; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10017453 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10017453
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationChr03:14429446..14431307
RNA-Seq ExpressionHG10017453
SyntenyHG10017453
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.0e-8394.95Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]2.8e-8194.44Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]1.2e-8495.45Show/hide
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XP_022950557.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]5.0e-8393.81Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.8e-8191.92Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.3e-8194.44Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.3e-8194.44Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.8e-8595.45Show/hide
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A0A6J1GF54 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.4e-8393.81Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit5.8e-8595.45Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR13.5e-3959.81Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 12.5e-3765.99Show/hide
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR17.4e-3759.07Show/hide
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         ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK              G  + RGG R GG GGRGG  GGF GRGG RGG GG  RGG RGGF GRG
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 15.6e-6178.33Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 21.3e-5272.96Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.0e-6278.33Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein8.9e-5472.96Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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MEGIVATSYASGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKGTFSSRGGGRGGGRGGRGGGGFRGRGGPRGGRGGPPRGGGRGGFRGRGRF