; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0005896 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0005896
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr07:13363839..13364240
RNA-Seq ExpressionIVF0005896
SyntenyIVF0005896
Gene Ontology termsGO:0032456 - endocytic recycling (biological process)
GO:0042147 - retrograde transport, endosome to Golgi (biological process)
GO:0005829 - cytosol (cellular component)
GO:1990745 - EARP complex (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0040540.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.82e-5268.15Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ LKEM++EM+K +ERL +EM+EN+SYKK+E +                     TE+     DRSKYKKLEMPMFLGENP+SW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

KAA0045289.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]5.13e-6484.21Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEY------------------TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
        MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE                   TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENP+SWVY
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEY------------------TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY

Query:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        RAEHFFEI NLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

TYK05582.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.82e-5268.15Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ LKEM++EM+K +ERL +EM+EN+SYKK+E +                     TE+     DRSKYKKLEMPMFLGENP+SW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

TYK14623.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.80e-5067.41Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ LK+M++EM+K +ERL +EM+EN+SYKK+E +                     TE      DRSKYKKLEMPMFLGENP+SW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

TYK31687.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.02e-6886.47Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE------------------YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
        MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE                  YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE------------------YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY

Query:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7T8C0 Ty3/gypsy retrotransposon protein9.8e-4067.41Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ +KEM++EM+K ++RL +EM+EN+SYKK+E +                     TE+     DRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

A0A5A7TB62 Retrotransposon protein7.5e-4068.15Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ LKEM++EM+K +ERL +EM+EN+SYKK+E +                     TE+     DRSKYKKLEMPMFLGENP+SW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

A0A5A7TVL8 Retrotransposon protein4.7e-5084.21Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEY------------------TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
        MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE                   TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENP+SWVY
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEY------------------TTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY

Query:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        RAEHFFEI NLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

A0A5D3C2Z9 Retrotransposon protein7.5e-4068.15Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW
        MAQRQMEERVEGTEKE++ LKEM++EM+K +ERL +EM+EN+SYKK+E +                     TE+     DRSKYKKLEMPMFLGENP+SW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYT--------------------TTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSW

Query:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  VYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

A0A5D3E6C8 Retrotransposon protein2.9e-5286.47Show/hide
Query:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE------------------YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
        MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE                  YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEE------------------YTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVY

Query:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
        RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR
Subjt:  RAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDEVDWYR

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTCAGCGACAGATGGAAGAGAGAGTAGAAGGAACGGAAAAAGAAATCGTTGGTCTAAAGGAGATGATGATAGAAATGAGGAAAATGATGGAAAGGCTCAGGGAAGA
AATGAGAGAAAATAATAGCTATAAGAAGGAGGAATACACCACGACGGAGTTAACTAAACTTCCAGTTGATAGAAGCAAATATAAGAAGTTGGAAATGCCGATGTTCTTAG
GCGAAAACCCAAAATCCTGGGTATACCGAGCAGAGCATTTTTTTGAGATCAACAACTTGCCGGAATCTGAGAAGGTGAAGGTAGCAGTGGTCAGTTTTGGGCAAGATGAA
GTGGACTGGTATAGATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCTCAGCGACAGATGGAAGAGAGAGTAGAAGGAACGGAAAAAGAAATCGTTGGTCTAAAGGAGATGATGATAGAAATGAGGAAAATGATGGAAAGGCTCAGGGAAGA
AATGAGAGAAAATAATAGCTATAAGAAGGAGGAATACACCACGACGGAGTTAACTAAACTTCCAGTTGATAGAAGCAAATATAAGAAGTTGGAAATGCCGATGTTCTTAG
GCGAAAACCCAAAATCCTGGGTATACCGAGCAGAGCATTTTTTTGAGATCAACAACTTGCCGGAATCTGAGAAGGTGAAGGTAGCAGTGGTCAGTTTTGGGCAAGATGAA
GTGGACTGGTATAGATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAQRQMEERVEGTEKEIVGLKEMMIEMRKMMERLREEMRENNSYKKEEYTTTELTKLPVDRSKYKKLEMPMFLGENPKSWVYRAEHFFEINNLPESEKVKVAVVSFGQDE
VDWYR