; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0011343 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0011343
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionDNA repair protein RadA
Genome locationchr04:15289675..15298067
RNA-Seq ExpressionIVF0011343
SyntenyIVF0011343
Gene Ontology termsGO:0000725 - recombinational repair (biological process)
GO:0003684 - damaged DNA binding (molecular function)
GO:0004386 - helicase activity (molecular function)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0008094 - DNA-dependent ATPase activity (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003593 - AAA+ ATPase domain
IPR004504 - DNA repair protein RadA
IPR014721 - Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup
IPR020568 - Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
IPR020588 - DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6581870.1 hypothetical protein SDJN03_21872, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.24e-25688.73Show/hide
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XP_011651479.1 uncharacterized protein LOC101217616 [Cucumis sativus]3.08e-28896.02Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LBL7 RECA_2 domain-containing protein3.6e-22896.02Show/hide
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A0A1S3BHQ7 DNA repair protein RadA isoform X23.8e-21499.24Show/hide
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A0A1S3BHR0 DNA repair protein RadA isoform X16.5e-238100Show/hide
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A0A5D3C9C8 DNA repair protein RadA isoform X16.5e-238100Show/hide
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A0A6J1DHZ5 uncharacterized protein LOC1110210887.3e-20588.97Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P37572 DNA repair protein RadA9.8e-9048.19Show/hide
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        E  RVLGGG+V GSLVLIGGDPG+GKSTLLLQ++A L+     G S SV+Y+SGEESV+Q   RADRL I   +L + S TD+E I   IQ ++P  +++
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Query:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG
        DSIQTVY  ++  + G ++QV+ECT+  ++ AKT GIPIF++GHV K G +AGPRLLEH+VD VLY EGE+    R+LR VKNRFGST+E+G+FEM   G
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Query:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSS--SFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET
        L  V NPSE+F  +      S    G ++   M+GT+  L+EIQAL S +S  +      GI + R  ++++VL K+ GL LQ    ++ V  GV L E 
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Query:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIGCTNLKDVI
        A DLAI ++I SSF +        FIGE+GL GE+R V R+E+R+   AKLGFKR ++P  A N  G      +++IG  N+ + +
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Q48761 DNA repair protein RadA7.0e-8847.66Show/hide
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        E+ RVLGGG+VPGS+VL+GGDPG+GKSTLLLQ++A L        +K V+Y+SGEES++Q   RA+RL++  +NL++Y+ T++E + E I  + P  ++I
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Query:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG
        DSIQTVY  +V  +AG ++QV+ECT+  +R AK   I IF++GHV K G +AGPRLLEH+VD VLY EGE+   +R+LR VKNRFGST+E+G+FEM   G
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Query:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSS--SSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET
        L  V+NPSE+F  +       E  +G  V   M+GT+  L+EIQAL S +   +      GI   +  +I++VL K+ GL LQ    ++    GV L E 
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Query:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAE
        A DLA+A+++ SS+ +    +   FIGE+GL GE+R V R+E+R+   AKLGFKR  +PK+ E
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Q8DRP0 DNA repair protein RadA1.1e-8545.13Show/hide
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        E  RVLGGG+VPGSLVLIGGDPG+GKSTLLLQ++  L++        +V+YVSGEES +QI  RA+RL       +LY+ T+++ +  +++ + P  LII
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Query:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG
        DSIQT+   E++G  G ++QV+E T+  ++ AKT  I IF++GHV K G +AGPR+LEH+VD VLY EGE+    R+LR VKNRFGST+E+G+FEM   G
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Query:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSS--SSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET
        L  V NPS++F  +       +  TG ++ V M+GT+  L E+QAL + +   +      G+   RA +I++VL K+AGL LQ    ++    GV L E 
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Query:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIGCTNLKDVINNVF
        A DLA+A+AI SS+ +        F+GE+GL GE+R V R+E+RIN  AKLGF +  VPK+  +  G+    ++++IG T +++V+  VF
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Q92F42 DNA repair protein RadA3.1e-8847.93Show/hide
Query:  EVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLFLYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALII
        E+ RVLGGG+VPGS+VL+GGDPG+GKSTLLLQ++A L        +K V+Y+SGEES++Q   RA+RL++  +NL++Y+ T++E + E I  + P  ++I
Subjt:  EVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLFLYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALII

Query:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG
        DSIQTVY  +V  +AG ++QV+ECT+A +R AK   I IF++GHV K G +AGPRLLEH+VD VLY EGE+   +R+LR VKNRFGST+E+G+FEM   G
Subjt:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG

Query:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSS--SSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET
        L  V+NPSE+F  +       E  +G  V   M+GT+  L+EIQAL S +   +      GI   +  +I++VL K+ GL LQ    ++    GV L E 
Subjt:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSS--SSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET

Query:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAE
        A DLA+A+++ SS+ +    +   FIGE+GL GE+R V R+E+R+   AKLGFKR  +PK+ E
Subjt:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAE

Q9KGG1 DNA repair protein RadA4.7e-9247.67Show/hide
Query:  EVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLFLYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALII
        E+ RVLGGG+VPGSLVL+GGDPG+GKSTLLLQ++A LA+       + V+Y+SGEESV+Q   R+DRL + +++L++ + TD+E I + I  + P  +II
Subjt:  EVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLFLYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALII

Query:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG
        DSIQTVY  E+  + G + QV+ECT++F+R AKTTG+ IF++GHV K G +AGP+LLEH+VD VLY EGE+   +R+LR VKNRFGST+E+G+FEM  SG
Subjt:  DSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSG

Query:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSS--SFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET
        LE V+NPSE+F  D      S  + G  V   M+GT+  L+E+QAL S +S  +      G+ + R  ++++VL K+ G+ LQ    ++NV  GV L E 
Subjt:  LEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSS--SFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTET

Query:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIGCTNLKDVI
        A DL IA++I SSF   +       IGEIGL GE+R V R+++R+N  AKLGFKR ++P   +N  G      +++IG + ++D +
Subjt:  AGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIGCTNLKDVI

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G50340.1 ATP-dependent peptidases;nucleotide binding;serine-type endopeptidases;DNA helicases;ATP binding;damaged DNA binding;nucleoside-triphosphatases1.6e-15968.69Show/hide
Query:  RLTDVNRGINAQDWRLPLPGPFGNEVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLF
        RLTDV  GI  Q WR+ LPG FGNEVARVLGGGL PGSL+LIGGDPG+GKSTLLLQIA+I+AEG        V+Y+SGEESVEQIG+RADR++IQTE L+
Subjt:  RLTDVNRGINAQDWRLPLPGPFGNEVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLF

Query:  LYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALIIDSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHR
        L+SS+D++DI  K   LSPRALIIDSIQTVYL++V GSAGG+TQVKECTS  LR+AK + IP+FL+GHV K+G++AGPR+LEHIVDVVLY+EGE+ S +R
Subjt:  LYSSTDVEDIFEKIQPLSPRALIIDSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHR

Query:  LLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSGLEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSSSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQA
        LLR VKNRFGSTDELGVFEM  SGLEVVSNPS ++    N   +S+ L GLAVAVVMDG+++FL+E+QALCS  S+   HVNG+Q  RADMII+VLMKQA
Subjt:  LLRPVKNRFGSTDELGVFEMLPSGLEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSSSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQA

Query:  GLKLQTNAIFINVVSGVTLTETAGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIG
        GL++Q N IF+NV +G+ L+ETAGDLAIA AICSSFLEF IP+ +AFIGEIGLGGE+R V RMEKR++TVAKLGF +CVVPKS E  L  + L ++++IG
Subjt:  GLKLQTNAIFINVVSGVTLTETAGDLAIAMAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIG

Query:  CTNLKDVINNVF
        C NLK++IN VF
Subjt:  CTNLKDVINNVF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGGTTAACAGATGTGAACCGAGGGATCAATGCTCAGGATTGGAGACTTCCCTTGCCTGGTCCCTTCGGAAATGAAGTGGCAAGGGTGCTTGGTGGTGGGCTGGTGCC
AGGTTCACTTGTTTTGATCGGTGGTGACCCTGGTGTTGGCAAGAGTACATTGTTGTTGCAGATTGCTGCCATTTTAGCTGAAGGGTGTGGCGAAGGTGGATCAAAATCCG
TTGTTTATGTCTCTGGGGAAGAGAGTGTGGAGCAAATTGGAAATAGAGCAGACCGATTGAAGATTCAAACCGAGAATCTTTTCTTGTATTCAAGTACTGATGTTGAGGAT
ATATTTGAGAAGATTCAGCCTCTATCTCCTAGAGCCTTGATCATTGATTCTATTCAAACAGTTTATTTGCAAGAAGTAGCTGGAAGTGCTGGAGGGATTACACAGGTGAA
GGAATGCACCTCAGCCTTTCTCCGTTATGCAAAGACAACCGGCATCCCCATTTTTTTGATTGGACATGTGAACAAATCAGGAGAAGTTGCTGGACCTCGACTTCTGGAGC
ACATTGTGGATGTTGTACTGTATGTGGAAGGAGAGAAATGCTCGTTGCATCGGCTACTACGACCAGTGAAGAACCGATTTGGATCAACAGATGAGCTTGGAGTATTTGAA
ATGTTGCCATCAGGACTGGAAGTGGTGTCGAATCCAAGTGAGATGTTTAGAAGGGATCACAATGGAAATTTAAATTCAGAGCATTTGACAGGACTTGCTGTTGCAGTGGT
CATGGATGGAACTCAAACCTTCCTGCTTGAAATTCAGGCATTGTGTTCGTCCAGTTCCTCCTTTGTTACACACGTTAATGGGATTCAAAACCGCAGGGCTGATATGATCA
TATCGGTTCTCATGAAGCAAGCTGGGTTGAAGCTACAAACAAATGCCATATTTATAAATGTTGTGAGTGGGGTGACATTGACAGAGACTGCAGGAGATCTTGCCATTGCT
ATGGCAATTTGCAGCAGCTTTTTGGAGTTTAACATTCCAAATGACATTGCATTCATTGGTGAAATTGGCCTCGGCGGCGAGCTTCGCATGGTGGGTAGGATGGAGAAGAG
GATCAATACTGTGGCCAAATTGGGTTTCAAAAGATGTGTAGTACCCAAGTCAGCTGAAAATTGTTTAGGAGTGGTAGGGTTGGGCAAGATGAAGCTCATAGGTTGCACAA
ATTTGAAAGATGTTATCAACAACGTTTTCATGGTAAGAGATGAAGTTACAACTCCTTCAATGGCTAGTTTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CGGGAATTCGAACCGTGTGTTTGCTGCAATGGAAATTGGCGGGGGATTATTCCTTAAATCCTTCATCGTCTTCCTAAAACCCTCAAACTCTCTTTGATGCAGCTCTTAGA
CATGAAGTCCCTCAGAACTATTTTCTATTCTCGAAAGCACTTTCTCATTCCTCATCTTTCTCTTCTTATAAAACATCCCCCATCTCCTGCCGGTCTTCCCTCAGCCCTAA
CTCTTCCCTCTTTCACTACGCCCCCCGTTTCAACACCGCTCACCTTTCGACCGATGCCCGGAACGGCGATCCCCTCGCCGGTTCCGGTCCAGAAAATGAAAAACGTCGCA
ACGTTTGGTCTCTTTACGGCTCCGTTTCGAGTAAGCTTACCACTCAAAGGGTCGGAAGCAGTAGCGATGGAAAAGAGCCCGAACAGAGCCTTGGAGTTCTAAATGGCGAT
GGGGCAGAGGATTCATTGAACGAGAAGACTTCGGAGAGTGTGAGGAAAGTGGGTTTAGATGATAAGTTGACTTGCAAGACGAATTCGGGGAAGCTTGCGGGATTGAAGAA
GAAGAGTAAAGTTTCTTGGGTTTGTTCGGACTGTGGGCATAGTGAGGGGCAGTGGTGGGGAACTTGTCAGTCCTGTCGAAAGGTTGGGACAATGAAGCAGTTTTCAGTGG
GGAATGATAGTGAAGGGGGAGTCGAACATGGCTTCCAAAGCAGGTCACTAACGTGAATCCTATGCGGTTAACAGATGTGAACCGAGGGATCAATGCTCAGGATTGGAGAC
TTCCCTTGCCTGGTCCCTTCGGAAATGAAGTGGCAAGGGTGCTTGGTGGTGGGCTGGTGCCAGGTTCACTTGTTTTGATCGGTGGTGACCCTGGTGTTGGCAAGAGTACA
TTGTTGTTGCAGATTGCTGCCATTTTAGCTGAAGGGTGTGGCGAAGGTGGATCAAAATCCGTTGTTTATGTCTCTGGGGAAGAGAGTGTGGAGCAAATTGGAAATAGAGC
AGACCGATTGAAGATTCAAACCGAGAATCTTTTCTTGTATTCAAGTACTGATGTTGAGGATATATTTGAGAAGATTCAGCCTCTATCTCCTAGAGCCTTGATCATTGATT
CTATTCAAACAGTTTATTTGCAAGAAGTAGCTGGAAGTGCTGGAGGGATTACACAGGTGAAGGAATGCACCTCAGCCTTTCTCCGTTATGCAAAGACAACCGGCATCCCC
ATTTTTTTGATTGGACATGTGAACAAATCAGGAGAAGTTGCTGGACCTCGACTTCTGGAGCACATTGTGGATGTTGTACTGTATGTGGAAGGAGAGAAATGCTCGTTGCA
TCGGCTACTACGACCAGTGAAGAACCGATTTGGATCAACAGATGAGCTTGGAGTATTTGAAATGTTGCCATCAGGACTGGAAGTGGTGTCGAATCCAAGTGAGATGTTTA
GAAGGGATCACAATGGAAATTTAAATTCAGAGCATTTGACAGGACTTGCTGTTGCAGTGGTCATGGATGGAACTCAAACCTTCCTGCTTGAAATTCAGGCATTGTGTTCG
TCCAGTTCCTCCTTTGTTACACACGTTAATGGGATTCAAAACCGCAGGGCTGATATGATCATATCGGTTCTCATGAAGCAAGCTGGGTTGAAGCTACAAACAAATGCCAT
ATTTATAAATGTTGTGAGTGGGGTGACATTGACAGAGACTGCAGGAGATCTTGCCATTGCTATGGCAATTTGCAGCAGCTTTTTGGAGTTTAACATTCCAAATGACATTG
CATTCATTGGTGAAATTGGCCTCGGCGGCGAGCTTCGCATGGTGGGTAGGATGGAGAAGAGGATCAATACTGTGGCCAAATTGGGTTTCAAAAGATGTGTAGTACCCAAG
TCAGCTGAAAATTGTTTAGGAGTGGTAGGGTTGGGCAAGATGAAGCTCATAGGTTGCACAAATTTGAAAGATGTTATCAACAACGTTTTCATGGTAAGAGATGAAGTTAC
AACTCCTTCAATGGCTAGTTTTTAGTTTTGTTCTTTTTTGGCATAAAGATACAACTCCTTCCAAAATGAAGTGGATGTACATAAAATGTATCCTTTAAGTCATTCAAACA
AGAAAAGTTGATTAGGCCAGGCAAGTTATTTACTTGATGAAAATTTATGACAGTTCTTATATTGGCATGAATTTAATTGCATCAATAGTAACTTCAACGTTATTTGGTCA
TGAGTTTGGTGTTGGGATG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRLTDVNRGINAQDWRLPLPGPFGNEVARVLGGGLVPGSLVLIGGDPGVGKSTLLLQIAAILAEGCGEGGSKSVVYVSGEESVEQIGNRADRLKIQTENLFLYSSTDVED
IFEKIQPLSPRALIIDSIQTVYLQEVAGSAGGITQVKECTSAFLRYAKTTGIPIFLIGHVNKSGEVAGPRLLEHIVDVVLYVEGEKCSLHRLLRPVKNRFGSTDELGVFE
MLPSGLEVVSNPSEMFRRDHNGNLNSEHLTGLAVAVVMDGTQTFLLEIQALCSSSSSFVTHVNGIQNRRADMIISVLMKQAGLKLQTNAIFINVVSGVTLTETAGDLAIA
MAICSSFLEFNIPNDIAFIGEIGLGGELRMVGRMEKRINTVAKLGFKRCVVPKSAENCLGVVGLGKMKLIGCTNLKDVINNVFMVRDEVTTPSMASF