; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0005873 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0005873
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr08:17535277..17536091
RNA-Seq ExpressionIVF0005873
SyntenyIVF0005873
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0060069.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.99e-7589.71Show/hide
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KAA0062004.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]6.63e-3861.11Show/hide
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TYK05020.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.69e-3861.42Show/hide
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        EDGLDMEFPTM +  MN+S ED MGAR
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TYK22883.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.91e-4560.53Show/hide
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        MA+S RNPKHL  K  ESCLVD LVDL  ++   A        +  H A KGLLNK FPHYDELSYVF K   TGAS E F DI SNVPGES+GV+ EDG
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        L MEF TMCS RMN+SLED M  +P  ST  R+G + SKRKR R   ETV+V
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TYK29878.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.80e-79100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TLN6 RNA-directed DNA polymerase-like protein4.0e-3159.03Show/hide
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        MA+S RNPKHL  K    C+V    D+ N      +  H A KGLLNK FPHYDELSYVF K   TGAS E F DI SNVPGES+GV+ EDGL MEF TM
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        CS RMN+SLED M  +P  ST  R+G + SKRKR R   ETV+V
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A0A5A7V2R5 Retrotransposon protein5.9e-5989.71Show/hide
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        L  LV M G R         GLLNKPFPHYDELSYVFEKDRTTGASVEMFTDIGSNVPGESDGVQAEDGLDMEFPTMCSLRMNVSLEDRMGARPSMSTVD
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        RMGSSGSKRKRRGQFETVDVFRDAMHISNDQLRDIA
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A0A5D3C0W3 Retrotransposon protein2.6e-3061.42Show/hide
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        EDGLDMEFPTM +  MN+S ED MGAR
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A0A5D3DH48 Retrotransposon protein1.2e-3560.53Show/hide
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Query:  LDMEFPTMCSLRMNVSLEDRMGARPSMSTVDRMGSSGSKRKR-RGQFETVDV
        L MEF TMCS RMN+SLED M  +P  ST  R+G + SKRKR R   ETV+V
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A0A5D3E267 Retrotransposon protein1.1e-62100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCCAACTCGTCGAGGAACCCAAAGCATTTATGGACGAAGGCAGTGGAGTCATGTCTCGTTGATTGCCTCGTGGACTTGGTTAACATGGAGGGAGGGAGGGCGGTGGA
GACGCATCTTGCATGCAAAGGCCTGCTTAACAAGCCCTTCCCCCATTACGATGAGTTGTCGTATGTCTTTGAGAAAGACCGCACCACGGGGGCTAGTGTAGAGATGTTCA
CTGATATAGGGTCAAATGTGCCAGGCGAAAGTGATGGAGTTCAAGCAGAAGATGGGTTGGATATGGAGTTCCCTACTATGTGCAGCCTGAGAATGAATGTGTCACTCGAG
GACAGGATGGGTGCACGACCTAGTATGTCCACTGTCGATAGGATGGGTTCGAGTGGATCAAAGAGGAAGCGCAGAGGGCAGTTTGAGACTGTGGATGTTTTTCGCGATGC
CATGCACATTTCCAATGACCAGCTCAGGGACATCGCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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