; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10018696 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10018696
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
Descriptiontranscription factor bHLH54
Genome locationChr04:7030283..7032250
RNA-Seq ExpressionHG10018696
SyntenyHG10018696
Gene Ontology termsGO:0045893 - positive regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR011598 - Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain
IPR036638 - Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031364.1 transcription factor bHLH54 [Cucumis melo var. makuwa]1.7e-11077.74Show/hide
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TYK06816.1 transcription factor bHLH54 [Cucumis melo var. makuwa]8.3e-11077.43Show/hide
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XP_008455031.1 PREDICTED: transcription factor bHLH54 [Cucumis melo]2.3e-11576.25Show/hide
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XP_031745141.1 transcription factor bHLH85-like [Cucumis sativus]1.4e-10174.05Show/hide
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          EDSMN+EVSENN QPC           EEAAH  + +INCKKRSRG FGDHVQK GRNER KK QKL +S++ T++DGNAG SRQSTS YCSEDESNA
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XP_038887542.1 transcription factor RSL2-like [Benincasa hispida]2.6e-11982.96Show/hide
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        S+NLEVSEN+ QPCS        EEAA  Q EINCKKRSR GFGD HVQK  RNERPKK QKLITSSS NT++DGN GPSRQSTSNYCSEDESNASLDRN
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        GGANN G+SPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLN 
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        TT KT KEKEL
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K6C1 BHLH domain-containing protein1.9e-10773Show/hide
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        SLGELG Y +N+NG + FH++  EDSMN+EVSENN QPC           EEAAH  + +INCKKRSRG FGDHVQK GRNER KK QKL +S++ T++D
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        GNAG SRQSTS YCSEDESNASLD+NGGANNS +S NG  KSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQ LVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQ
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A0A1S3C161 transcription factor bHLH541.1e-11576.25Show/hide
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         FSLGELG+Y NNNNG N FHL+  EDSMN+EVSENN  QPC            EEAAH Q EINCKKRSRG FGDH  + GRNER KK QKL TSS+NT
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A0A5A7SJP5 Transcription factor bHLH548.1e-11177.74Show/hide
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A0A5D3C916 Transcription factor bHLH544.0e-11077.43Show/hide
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A0A6J1GNG8 transcription factor bHLH85-like9.7e-8867.79Show/hide
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        ++W  +SLNG FTAD  EEEATF+AQL     A PDPFMA+L      P +  S S+FY +SQE+   +  SYCSQLLF  +ENNDN  YY CN ++N  
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Query:  YNNFSLGELGDYCNNNNGGNYFHLEDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDG-NAGPS
         ++FSLGELG    NNNGG  F LEDHEDSMN+E           E   N  +INCKKRSR GFGD +QK  RNE+ KK QKLI     T++DG NA  +
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Query:  RQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSS
        RQSTS+YCSEDESNASL+ NGG NNSG SPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERL+ILQ LVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSS
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Query:  DDLWMYAPIAYNGMDIGLNST--TPK
        DDLWMYAPIAYNGMDIGLN T  TPK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2QQ32 Transcription factor BHLH1334.3e-2477.46Show/hide
Query:  SATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYN
        SA   QS YA+ RR+RINERLRILQ L+PNGTKVDISTMLEEA+QYVKFL LQIKLLSSD++WMYAP+A++
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Q3E7L7 Transcription factor bHLH1391.5e-3258.74Show/hide
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        +P+K QKL + S+   +   A    QS S+Y S D+  A          S TS +   K++A+RG A+DPQSLYARKRRERIN+RL+ LQ+LVPNGTKVD
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Query:  ISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLN
        ISTMLE+AV YVKFLQLQIKLLSS+DLWMYAP+A+NG+++GL+
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Q7XHI9 Transcription factor bHLH842.6e-3742.64Show/hide
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        +  L G +T     EEA FM QLL +       +++     + +  +Q    +  +  SQE+++ S YC+ +     +  DNN           N N + 
Subjt:  NNSLNGTFTADEEEEEATFMAQLLFN-------TTASPDPFMASLPYQTPSSSTFYSLSQENTNES-YCSQLLFPTNENNDNNYYYSCNALNNNNYNNFS

Query:  LGELGDYCN--NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDGN----
        +GE    C+    +G +   L    E+H+ SM     EN+    ++E   NQ E + KKR+R    D   K  R  + +++QK +  S   +  G     
Subjt:  LGELGDYCN--NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDGN----

Query:  ---AGPSR----QSTSNYCSEDESNAS---LDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQ
           AG  +    +     CS+DESN     L +  G ++   + NG  K+RASRG+ATDPQSLYARKRRERINERLRILQ+LVPNGTKVDISTMLEEAVQ
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        YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGL+
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Q84WK0 Transcription factor RSL29.8e-3741.18Show/hide
Query:  KWGNNSLNGTFTADEEEEEATFMAQLLFN----TTASPDPFMASLPYQ--------------TPSSSTFYSLSQENT-----NESYCSQLLFPTNENNDN
        +W NN L G +T     EEA FM QLL +     T S     AS  +Q                S +  +  SQE++     N  Y + ++ PT E N N
Subjt:  KWGNNSLNGTFTADEEEEEATFMAQLLFN----TTASPDPFMASLPYQ--------------TPSSSTFYSLSQENT-----NESYCSQLLFPTNENNDN

Query:  NYYYSCNALNNNNYNNFSLGELGDYCN---NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKN
                    N N++ +GE    C+    ++G     L    E+H+D  +L  SE +           +     KKRSR    D  ++   N+R +KN
Subjt:  NYYYSCNALNNNNYNNFSLGELGDYCN---NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKN

Query:  QKLITSSSNTD-----------KDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPT-------KSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLR
         ++   ++  +           K+G     + S++ +C+E+ESN + D++GG  +S +  + P+       K+RASRG+ATDPQSLYARKRRERINERLR
Subjt:  QKLITSSSNTD-----------KDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPT-------KSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLR

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        ILQNLVPNGTKVDISTMLEEAV YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIA+NGMDIGL+S
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Q8LEG1 Transcription factor RSL31.6e-3461.54Show/hide
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        + KK Q++ + S+  D+        QS SN  S D+  AS+          TS  G  K+RA++G+ATDPQSLYARKRRE+INERL+ LQNLVPNGTKVD
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Query:  ISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLN
        ISTMLEEAV YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAP+AYNG+D+G +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G27740.1 root hair defective 6-like 41.1e-3561.54Show/hide
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        + KK Q++ + S+  D+        QS SN  S D+  AS+          TS  G  K+RA++G+ATDPQSLYARKRRE+INERL+ LQNLVPNGTKVD
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        ISTMLEEAV YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAP+AYNG+D+G +
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AT2G14760.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.8e-3842.64Show/hide
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        +  L G +T     EEA FM QLL +       +++     + +  +Q    +  +  SQE+++ S YC+ +     +  DNN           N N + 
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Query:  LGELGDYCN--NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDGN----
        +GE    C+    +G +   L    E+H+ SM     EN+    ++E   NQ E + KKR+R    D   K  R  + +++QK +  S   +  G     
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Query:  ---AGPSR----QSTSNYCSEDESNAS---LDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQ
           AG  +    +     CS+DESN     L +  G ++   + NG  K+RASRG+ATDPQSLYARKRRERINERLRILQ+LVPNGTKVDISTMLEEAVQ
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        YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGL+
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AT2G14760.3 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.1e-3541.04Show/hide
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        +  L G +T     EEA FM QLL +       +++     + +  +Q    +  +  SQE+++ S YC+ +     +  DNN           N N + 
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Query:  LGELGDYCN--NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDGN----
        +GE    C+    +G +   L    E+H+ SM     EN+    ++E   NQ E + KKR+R    D   K  R  + +++QK +  S   +  G     
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Query:  ---AGPSR----QSTSNYCSEDESNAS---LDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYAR-------------KRRERINERLRILQNLVPNGT
           AG  +    +     CS+DESN     L +  G ++   + NG  K+RASRG+ATDPQSLYAR             KRRERINERLRILQ+LVPNGT
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        KVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGL+
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AT4G33880.1 ROOT HAIR DEFECTIVE 6-LIKE 26.9e-3841.18Show/hide
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        +W NN L G +T     EEA FM QLL +     T S     AS  +Q                S +  +  SQE++     N  Y + ++ PT E N N
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Query:  NYYYSCNALNNNNYNNFSLGELGDYCN---NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKN
                    N N++ +GE    C+    ++G     L    E+H+D  +L  SE +           +     KKRSR    D  ++   N+R +KN
Subjt:  NYYYSCNALNNNNYNNFSLGELGDYCN---NNNGGNYFHL----EDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKN

Query:  QKLITSSSNTD-----------KDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPT-------KSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLR
         ++   ++  +           K+G     + S++ +C+E+ESN + D++GG  +S +  + P+       K+RASRG+ATDPQSLYARKRRERINERLR
Subjt:  QKLITSSSNTD-----------KDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPT-------KSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLR

Query:  ILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLNS
        ILQNLVPNGTKVDISTMLEEAV YVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIA+NGMDIGL+S
Subjt:  ILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLNS

AT5G43175.1 basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein1.0e-3358.74Show/hide
Query:  RPKKNQKLITSSSNTDKDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVD
        +P+K QKL + S+   +   A    QS S+Y S D+  A          S TS +   K++A+RG A+DPQSLYARKRRERIN+RL+ LQ+LVPNGTKVD
Subjt:  RPKKNQKLITSSSNTDKDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLDRNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVD

Query:  ISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLN
        ISTMLE+AV YVKFLQLQIKLLSS+DLWMYAP+A+NG+++GL+
Subjt:  ISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLN


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAGAACAACTCACAACAACTCCCATTCCAAAAGAAAAATGGGGCAATAACTCTCTCAATGGAACTTTCACAGCTGATGAAGAAGAAGAAGAAGCAACTTTCATGGC
TCAATTACTCTTCAACACCACAGCTTCCCCTGACCCTTTCATGGCTTCCCTTCCCTATCAAACACCTTCTTCTTCAACCTTTTATAGCCTTTCACAAGAGAACACTAATG
AAAGTTATTGCAGCCAATTATTATTCCCCACAAATGAAAATAATGATAATAATTATTATTATTCTTGCAATGCCTTGAATAATAATAATTATAATAATTTTTCATTGGGG
GAGCTTGGAGATTATTGCAATAACAATAATGGTGGTAATTATTTCCACCTTGAAGATCATGAGGACTCTATGAATCTAGAGGTGAGTGAGAATAATTTTCAGCCTTGTTC
TGAAGAAGCTGCCCATAATCAACTTGAGATCAATTGCAAGAAAAGATCAAGAGGAGGATTTGGGGATCATGTACAAAAGCTGGGGAGGAATGAGAGGCCAAAGAAAAATC
AAAAGCTTATTACCTCAAGCAGCAACACTGATAAAGATGGCAATGCTGGCCCTAGCAGGCAAAGCACAAGCAACTATTGCTCGGAAGACGAATCCAATGCCTCTCTCGAT
CGAAACGGAGGAGCTAATAACTCGGGAACGAGTCCGAATGGTCCGACCAAATCACGAGCCAGCAGAGGCTCAGCCACAGATCCACAGAGCCTCTATGCAAGAAAAAGAAG
AGAAAGAATCAATGAGAGGTTGAGAATCTTACAGAATCTTGTCCCAAATGGAACAAAGGTTGATATTAGCACAATGCTTGAGGAAGCTGTTCAATATGTGAAGTTCCTAC
AACTCCAAATCAAGCTATTAAGCTCTGATGATTTATGGATGTACGCTCCGATCGCTTACAACGGAATGGATATCGGACTTAATTCGACGACCCCGAAAACATCAAAAGAG
AAAGAATTATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TCAATTACTCTTCAACACCACAGCTTCCCCTGACCCTTTCATGGCTTCCCTTCCCTATCAAACACCTTCTTCTTCAACCTTTTATAGCCTTTCACAAGAGAACACTAATG
AAAGTTATTGCAGCCAATTATTATTCCCCACAAATGAAAATAATGATAATAATTATTATTATTCTTGCAATGCCTTGAATAATAATAATTATAATAATTTTTCATTGGGG
GAGCTTGGAGATTATTGCAATAACAATAATGGTGGTAATTATTTCCACCTTGAAGATCATGAGGACTCTATGAATCTAGAGGTGAGTGAGAATAATTTTCAGCCTTGTTC
TGAAGAAGCTGCCCATAATCAACTTGAGATCAATTGCAAGAAAAGATCAAGAGGAGGATTTGGGGATCATGTACAAAAGCTGGGGAGGAATGAGAGGCCAAAGAAAAATC
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AAAGAATTATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEEQLTTTPIPKEKWGNNSLNGTFTADEEEEEATFMAQLLFNTTASPDPFMASLPYQTPSSSTFYSLSQENTNESYCSQLLFPTNENNDNNYYYSCNALNNNNYNNFSLG
ELGDYCNNNNGGNYFHLEDHEDSMNLEVSENNFQPCSEEAAHNQLEINCKKRSRGGFGDHVQKLGRNERPKKNQKLITSSSNTDKDGNAGPSRQSTSNYCSEDESNASLD
RNGGANNSGTSPNGPTKSRASRGSATDPQSLYARKRRERINERLRILQNLVPNGTKVDISTMLEEAVQYVKFLQLQIKLLSSDDLWMYAPIAYNGMDIGLNSTTPKTSKE
KEL