CuGenDBv2

Gene ID	IVF0007971
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Retrotransposon protein
Genome location	chr06:1211438..1212847
RNA-Seq Expression	IVF0007971
Synteny	IVF0007971
Gene Ontology terms	GO:0015074 - DNA integration (biological process) GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0040540.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

3.28e-64

98.13

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLS+KEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEP+TEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

KAA0061073.1 Ty3/gypsy retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

1.85e-58

100

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

TYK04121.1 Retrotransposable element Tf2 [Cucumis melo var. makuwa]

2.94e-59

100

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

TYK05582.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

1.15e-64

99.07

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLS+KEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

TYK14623.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]

3.10e-62

96.26

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLS+K+MLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEP+TE NGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7TB62 Retrotransposon protein

6.4e-49

98.13

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLS+KEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEP+TEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

A0A5A7UYM1 Ty3/gypsy retrotransposon protein

1.3e-49

100

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

A0A5D3BJ50 Ty3/gypsy retrotransposon protein

2.9e-49

99.07

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDR+KYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

A0A5D3BWN1 Retrotransposable element Tf2

1.3e-49

100

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

A0A5D3C2Z9 Retrotransposon protein

2.9e-49

99.07

Show/hide

Query:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
        MAQRQMEERVEGTEKELLS+KEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW
Subjt:  MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESW

Query:  VYRAEHF
        VYRAEHF
Subjt:  VYRAEHF

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCCCAAAGACAGATGGAAGAAAGAGTTGAGGGTACTGAAAAGGAACTCCTGAGTATGAAAGAAATGCTGCTGGAAATGAAGAAGGCTGTAGAACGTTTGGCTGACGA
AATGAAGGAAAATCATAGTTACAAGAAAAAAGAAGAGTCAGGTACCACATCAGATGGTTCAGTGATGAAGTTAAAGGGGAAGATGGATGAAACCGAGCCGATAACAGAGA
TCAATGGAACAGTAACTGACCGGAGCAAGTACAAAAAACTGGAGATGCCGATGTTCCTTGGAGAAAACCCTGAGTCATGGGTGTACAGAGCTGAACATTTTTTGAGATAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

GTTAGGTTATTACAGTTTTCTTTTGGGGAAACCTAACAATTGGTATCAGAGCCTCTAGAAACTGGGGGTGATCACGAGGCAAATGGCCCAAAGACAGATGGAAGAAAGAG
TTGAGGGTACTGAAAAGGAACTCCTGAGTATGAAAGAAATGCTGCTGGAAATGAAGAAGGCTGTAGAACGTTTGGCTGACGAAATGAAGGAAAATCATAGTTACAAGAAA
AAAGAAGAGTCAGGTACCACATCAGATGGTTCAGTGATGAAGTTAAAGGGGAAGATGGATGAAACCGAGCCGATAACAGAGATCAATGGAACAGTAACTGACCGGAGCAA
GTACAAAAAACTGGAGATGCCGATGTTCCTTGGAGAAAACCCTGAGTCATGGGTGTACAGAGCTGAACATTTTTTGAGATAAACAACCTGTCGGAGAGTGAAAAAGTCAA
GGTAGCTGTGGTAAGTTTTGGCCAAGATGAGGTGGATTGGTACCGTTGGAGTCATAATAGGAAGAAGGTGGAGTCATGGGAGGATCTGAAGAGTAGAATGTTTGAATTTT
TTCGAGACTCGGGACAAAAGAGCTTGGGAGCAAGATTGATTAGGATTCAACAAGAAGGATCCTATAATGAATATGTCAAAAAATTCGTGACCTATTCAGCCCCACTACCC
TACATGGCAGAAAGTGTGTTGGTTGATGCGTTTGTCACTGGGTTAGAACCTTCCCTACAAGCCGAGGTAATCAGTAGGCATCCCCAAACACTTGAGGATTGTATGAGGGA
AGCACAGCTAGTAAATGATCGGAACTACGCTTTAAAGCTGTCCAAGATGGAGTTAGGAATGACAGAGTGGGAAGTTGGAGGATCATCTAAGGTCAAGAAGCTGGGAGATG
TGGATAAGCCACCACCAAGGAAGACCGATTTCCAAATGAAACAGATCACCATACCTATTAAAGGTAACTTCAAGAAAGGGGAACCACCGGTGAAAAGGCTGTCTGATGCA
GAGTTTAGAGCAAGACTAGACCGGGGACTGTGCTTCAGATGCAATGATAAGTATTCTCCTGGTCACCGGTGCAAAACCAAGGAGAAAAGAGAACTGATGTTCTTCATCAT
GAATGAAGAAGAAGAGGATGAAGAAGGAGACAGCCAAGAGGAAGTAATCGAGGAAACCGTAGAGCTGAAGACTTTGGAACTTACCGATGAGACTGCAATTGAACTGAAGA
CCATGACTCGGATTTCCTCAAAAGGAACGATGAAACTCAAGGGATGGATAAGGCAGAAGGAGGTAGTGGTACTAATCGATAGCGGGGCAACCCATAATTTCATCCATCAC
TCCTTGGCAGCAGAATTAGAGCTGGGAATGGATCCACACACTTCGTTCGGTTATACCATAGGAAATGGAACACGCTGTAGGGGAAAGGGG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MAQRQMEERVEGTEKELLSMKEMLLEMKKAVERLADEMKENHSYKKKEESGTTSDGSVMKLKGKMDETEPITEINGTVTDRSKYKKLEMPMFLGENPESWVYRAEHFLR

IVF0007971 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome