CuGenDBv2

Gene ID	IVF0002353
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Photosystem I assembly protein Ycf3
Genome location	tig00000662:108416..110420
RNA-Seq Expression	IVF0002353
Synteny	IVF0002353
Gene Ontology terms	GO:0015979 - photosynthesis (biological process) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001440 - Tetratricopeptide repeat 1 IPR011990 - Tetratricopeptide-like helical domain superfamily IPR019734 - Tetratricopeptide repeat IPR022818 - Photosystem I Ycf3, assembly

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG5222305.1 photosystem assembly related protein [Salix suchowensis]

8.40e-113

94.71

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        MPRS  I GN IDKTF+IVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHYV+L AYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_004841784.1 hypothetical chloroplast RF34 [Cucumis melo subsp. melo]

8.07e-111

91.53

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG-------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG       NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG-------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_009325990.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Citrullus lanatus]

1.19e-110

91.01

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG--------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRA
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG        NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRA
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG--------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRA

Query:  LERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        LERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  LERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_009751907.1 photosystem I assembly protein Ycf3 [Cyclanthera pedata]

2.31e-110

90.96

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG-------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG       NYAEAL+NYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDG-------NYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

YP_009758243.1 hypothetical chloroplast RF34 [Rubus amabilis]

1.00e-112

92.57

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RSG INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY      NLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S4EU10 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.0e-85

91.53

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A218KG30 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.0e-85

91.53

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A6G8QRP2 Photosystem I assembly protein Ycf3

3.2e-87

92.57

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY      NLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

A0A7T7D536 Hypothetical chloroplast RF34

3.2e-87

92.57

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
        M RS GINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLP

Query:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        QAFNNMAVICHY      NLP YSDRGEQA++QGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  QAFNNMAVICHYV-----NLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

G3ETY6 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.0e-85

91.53

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A0ZZ36 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.6e-83

88.7

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q2L906 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.6e-83

88.7

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q49KZ7 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.6e-83

88.7

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q4VZH4 Photosystem I assembly protein Ycf3

2.8e-88

91.53

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Q9MTP0 Photosystem I assembly protein Ycf3

1.6e-83

88.7

Show/hide

Query:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL
        MPRS  INGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD       GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRAL
Subjt:  MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRD-------GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRAL

Query:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        ERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAIRQGDSEIAEAWF+QAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRF+
Subjt:  ERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG00360.1 Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein

3.5e-62

87.6

Show/hide

Query:  DGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQA
        +GNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHT NGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHY        RGEQAI+QGDSE+AEAWF QA
Subjt:  DGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVICHYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQA

Query:  AEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK
        AEYWKQAI LTPGNYIEAQNWL ITRRF+
Subjt:  AEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGCCTAGATCTGGTGGGATAAATGGAAATTTTATCGATAAGACCTTTTCAATTGTAGCCAATATCTTATTACGAATAATTCCGACAACTTCCGGGGAAAAAGAGGCATT
CACCTATTACAGAGATGGAAATTATGCGGAAGCTCTACAGAATTATTATGAAGCTATGCGACTAGAAATCGATCCCTATGATCGAAGTTATATACTCTATAACATAGGTC
TTATCCACACAAGGAACGGAGAACATACAAAAGCTTTGGAATATTATTTTCGGGCACTAGAACGAAACCCGTTCTTACCACAAGCTTTTAATAATATGGCTGTGATCTGT
CATTACGTGAATTTACCTGCCTATTCCGACCGGGGAGAACAGGCCATTCGACAGGGAGATTCTGAAATTGCGGAGGCTTGGTTCAATCAAGCCGCTGAGTATTGGAAACA
AGCTATAGCGCTTACTCCCGGTAATTATATTGAAGCCCAAAATTGGTTGAAGATCACAAGGCGTTTCAAATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MPRSGGINGNFIDKTFSIVANILLRIIPTTSGEKEAFTYYRDGNYAEALQNYYEAMRLEIDPYDRSYILYNIGLIHTRNGEHTKALEYYFRALERNPFLPQAFNNMAVIC
HYVNLPAYSDRGEQAIRQGDSEIAEAWFNQAAEYWKQAIALTPGNYIEAQNWLKITRRFK

IVF0002353 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome