; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0005203 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0005203
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionRNA-binding protein Musashi homolog 1
Genome locationchr11:3282999..3291242
RNA-Seq ExpressionIVF0005203
SyntenyIVF0005203
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008457826.1 PREDICTED: RNA-binding protein Musashi homolog 1 [Cucumis melo]5.71e-16198.26Show/hide
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XP_022149462.1 RNA-binding protein Musashi homolog 1 isoform X2 [Momordica charantia]8.06e-15493.91Show/hide
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XP_038877270.1 RNA-binding protein Musashi homolog 1 [Benincasa hispida]5.42e-15996.96Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LMN9 Uncharacterized protein4.0e-12496.98Show/hide
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A0A1S3C728 RNA-binding protein Musashi homolog 13.3e-12698.26Show/hide
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A0A6J1D811 RNA-binding protein Musashi homolog 1 isoform X29.2e-12193.91Show/hide
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A0A6J1EWL0 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D0-like6.0e-12091.98Show/hide
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A0A6J1I7Z8 heterogeneous nuclear ribonucleoprotein D-like-B isoform X12.0e-12093.13Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O43347 RNA-binding protein Musashi homolog 12.6e-2735.71Show/hide
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O94432 Uncharacterized RNA-binding protein C660.155.7e-2735.12Show/hide
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        D K+ + G+ W+   + LR+Y  +FGE+ DC VM++ +TGRSRGFG++TF   +     +S EH L  ++++ K A P+EE     ++  ++FV  +   
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         TE  FR+ F ++G + D  +  D+ +   RG GF+T+ +  +VE  M+  +  + G  V V RATPK
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Q61474 RNA-binding protein Musashi homolog 13.3e-2735.71Show/hide
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         GY  + A   A+  Y  L        PG  Y   EFR
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Q8K3P4 RNA-binding protein Musashi homolog 13.3e-2735.71Show/hide
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Q8W034 Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein 11.1e-3036.27Show/hide
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        KL V GI W+ D + LRE+ + +GE+   IVM+++ TGR RGFG+V F+        L  +H +  R ++VK A  +EE +   +               
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         +  +IFV  +  T+T+  FR +FE YG +TD+ +  DQ +   RG GF++F S D+V++++  T H+L G  V V RA PKD +    G+   GGG GG
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Query:  YGAY
        Y  Y
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G07810.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.7e-3236.92Show/hide
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        KL + GI WD + E L+EY S FGE+ + +++K+R+TGR+RGFG+V FA    A+  ++ +H +  R++E K A P+++                  P R
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          +IFV  +  +VTE+ F+++FE++G  TD+ +  D  ++  RG GFIT+ S ++VE ++  T HEL G  V V RA PK+    P  + P G G
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AT4G26650.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.6e-3235.61Show/hide
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            R  +IFV  +  ++TEA F+++F+++G I D+ +  D  ++  RG GFITF S +SV+ ++  T HEL G  V V RA PK+       + P  G 
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Query:  GGGYG
        G  YG
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AT4G26650.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein1.6e-3235.61Show/hide
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            R  +IFV  +  ++TEA F+++F+++G I D+ +  D  ++  RG GFITF S +SV+ ++  T HEL G  V V RA PK+       + P  G 
Subjt:  ---KRVTRIFVARISQTVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADT-HELGGSTVVVDRATPKDDDFRPIGKMPQGGG

Query:  GGGYG
        G  YG
Subjt:  GGGYG

AT4G36960.1 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.3e-9571.31Show/hide
Query:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ
        M+RKLVVLGIPWD+D++GL++YMSKFG+LEDCIVMK+RSTGRSRGFGYVTFA+ EDAKNAL  EHFLGNR++EVKVATPKEEMR P K+VTRIFVARI  
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Query:  TVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTVVVDRATPKDDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG
        +V+E+ FRSHFE+YGEITDLYMPKD  SK HRGIGFITF+S+DSVE+LM DTH+LGG+TV VDRATPK+DD      P+ +M +      GG G  GGYG
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Query:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKRFLL
        AY+AYISAATRYAALGAPTLYD+P + YGR E   RG+G +  +
Subjt:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKRFLL

AT4G36960.2 RNA-binding (RRM/RBD/RNP motifs) family protein2.3e-9571.31Show/hide
Query:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ
        M+RKLVVLGIPWD+D++GL++YMSKFG+LEDCIVMK+RSTGRSRGFGYVTFA+ EDAKNAL  EHFLGNR++EVKVATPKEEMR P K+VTRIFVARI  
Subjt:  MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQ

Query:  TVTEAAFRSHFEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTVVVDRATPKDDDF----RPIGKMPQ------GGGG--GGYG
        +V+E+ FRSHFE+YGEITDLYMPKD  SK HRGIGFITF+S+DSVE+LM DTH+LGG+TV VDRATPK+DD      P+ +M +      GG G  GGYG
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Query:  AYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE--FRGMGKRFLL
        AY+AYISAATRYAALGAPTLYD+P + YGR E   RG+G +  +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATCGGAAGCTGGTGGTTCTTGGTATTCCATGGGACGTCGATACAGAAGGGCTGAGAGAATACATGAGCAAATTTGGGGAGTTGGAGGATTGTATTGTTATGAAGGA
GAGGTCAACTGGTCGGTCTCGTGGTTTTGGATACGTGACATTTGCAACCGATGAAGATGCTAAGAATGCACTGTCAAGTGAGCACTTTCTTGGCAACAGAATGATGGAAG
TTAAAGTTGCCACACCTAAAGAGGAGATGAGAGCACCTCCTAAGAGAGTCACAAGGATTTTTGTAGCAAGAATCTCACAAACTGTGACCGAGGCTGCCTTTCGCAGTCAT
TTTGAGAAATATGGAGAGATAACAGATCTTTACATGCCAAAGGACCAGGGATCAAAAACCCATCGTGGAATAGGTTTCATCACTTTTGCAAGTTCAGATTCTGTGGAAAA
TTTGATGGCTGATACTCATGAATTAGGAGGTTCTACTGTGGTTGTTGATAGAGCGACCCCCAAGGATGATGATTTCAGGCCCATAGGGAAAATGCCGCAGGGGGGTGGTG
GGGGTGGATATGGTGCATACAATGCTTATATTTCTGCCGCAACTAGATATGCAGCACTTGGTGCTCCTACCTTATATGACCATCCAGGCTCAGTTTATGGGAGAAGGGAA
TTTCGAGGGATGGGAAAAAGATTTTTGTTGGTAGGCTCCCACAAGAAGCATCTGCTGATGATCTTCGCCAGTACTTTGGTAGATTTGGCCGTATACTGGATGTCTATGTT
CCAAAGGATCCTAAAAGATCTGGCCATCGAGGTTTTGGTTTTGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCGCTGCCAAAGTCAAAACTGGAGGACCTTAAACATGGGCGAAGCCCGACGGCTTTAAAGCCCTTTCTGGCGCGAGAGATAGAGACGAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG
AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGATAGCGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGATCTGCGTTTAGGGTTTTCTTGAAATCTCAGAAATTTTGATAAAAAGGTCAGTTGAG
CGCGTTATCCACGAATATCTACTGTTTTTGTCTGTTTGATTTGTTATTTTGAGCTCTTTATTCGCAAAGAAGAATTTGAAACAGGGAAAAAAAAATGATGAATTTGGTGA
GATTGCTCTGGTATTTAGCTATTGTGTGTGAGAAAGAGGTGTGCCTCTTCTTGTTATCATGTGCAGGGAGCGAGTGCGAGAGATTTGGGGAGAGTGAGCGTGGGTCTTTG
AGCGAGCGAGCGAGCGAGGAAGAAGAGGAGGAGAGAGTGATATACTTTTTCACTTTTAGGGTTCAATTTCTCTGCCTTACCTGCGCCCATTCATCATGGATCGGAAGCTG
GTGGTTCTTGGTATTCCATGGGACGTCGATACAGAAGGGCTGAGAGAATACATGAGCAAATTTGGGGAGTTGGAGGATTGTATTGTTATGAAGGAGAGGTCAACTGGTCG
GTCTCGTGGTTTTGGATACGTGACATTTGCAACCGATGAAGATGCTAAGAATGCACTGTCAAGTGAGCACTTTCTTGGCAACAGAATGATGGAAGTTAAAGTTGCCACAC
CTAAAGAGGAGATGAGAGCACCTCCTAAGAGAGTCACAAGGATTTTTGTAGCAAGAATCTCACAAACTGTGACCGAGGCTGCCTTTCGCAGTCATTTTGAGAAATATGGA
GAGATAACAGATCTTTACATGCCAAAGGACCAGGGATCAAAAACCCATCGTGGAATAGGTTTCATCACTTTTGCAAGTTCAGATTCTGTGGAAAATTTGATGGCTGATAC
TCATGAATTAGGAGGTTCTACTGTGGTTGTTGATAGAGCGACCCCCAAGGATGATGATTTCAGGCCCATAGGGAAAATGCCGCAGGGGGGTGGTGGGGGTGGATATGGTG
CATACAATGCTTATATTTCTGCCGCAACTAGATATGCAGCACTTGGTGCTCCTACCTTATATGACCATCCAGGCTCAGTTTATGGGAGAAGGGAATTTCGAGGGATGGGA
AAAAGATTTTTGTTGGTAGGCTCCCACAAGAAGCATCTGCTGATGATCTTCGCCAGTACTTTGGTAGATTTGGCCGTATACTGGATGTCTATGTTCCAAAGGATCCTAAA
AGATCTGGCCATCGAGGTTTTGGTTTTGTAACTTTTGCTGAAGATGGTGTAGCAGATCGTGTATCTCGAAGATCTCATGAGATTTGTGGACAACAGGTTGCTATTGATTC
AGCCACTCCTCTTGATGATGCTGGAGCTGGAGCTGGAGCATCTGGAGCCAGTGGAACTTTTATGATGAATAGCGCTGCTGACTCTTTTGGCGGCTATGTGGGGCCTATGA
GGACTTATGGAAGGATGTATGGAAGCCTGGACTTCGATGATTGGGGCTATGGAATTGGTGGTGGAAGACCATCTAGAGCGGACTGGAGGTATCGGCCATACTAGAGAGAG
CCACCACACCTTCATTCTTATAAATAAATCAACAGAAATGAATTCCTCGGCCCTATTTATGAGCAACATATTCTGAGTTTTGGCCTTTGTAGAGTAATCTTTGGATGTAT
GTTTATTGCATTCTTTCCTAACTGAAACATAACGTGTCGGATTCTAGGTCAGGGTTTGGAGGGTAGGTTGGCTGTTTGTACCCTTGGTTAGAAGTTATTAGTTAGTTGTA
TTCTTCTCGAACTCTTGCTTCAAGAAAACTCATTTTACGAATTTTTCTTTTTAGAATTGTTTGGTTTTCCACGGGCAATTAATTATATTCACGAGGCATCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDRKLVVLGIPWDVDTEGLREYMSKFGELEDCIVMKERSTGRSRGFGYVTFATDEDAKNALSSEHFLGNRMMEVKVATPKEEMRAPPKRVTRIFVARISQTVTEAAFRSH
FEKYGEITDLYMPKDQGSKTHRGIGFITFASSDSVENLMADTHELGGSTVVVDRATPKDDDFRPIGKMPQGGGGGGYGAYNAYISAATRYAALGAPTLYDHPGSVYGRRE
FRGMGKRFLLVGSHKKHLLMIFASTLVDLAVYWMSMFQRILKDLAIEVLVL