CuGenDBv2

Gene ID	IVF0006448
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	DNA ligase 1
Genome location	chr12:21227565..21229811
RNA-Seq Expression	IVF0006448
Synteny	IVF0006448
Gene Ontology terms	GO:0007131 - reciprocal meiotic recombination (biological process) GO:0099086 - synaptonemal structure (cellular component) GO:0016874 - ligase activity (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004146600.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]

5.26e-132

97.69

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_008442500.1 PREDICTED: DNA ligase 1 isoform X1 [Cucumis melo]

1.16e-135

100

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_008442507.1 PREDICTED: DNA ligase 1 isoform X2 [Cucumis melo]

1.12e-127

97.22

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKE      DETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_011653172.1 DNA ligase 1 isoform X2 [Cucumis sativus]

5.08e-124

94.91

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKE      DETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

XP_038895277.1 DNA ligase 1 isoform X1 [Benincasa hispida]

3.25e-126

93.52

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+K PT K R RKRVSDTDLTSS+QR RTNDD+DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDD KKNEETISSVATEMRTMIE+VKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKF+ALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLF KYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LRW7 Uncharacterized protein

3.1e-103

97.69

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M NIKIPTAKTRSRKRVSDTDL+SS+QR +TNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A1S3B5C2 DNA ligase 1 isoform X1

5.1e-106

100

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A1S3B5U7 DNA ligase 1 isoform X2

9.3e-100

97.22

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKE      DETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A5D3DS94 DNA ligase 1 isoform X1

5.1e-106

100

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFLDTGSDEDFPADD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

A0A6J1KJH3 DNA ligase 1

4.8e-96

91.2

Show/hide

Query:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL
        M N+KIP AKTR+RKRVSD DLTSS++R RTN+DIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERA KDD KKNEETISSV+TE+RTMIEEVKSK EKDRQ+FAKAL
Subjt:  MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKAL

Query:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL
        SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA+KDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDD+TFSLLRKTL
Subjt:  SKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTL

Query:  GSFLDTGSDEDFPADD
        GSFL+TGSDEDFP DD
Subjt:  GSFLDTGSDEDFPADD

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G33793.1 unknown protein

1.2e-62

68.13

Show/hide

Query:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA
        +LD+D+S D KGI+SAL Q +E+AH+D  KK EE+ISSV+TE+++ I+E+KSKLEK+RQNF+KALSKSSKECEN LKDE AKF+ L++KF K+KA HLQ 
Subjt:  DLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENCLKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQA

Query:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD
        +KDTISKFEE+KERL+ +YEQLRK+E+++I+EQEK C EK+AQLEESLK+KK+ DKTFS+LRKTLGSFL+   SDE+FP D+
Subjt:  IKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDT-GSDEDFPADD

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGTGAACATCAAAATTCCTACCGCTAAAACAAGATCCAGGAAGCGTGTCTCCGACACCGATCTCACGAGCTCCGAACAAAGGACGCGAACCAACGATGATATCGACCT
TGATCTCGACCTTTCCGACGATCTCAAAGGAATAGTGTCGGCGTTGAATCAGATCAAAGAGAGAGCTCATAAGGACGACCTGAAGAAGAATGAAGAGACGATCTCAAGTG
TAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGGCAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGT
TTGAAGGACGAAACTGCTAAATTCCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGCTACACATCTTCAGGCCATAAAAGATACCATTTCAAAATTTGAAGAGGAGAA
AGAAAGGCTGTTCGCGAAATATGAACAACTGAGAAAGAGAGAAAGGAGCTTGATATCTGAACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAAGAGTCTTTGA
AAAGAAAAAAGCAGGATGATAAGACTTTCAGCCTTTTGAGGAAGACTCTTGGTTCATTTCTTGATACTGGCTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GAACGGTTCTCCATCTTCATTTCCAAAGTTTTTCCTTCAACCTCCATCTAGATGGTGAACATCAAAATTCCTACCGCTAAAACAAGATCCAGGAAGCGTGTCTCCGACAC
CGATCTCACGAGCTCCGAACAAAGGACGCGAACCAACGATGATATCGACCTTGATCTCGACCTTTCCGACGATCTCAAAGGAATAGTGTCGGCGTTGAATCAGATCAAAG
AGAGAGCTCATAAGGACGACCTGAAGAAGAATGAAGAGACGATCTCAAGTGTAGCGACTGAGATGAGAACAATGATTGAGGAGGTGAAATCTAAACTTGAGAAGGACAGG
CAAAATTTTGCAAAAGCTCTATCGAAAAGCTCAAAAGAGTGTGAAAACTGTTTGAAGGACGAAACTGCTAAATTCCAAGCACTTTACGAGAAATTCACAAAAGAGAAAGC
TACACATCTTCAGGCCATAAAAGATACCATTTCAAAATTTGAAGAGGAGAAAGAAAGGCTGTTCGCGAAATATGAACAACTGAGAAAGAGAGAAAGGAGCTTGATATCTG
AACAAGAGAAAGCTTGTGCTGAAAAGATTGCTCAATTGGAAGAGTCTTTGAAAAGAAAAAAGCAGGATGATAAGACTTTCAGCCTTTTGAGGAAGACTCTTGGTTCATTT
CTTGATACTGGCTCAGATGAGGACTTCCCAGCTGATGATTGAAAGGTGTTAATGAATTGAGAAATATTATTACTCTGCATCACTCTTTTTAGTACTCAAAAATAGATCCG
CT

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MVNIKIPTAKTRSRKRVSDTDLTSSEQRTRTNDDIDLDLDLSDDLKGIVSALNQIKERAHKDDLKKNEETISSVATEMRTMIEEVKSKLEKDRQNFAKALSKSSKECENC
LKDETAKFQALYEKFTKEKATHLQAIKDTISKFEEEKERLFAKYEQLRKRERSLISEQEKACAEKIAQLEESLKRKKQDDKTFSLLRKTLGSFLDTGSDEDFPADD

IVF0006448 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome