; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

HG10023175 (gene) of Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1 genome

Gene IDHG10023175
OrganismLagenaria siceraria cv. Hangzhou Gourd (Bottle gourd (Hangzhou Gourd) v1)
DescriptionRING-type E3 ubiquitin transferase
Genome locationChr05:31889730..31890707
RNA-Seq ExpressionHG10023175
SyntenyHG10023175
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR039525 - E3 ubiquitin-protein ligase RNF126-like, zinc-ribbon


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0058670.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-15893.15Show/hide
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XP_004135900.2 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucumis sativus]2.3e-15791.59Show/hide
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XP_022953211.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita moschata]6.1e-15890.49Show/hide
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XP_023549060.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-15790.49Show/hide
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XP_038899359.1 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like [Benincasa hispida]7.7e-16996Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KBK3 RING-type E3 ubiquitin transferase1.1e-15791.59Show/hide
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A0A1S3CE92 RING-type E3 ubiquitin transferase2.5e-15792.52Show/hide
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A0A5D3CET0 RING-type E3 ubiquitin transferase7.8e-15993.15Show/hide
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A0A6J1GMD4 RING-type E3 ubiquitin transferase3.0e-15890.49Show/hide
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        P TSDDNYLL+SPQFLRLFQQLADSSDSDF PSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKV+SA+LEEDP+LICAICKD+FLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSN
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A0A6J1JS41 RING-type E3 ubiquitin transferase1.9e-15790.46Show/hide
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        MSSASAAT     AAERHTYWCHECDMSVTLVSP SSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHP SSSSPPDSDPSSFV+VDP+P
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Query:  ITSDDNYLLNSPQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNH
         TSDDNYLL+SPQFLRLFQQLADSSDSDF PSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKV+SA+LEEDP+LICAICKD+FLL+VEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNH
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Query:  DSCPLCRFKLPSDDPSEHVRCRRATTALLRARDLMHQEDSYGLRTTLEHMARRHSSIFSEGIQVDLSQSPTQFGVAEMGSGEQTDSVETVSSVATDDGIV
        DSCPLCR+KLPSD+PS+HVRCR AT ALLRARDLM QEDSYGLRTTLEHMARRHSSIFSEG+QVD SQSPTQ GVA MG+GEQTDSVETVSSVATDDGIV
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        IVNS+GDENGFV MDGPINEDAGT+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O22197 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC1A1.4e-1642.57Show/hide
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        P    LF+QL+  +     P  P       ++++ A+PTIK+    L       C +CKD+F L  EAKQ+PC+H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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Query:  S
        S
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O22283 Probable E3 ubiquitin-protein ligase RHC2A3.3e-1331.94Show/hide
Query:  PSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMD---------FTIPTSSSSISDHPNSSSSPPDSDPSSFVVVDPIPITSDDNYLLNSPQFLRLFQQLA--D
        PSSSSS+ S+S  + +   P  +T    +                SS  +S+  + S+     D  +   + P+P  S   +LL S  F RL  Q++  +
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Query:  SSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDD
         + +  + S    P +  K+++ A+P I++    L  D    CA+CK+ F+L+  A+++PC+H+YHPDCILPWL+  +SCP+CR +LP++D
Subjt:  SSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDD

P0CH30 E3 ubiquitin-protein ligase RING13.9e-1432.43Show/hide
Query:  DMSVTLVSPSSS------SSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSS-----------SSISDHPNSSSSPPDSDPSSFVVVD-------PIPIT
        D+ +TL  P +S       SSSS+++SSS+ + P+       +   + PT S           + I +H N   S        FV+ +        +P  
Subjt:  DMSVTLVSPSSS------SSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSS-----------SSISDHPNSSSSPPDSDPSSFVVVD-------PIPIT

Query:  SDDNYLLNSPQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDS
          D ++   P   +L QQLA+ +D +   + P +     K+++ A+P + +T + L  +    CA+C D F    EAKQ+PC HLYH DC+LPWL  H+S
Subjt:  SDDNYLLNSPQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDS

Query:  CPLCRFKLPSDDPSEHVRCRRA
        CP+CR +LP+DDP    R R A
Subjt:  CPLCRFKLPSDDPSEHVRCRRA

Q8LPN7 E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like2.4e-1630.11Show/hide
Query:  MSSASAATVTATTAAE-RHTYWCHECDMSVTLVSPSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHPNSSSS-PPDSDPSSFVV----
        MSS   +T +A  A E    ++C++C+ +VT+           S SSS+   CP C   FLE  ++  P  + S++ +PNSS S  P +DP S ++    
Subjt:  MSSASAATVTATTAAE-RHTYWCHECDMSVTLVSPSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISDHPNSSSS-PPDSDPSSFVV----

Query:  -------------------VDPIPITSDDN----------YLLNSPQFLRL----FQQLADSSDSD-------------FVPSV-----------PFNPF
                           + P   ++  N          +L N  Q LR     F+ + ++  SD             F P +           P    
Subjt:  -------------------VDPIPITSDDN----------YLLNSPQFLRL----FQQLADSSDSD-------------FVPSV-----------PFNPF

Query:  TP--IKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP
        TP   K+++ A+PT+KVT  +L+ + +  CA+C D+F    + KQ+PC H++H DC+LPWL  H+SCP+CRF+LP+DDP
Subjt:  TP--IKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDP

Q94AK4 E3 ubiquitin-protein ligase RZF11.3e-1744.55Show/hide
Query:  PQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLP
        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK+T   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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Query:  S
        S
Subjt:  S

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G44330.1 RING/U-box superfamily protein1.2e-1845.28Show/hide
Query:  SDFVPSVPF----NPFTPIKAS-----VMAIPTIKVTSALL----EEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLP--
        S F  S PF    NPF   + S     + ++PTIK++S++L     +D  L CAIC++ F++   A++LPC+HLYH DCI+PWL++H+SCPLCR +LP  
Subjt:  SDFVPSVPF----NPFTPIKAS-----VMAIPTIKVTSALL----EEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLP--

Query:  -SDDPS
         S+D S
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AT3G56580.1 RING/U-box superfamily protein9.2e-1944.55Show/hide
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        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK+T   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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Query:  S
        S
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AT3G56580.2 RING/U-box superfamily protein9.2e-1944.55Show/hide
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        P    L +QL+  +     P  P       K+S+ A+PTIK+T   L+      C +CKD+F L+ EAKQ+PC H+YH DCI+PWL  H+SCP+CR +LP
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        S
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AT3G56580.3 RING/U-box superfamily protein9.2e-1944.55Show/hide
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        S
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AT3G60080.1 RING/U-box superfamily protein1.7e-4440.36Show/hide
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        MSS++  T T     ER TYWCHECDMS++L+      SSS S S SS LLCP C  DFLE MD    +SSS++ D            +  + D   +  
Subjt:  MSSASAATVTATTAAERHTYWCHECDMSVTLVSPSSSSSSSSSSSSSSSLLCPHCLTDFLEHMDFTIPTSSSSISD------HPNSSSSPPDSDPSSFVV

Query:  VDPIPITSDDNYLLNSPQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKAS-VMAIPTIKVTSALL------EEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLY
        VDP  + SDDN+LL+SP   RL + LA  +      S   +  + +K+S + +IPTI+++S+LL      + D VL+CA+CK+ F++   A++LPCSH+Y
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        H DCI+PWLS+H+SCPLCRF+LP+            +R R +  A + A     ++D  G+R  L  +ARRH  +
Subjt:  HPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPS------DDPSEHVRCRRATTALLRARDLMHQEDSYGLRTTLEHMARRHSSI


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TTCTTCTTCTTCGTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTCTTCTCTGCCCTCACTGCCTCACTGACTTCCTCGAACACATGGATTTCACCATCCCCACTTCCTCTTCTTCAA
TTTCCGACCACCCCAATTCCTCTTCCTCCCCTCCAGATTCCGATCCATCATCCTTCGTCGTCGTCGACCCTATTCCGATCACTTCCGATGACAATTACCTCCTTAACAGC
CCTCAATTCCTCCGTCTTTTCCAGCAGCTTGCAGATTCATCCGATTCTGATTTCGTCCCATCTGTGCCCTTCAACCCATTTACTCCGATCAAGGCCTCTGTCATGGCGAT
TCCCACTATTAAAGTCACCTCCGCCTTGCTCGAGGAAGACCCAGTTCTAATTTGTGCTATTTGTAAGGATCAGTTCCTTCTTGAGGTTGAAGCCAAACAGCTCCCCTGTT
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TAGTGAGGGAATTCAAGTGGATTTGTCTCAATCGCCTACTCAATTTGGGGTTGCTGAGATGGGAAGTGGGGAACAGACTGATAGTGTTGAGACTGTTTCTAGTGTGGCTA
CTGATGATGGGATTGTAATTGTCAATAGCAATGGTGATGAAAATGGATTTGTGGGAATGGATGGACCTATAAATGAGGATGCCGGCACTGTAGTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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PQFLRLFQQLADSSDSDFVPSVPFNPFTPIKASVMAIPTIKVTSALLEEDPVLICAICKDQFLLEVEAKQLPCSHLYHPDCILPWLSNHDSCPLCRFKLPSDDPSEHVRC
RRATTALLRARDLMHQEDSYGLRTTLEHMARRHSSIFSEGIQVDLSQSPTQFGVAEMGSGEQTDSVETVSSVATDDGIVIVNSNGDENGFVGMDGPINEDAGTVV