CuGenDBv2

Gene ID	IVF0006740
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome location	chr11:22028365..22029166
RNA-Seq Expression	IVF0006740
Synteny	IVF0006740
Gene Ontology terms	GO:0009416 - response to light stimulus (biological process) GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process) GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process) GO:0009522 - photosystem I (cellular component) GO:0009523 - photosystem II (cellular component) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function) GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily

Homology

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GenBank top hits

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A0A1S3C301 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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A0A5D3DVR3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P04783 Chlorophyll a-b binding protein 91R, chloroplastic

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P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic

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P12333 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic

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P27491 Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic

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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic

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AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 3

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        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQ             S  +++ +    A QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 2

1.0e-118

79.85

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AV LSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQ             S  +++ +    A QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 1

2.7e-119

80.22

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+ AG+AVKLSP AS++LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQ             S  +++ +    A QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B2

3.9e-118

80.22

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MA+S+MALSSP+ AG+AVK  P ASD+LG GR+TMRKT  KPK   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQ             S  +++ +    A QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B1

6.7e-118

79.85

Show/hide

Query:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE
        MAAS+MALSSP+L G+AVKLSP AS++ G GRITMRK +    P  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELE
Subjt:  MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELE

Query:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL
        VIHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQ             S  +++ +    A QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPL
Subjt:  VIHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQ------------SSAKYSRHL----ACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPL

Query:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        GLA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  GLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

Sequences

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CDS sequence

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ATGGCAGCTTCATCCATGGCTCTCTCCTCCCCATCTCTCGCCGGCCAAGCCGTCAAGTTATCCCCCACCGCCTCCGACCTCCTCGGCGAAGGCCGCATTACCATGAGAAA
AACCGCCGGAAAGCCCAAGCCCGTTTCCTCCGGTAGCCCATGGTACGGCCCCGATCGTGTTAAATACCTAGGCCCATTCTCTGGCGAACCCCCATCCTATCTAACCGGAG
AATTCCCCGGTGACTACGGTTGGGACACTGCCGGCCTCTCCGCCGACCCAGAAACCTTCGCCAAAAACCGTGAACTCGAAGTAATCCACTCGAGATGGGCCATGCTCGGA
GCCTTAGGCTGCGTATTCCCGGAGCTCCTCTCTCGCAACGGAGTCAAATTCGGCGAGGCTGTGTGGTTCAAAGCTGGATCACAATCTTCAGCGAAGTATTCTCGCCATTT
GGCTTGTCAAGTAGTGCTCATGGGAGCAGTGGAAGGATACAGAATTGCTGGGGGTCCGTTGGGTGAAATCACGGACCCGATTTACCCAGGTGGGAGCTTTGATCCATTGG
GGCTGGCCGATGATCCAGAGGCATTTGCGGAATTGAAAGTGAAGGAGCTTAAGAATGGTAGATTGGCTATGTTTTCGATGTTCGGATTTTTCGTACAAGCGATTGTAACT
GGGAAAGGGCCATTGGAGAACTTGGCTGATCATTTGGCTGACCCTGTTAACAACAATGCTTGGGCCTATGCTACTAACTTTGTACCTGGAAAGTGA

mRNA sequence

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Protein sequence

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MAASSMALSSPSLAGQAVKLSPTASDLLGEGRITMRKTAGKPKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLG
ALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQSSAKYSRHLACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVT
GKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

IVF0006740 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome