; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0012733 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0012733
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionCryptochrome-1
Genome locationchr05:5393488..5395121
RNA-Seq ExpressionIVF0012733
SyntenyIVF0012733
Gene Ontology termsGO:0006139 - nucleobase-containing compound metabolic process (biological process)
GO:0006950 - response to stress (biological process)
GO:0009785 - blue light signaling pathway (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0032922 - circadian regulation of gene expression (biological process)
GO:0043153 - entrainment of circadian clock by photoperiod (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0005737 - cytoplasm (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0009882 - blue light photoreceptor activity (molecular function)
GO:0071949 - FAD binding (molecular function)
InterPro domainsIPR002081 - Cryptochrome/DNA photolyase class 1
IPR006050 - DNA photolyase, N-terminal
IPR014729 - Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
IPR036155 - Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6574918.1 Cryptochrome-2, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]6.30e-11692.74Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CDD2 cryptochrome-16.6e-108100Show/hide
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A0A5D3BQH6 Cryptochrome-16.6e-108100Show/hide
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A0A6J1C9D5 cryptochrome-12.2e-9590.48Show/hide
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A0A6J1H2Z3 cryptochrome-11.1e-9492.74Show/hide
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A0A6J1KWV4 cryptochrome-11.9e-9492.74Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A9CJC9 Deoxyribodipyrimidine photo-lyase8.5e-2038.26Show/hide
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        IVWFR+DLR+ DN AL AA  +G  V PVYI   +E+     G    WWL  SLA L  SL+  G  LVL    +    L + I+ TGA  V +N  YDP
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          +  D  +K+KL +  ++V+S++  LL+EP  +  ++G  +  +  +W
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O48652 (6-4)DNA photolyase1.2e-1029.12Show/hide
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        ++ F    DP     D  +K+      + V S  +  L+ P  + ++NG     ++ +F +   +    + ELV   S+LPP
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P40115 Cryptochrome-11.6e-5863.91Show/hide
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        P+SLVRDH +KEKLVE  ISVQSYN DL   P     +  N          KC  +  E V   PPW+L
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Q43125 Cryptochrome-12.7e-5052.17Show/hide
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        +TGA+++ FN LYDP+SLVRDH  K+ L    I+V+S+NADLLYEPW+V DE G  F+ F  +W++C  +  +  S  LPP K+
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Q96524 Cryptochrome-21.2e-6971.01Show/hide
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        P+SLVRDH +KEKLVE  ISVQSYN DLLYEPW++Y E G  FT+F  YW KC  +  E V   PPW+L
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G04400.1 cryptochrome 28.3e-7171.01Show/hide
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        P+SLVRDH +KEKLVE  ISVQSYN DLLYEPW++Y E G  FT+F  YW KC  +  E V   PPW+L
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AT1G04400.2 cryptochrome 28.3e-7171.01Show/hide
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        P+SLVRDH +KEKLVE  ISVQSYN DLLYEPW++Y E G  FT+F  YW KC  +  E V   PPW+L
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AT3G15620.1 DNA photolyase family protein8.7e-1229.12Show/hide
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        +++WFR+ LR+ DNPAL  A++   F+YPV++  P     +   F PG     V+R  +L +SL  L  SLK LG+ L++ K +     L+ C+      
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        ++ F    DP     D  +K+      + V S  +  L+ P  + ++NG     ++ +F +   +    + ELV   S+LPP
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AT3G15620.2 DNA photolyase family protein8.7e-1229.12Show/hide
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        +++WFR+ LR+ DNPAL  A++   F+YPV++  P     +   F PG     V+R  +L +SL  L  SLK LG+ L++ K +     L+ C+      
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        ++ F    DP     D  +K+      + V S  +  L+ P  + ++NG     ++ +F +   +    + ELV   S+LPP
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AT4G08920.1 cryptochrome 11.9e-5152.17Show/hide
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Query:  ATGATKVAFNCLYDPISLVRDHNIKEKLVELEISVQSYNADLLYEPWDVYDENGNAFTTFKEYWDKCHLLQKELVS-TLPPWKL
        +TGA+++ FN LYDP+SLVRDH  K+ L    I+V+S+NADLLYEPW+V DE G  F+ F  +W++C  +  +  S  LPP K+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGATGGTGGAAGCTCTGAATCCCCAGATATGGGTTGTAACAAGACCATAGTATGGTTTCGTAGAGACCTCAGGATTGAGGACAACCCTGCTTTAGCTGCTGCTGCTAG
GAATGGTTTTGTATATCCTGTGTACATATGGTGTCCTAAAGAAGAGGGACAATTCTATCCTGGTCGGGTATCGAGGTGGTGGTTGAAGCAATCCCTTGCCCATTTGAAAC
AGTCTCTTAAATCACTTGGTGCTGACCTAGTGCTGATGAAAACTCAGAGTACTATTTTCTCTCTTCTGGAGTGTATCAATGCTACTGGGGCAACAAAAGTAGCATTTAAC
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GGACGTATATGATGAAAATGGGAATGCTTTTACGACCTTCAAAGAATATTGGGATAAATGTCATCTTTTGCAAAAGGAGTTGGTTTCAACTCTCCCTCCATGGAAACTAC
AGCAGGCTGGAGGTACGTTTCTGACATTACCTACATGTAATAAATGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGATGGTGGAAGCTCTGAATCCCCAGATATGGGTTGTAACAAGACCATAGTATGGTTTCGTAGAGACCTCAGGATTGAGGACAACCCTGCTTTAGCTGCTGCTGCTAG
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TGTCTCTACGATCCCATTTCACTTGTCCGAGACCACAATATTAAAGAAAAACTAGTTGAACTCGAAATTTCTGTGCAGAGCTACAATGCAGATCTTTTATATGAGCCATG
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AGCAGGCTGGAGGTACGTTTCTGACATTACCTACATGTAATAAATGTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDGGSSESPDMGCNKTIVWFRRDLRIEDNPALAAAARNGFVYPVYIWCPKEEGQFYPGRVSRWWLKQSLAHLKQSLKSLGADLVLMKTQSTIFSLLECINATGATKVAFN
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