGCTTCATAACAAACTTCAAGTTCGTCTCGGCCGAGTCCAGGAAGAATCAAGGCGTTTGACTACTTTTCGAGAGGAACTTGAAGCCATAGGGGGGGATC
CAATGAGGAAGGAAATTGGACAAATTCGTAAGAAAATCGATGCCCTAAACAAGGAATTAAAGCCTCTCGGACTAACATGCCAAAAGAAGGAGAAAGAGTACAAAGATGCC
CTTGATGTTTTTAATGAAAAGAACAACGAAAAAGTACAGTTAATATCAAAACTAATGGAGATGGTTGGTGAAAGTGAAAAGCTGAGGCTAAAGAGGTTGGAAGAATTGAG
TAAGCATGTGGATTCTTCCTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MQSEQNPQQLQAISKEDDEMSKSALAAFREKEEEIDRMRTELHNKLQVRLGRVQEESRRLTTFREELEAIGGDPMRKEIGQIRKKIDALNKELKPLGLTCQKKEKEYKDA
LDVFNEKNNEKVQLISKLMEMVGESEKLRLKRLEELSKHVDSS