; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0010917 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0010917
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8
Genome locationchr01:29643246..29646807
RNA-Seq ExpressionIVF0010917
SyntenyIVF0010917
Gene Ontology termsGO:0006384 - transcription initiation from RNA polymerase III promoter (biological process)
GO:0008380 - RNA splicing (biological process)
GO:0005666 - RNA polymerase III complex (cellular component)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR013238 - RNA polymerase III, subunit Rpc25
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004135978.1 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 [Cucumis sativus]7.98e-10498.68Show/hide
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XP_008461408.1 PREDICTED: DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X1 [Cucumis melo]4.50e-10599.34Show/hide
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XP_022152296.1 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X2 [Momordica charantia]1.01e-8882.89Show/hide
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XP_023547503.1 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.54e-8983.55Show/hide
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XP_038897233.1 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X1 [Benincasa hispida]1.24e-8986.18Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K846 Uncharacterized protein7.0e-8198.68Show/hide
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A0A1S3CEN6 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X18.2e-8299.34Show/hide
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A0A5A7UWI5 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X18.2e-8299.34Show/hide
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A0A6J1DFX3 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC8 isoform X22.1e-6982.89Show/hide
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A0A6J1JVU8 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC86.1e-6982.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O94285 DNA-directed RNA polymerase III subunit rpc81.8e-2540.3Show/hide
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        + FF+DI++P +++     F PDE     R WVW
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P35718 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC82.3e-2533.33Show/hide
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        MF LS+I   +R+PP   +   + AI  +L   F +K++ N+GLCI++YD+ +V+ G + P DG++   V F  +VF+PF GE++ G + +    G+++S
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         LG F+DI++P  ++  G  +TP+E+      W+W  +E   + FD+ E    +++
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Q2T9X1 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC81.5e-2438.36Show/hide
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Q9D2C6 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC83.1e-2537.82Show/hide
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Q9Y535 DNA-directed RNA polymerase III subunit RPC83.1e-2537.82Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G06790.1 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein8.2e-5057.52Show/hide
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AT1G06790.2 RNA polymerase Rpb7 N-terminal domain-containing protein8.2e-5057.52Show/hide
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.1e-0528.12Show/hide
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        LE     K    LG  ++V  +  +  G I    G   + V+F+ + F+ F GE+I G V +  ++G+ +  G  E++Y+    MP   ++ P EN
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II5.6e-0625Show/hide
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        MF+   +E  +++ P      + + +  +L K          G  +++  I ++  G I    G  T+ V +  +VFRPF GE++   V   N+ G    
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         G  + I+V   L+P   EF
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTCTATCTTAGCCGAATTGAGCACACACTACGTGTACCTCCAAGCTTGCTTAATTTACCTATCCTTGATGCTATTAAGGGTGAGCTGGAGAAACTATTCATAGATAA
GGTGGTTGCAAACTTGGGGCTATGTATTTCTGTTTATGATATAAGATCGGTTGATGGTGGCTTTATCTTTCCCAGCGATGGTGCTGCAACATACAAGGTTGTGTTCACGT
TGATTGTGTTTCGTCCATTCACAGGGGAGGTAATTATTGGAAAAGTTCAAGAATCAAATGAAAATGGTTTGCGAATATCACTTGGATTTTTCGAGGATATTTATGTTCCG
GTCGAGCTTATGCCCTCTGGATCTGAATTCACACCAGATGAAAATAATGGTGGAAGACGCAGATGGGTGTGGATCTATAATGAAGTACCGTTCGACATATATGAATCTGA
TGAGATAAAATTAAAATACACAGCATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CACGTGCTTCCCTCCTCACTTTTCACCCTTACAGCCGGCTCCGCCGTGTTTTTCCGTTCAATATCGCCGCACCACCTCCCTTTTACCCAGTGTGAACTGGATCTTTTTAC
TTTATTGTTACCGGTGTCTCTGAAATTTATCTTTATACCTATTTCCCTCTTCCTCTCTCTCTCTTGACTTCTCTTTCTGGCATTATCTTACGCTTCTTCTCCGTCTGATT
CTTTCTCTCAATACCCGTTTCATTCTTCCTCAAAATTTTTAGTCTTCAGATGACCCATTCTCTCTGTTTGATTTAATTAGCCTGAAGAATTGTGTTTTGGTTGGAACTAT
TAGCTTTAGAGAACATCCAGATGTTCTATCTTAGCCGAATTGAGCACACACTACGTGTACCTCCAAGCTTGCTTAATTTACCTATCCTTGATGCTATTAAGGGTGAGCTG
GAGAAACTATTCATAGATAAGGTGGTTGCAAACTTGGGGCTATGTATTTCTGTTTATGATATAAGATCGGTTGATGGTGGCTTTATCTTTCCCAGCGATGGTGCTGCAAC
ATACAAGGTTGTGTTCACGTTGATTGTGTTTCGTCCATTCACAGGGGAGGTAATTATTGGAAAAGTTCAAGAATCAAATGAAAATGGTTTGCGAATATCACTTGGATTTT
TCGAGGATATTTATGTTCCGGTCGAGCTTATGCCCTCTGGATCTGAATTCACACCAGATGAAAATAATGGTGGAAGACGCAGATGGGTGTGGATCTATAATGAAGTACCG
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AACCAAAAGAGAGTATTAATGTAAAACCATTCGCTCCCATGGTTATTACTGCATCACTTGACCAAGATGGATTGGGTCCTGTTTCGTGGTGGGATGGTTCGGGAGAGGCC
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TCAAGCAAAAATTTAAGGATAAAAGGTCCATTTTCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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VELMPSGSEFTPDENNGGRRRWVWIYNEVPFDIYESDEIKLKYTA