; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10019369 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10019369
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationChr04:20956635..20957432
RNA-Seq ExpressionHG10019369
SyntenyHG10019369
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3BHH5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14897.36Show/hide
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14897.36Show/hide
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A0A6J1GAK0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic8.6e-14896.98Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.1e-14896.98Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.3e-13287.64Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)5.8e-13388.8Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic7.6e-13388.68Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic1.1e-13187.07Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic1.9e-13186.94Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 32.9e-12783.9Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 22.9e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.2e-12783.9Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B29.8e-12884.27Show/hide
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        + MALSS  F GKAV        +S V  +GRV+MR++  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B11.4e-12984.59Show/hide
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        + MALSS   TGKAV L   +  +S V   GR++MR++ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELSSSVRSNGRVSMRRSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DP+AFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPDAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCATCCTCGGTTCGTAGCAATGGTAGAGTCTCAATGAGGAG
ATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCATTCTCCGGTGAGCCTCCATCTTACCTCACAGGGGAATTCC
CTGGTGATTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCTGCCGATCCCGAGACCTTTGCCAAGAACCGAGAACTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCTATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAGATCTTCAGTGAAGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTAATTCATGCACAAAGCATTTTGGCCATTTGGGCATCTCAAGTAGTGCTTATGGGTGCAGTTGAAGGTTATCGTATTGCCGGAGGACCACTCGGAGAAG
TTACCGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGTTGGCTGATGATCCAGATGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGCCGTCTTGCA
ATGTTTTCTATGTTCGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCATCCTCGGTTCGTAGCAATGGTAGAGTCTCAATGAGGAG
ATCTGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCATTCTCCGGTGAGCCTCCATCTTACCTCACAGGGGAATTCC
CTGGTGATTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCTGCCGATCCCGAGACCTTTGCCAAGAACCGAGAACTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCTATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAGATCTTCAGTGAAGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTAATTCATGCACAAAGCATTTTGGCCATTTGGGCATCTCAAGTAGTGCTTATGGGTGCAGTTGAAGGTTATCGTATTGCCGGAGGACCACTCGGAGAAG
TTACCGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGTTGGCTGATGATCCAGATGCATTTGCAGAGCTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGCCGTCTTGCA
ATGTTTTCTATGTTCGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAGGGTCCTTTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKAVPLNAPTELSSSVRSNGRVSMRRSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPDAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK