; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0006354 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0006354
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr11:12591411..12593532
RNA-Seq ExpressionIVF0006354
SyntenyIVF0006354
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0036791.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]5.40e-2948.36Show/hide
Query:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ
        GGR + F D+GSN P GY+ F  D   D + P+MYS+GL+MS   + GTR    +E R   S SK+K+ G +I++  I+R  +EY N+QL  IAEWP +Q
Subjt:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ

Query:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS
         QDAS TR E +RQL+ I EL+
Subjt:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS

KAA0046050.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.17e-4062.6Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVD ENDMEIPTMYSKGLDMS YYI+G R GHT                                        EWPNV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        QCQDASTT FEFVRQLQGILELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

KAA0050216.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]7.44e-2947.54Show/hide
Query:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ
        GGRT+ F D+G N P  Y+ F  D   D + P MYS+GL+MS   + GTR    +E R  LS SK+K+ G + ++ +I+R  +EY N+Q+  IAEWP +Q
Subjt:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ

Query:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS
         QDAS TR E VRQL+ I EL+
Subjt:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS

KAA0060529.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.41e-4161.79Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        M G  + F DVGSN P GYEGF  D  NDMEIP MYS+G+DM +  I GTR   + E R G S SK+K+GGQ++ET+EIIRNVME++ND+LKAI EW NV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        Q QDAS    E VRQLQ I ELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

TYK11924.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.00e-83100Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TSD1 Retrotransposon protein4.0e-3162.6Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVD ENDMEIPTMYSKGLDMS YYI+G R GHT                                        EWPNV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        QCQDASTT FEFVRQLQGILELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

A0A5A7U7R0 Retrotransposon protein1.5e-2247.54Show/hide
Query:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ
        GGRT+ F D+G N P  Y+ F  D   D + P MYS+GL+MS   + GTR    +E R  LS SK+K+ G + ++ +I+R  +EY N+Q+  IAEWP +Q
Subjt:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ

Query:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS
         QDAS TR E VRQL+ I EL+
Subjt:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS

A0A5A7V469 Retrotransposon protein1.1e-3161.79Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        M G  + F DVGSN P GYEGF  D  NDMEIP MYS+G+DM +  I GTR   + E R G S SK+K+GGQ++ET+EIIRNVME++ND+LKAI EW NV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        Q QDAS    E VRQLQ I ELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

A0A5D3BC43 Retrotransposon protein1.4e-2348.36Show/hide
Query:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ
        GGR + F D+GSN P GY+ F  D   D + P+MYS+GL+MS   + GTR    +E R   S SK+K+ G +I++  I+R  +EY N+QL  IAEWP +Q
Subjt:  GGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQ

Query:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS
         QDAS TR E +RQL+ I EL+
Subjt:  CQDASTTRFEFVRQLQGILELS

A0A5D3CL79 Retrotransposon protein6.2e-64100Show/hide
Query:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
        MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV
Subjt:  MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNV

Query:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
        QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS
Subjt:  QCQDASTTRFEFVRQLQGILELS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGAGGGCGCACCAAGATATTCGTCGATGTGGGGTCAAATGTGCCTAGAGGGTACGAAGGATTTCATGTTGATTATGAGAACGATATGGAGATCCCTACTATGTACAG
TAAGGGATTGGATATGTCGACTTACTACATAAAGGGCACACGATTTGGTCACACAGCTGAGGATAGGGCTGGTTTAAGCGAGTCAAAGAAAAAGAAGGGAGGCCAGTCGA
TAGAAACGGTAGAAATCATTCGCAATGTAATGGAATATGCAAATGACCAGTTGAAGGCCATTGCAGAATGGCCGAATGTACAATGCCAAGATGCAAGCACAACACGTTTT
GAATTCGTTAGACAGTTGCAAGGAATCCTCGAACTTAGTAGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGAGGGCGCACCAAGATATTCGTCGATGTGGGGTCAAATGTGCCTAGAGGGTACGAAGGATTTCATGTTGATTATGAGAACGATATGGAGATCCCTACTATGTACAG
TAAGGGATTGGATATGTCGACTTACTACATAAAGGGCACACGATTTGGTCACACAGCTGAGGATAGGGCTGGTTTAAGCGAGTCAAAGAAAAAGAAGGGAGGCCAGTCGA
TAGAAACGGTAGAAATCATTCGCAATGTAATGGAATATGCAAATGACCAGTTGAAGGCCATTGCAGAATGGCCGAATGTACAATGCCAAGATGCAAGCACAACACGTTTT
GAATTCGTTAGACAGTTGCAAGGAATCCTCGAACTTAGTAGTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGGRTKIFVDVGSNVPRGYEGFHVDYENDMEIPTMYSKGLDMSTYYIKGTRFGHTAEDRAGLSESKKKKGGQSIETVEIIRNVMEYANDQLKAIAEWPNVQCQDASTTRF
EFVRQLQGILELSS