; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0012901 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0012901
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionCold regulated protein 27, putative isoform 2
Genome locationchr01:394244..398204
RNA-Seq ExpressionIVF0012901
SyntenyIVF0012901
Gene Ontology termsGO:0009409 - response to cold (biological process)
GO:0042752 - regulation of circadian rhythm (biological process)
InterPro domainsIPR044678 - Cold-regulated protein 27/28


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0031301.1 Cold regulated protein 27, putative isoform 2 [Cucumis melo var. makuwa]3.07e-174100Show/hide
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XP_022952080.1 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X1 [Cucurbita moschata]2.28e-11770Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0K7Z2 Uncharacterized protein6.1e-12089.84Show/hide
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A0A1S3BZQ8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X21.5e-10583.74Show/hide
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A0A1S3BZU8 uncharacterized protein LOC103495241 isoform X13.2e-137100Show/hide
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A0A5D3C4A3 Cold regulated protein 27, putative isoform 29.3e-137100Show/hide
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A0A6J1GKR5 uncharacterized protein LOC111454842 isoform X11.8e-9270Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8L8T7 Cold-regulated protein 271.3e-0529.03Show/hide
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Q8L983 Cold-regulated protein 287.4e-0631.5Show/hide
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        +  VLQ+  WQK N G+    L+ +++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT4G33980.1 BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cold regulated gene 27 (TAIR:AT5G42900.2)5.2e-0731.5Show/hide
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AT4G33980.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown5.2e-0731.5Show/hide
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AT5G42900.1 cold regulated gene 279.0e-0729.03Show/hide
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AT5G42900.2 cold regulated gene 279.0e-0729.03Show/hide
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AT5G42900.3 cold regulated gene 271.4e-0727.32Show/hide
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        + P    Q  +      +   S + ++ I    ++    + S  +R    +  ++  EVSDQNFV+     + G   ++K++K
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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ATCTTGATTCTTTAGAAGCATCTTTTGTCCAAGGTTTGCATCAACATAGGCGTATGCATGCTTTATCCTCAAAACAAAAGATGCGTCGAAAGCCGATCATGCTTGATACA
TCTTCTTCAGAGTTGATGGTCCTTCAAGATGCCTCTTGGCAGAAGGCTAACATTGGGAGGAATGATCCTTTATTGGATAAGACTGCTGATTCTCCTGCTATTTTAGAGGA
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GGAGAGTTGTCTGGTGGCATGCCTACTGCAAAAAGATTAAAGAAAGCTTCTTCTGGTTTTTTGGACAATGCCCAGGTTAATCATGGGACTGCCTTAGACTTTTCTTTGGA
TATCTTATACTTTCATCGTATAAATGATCCGAGACTGAATATGCTGCTATTGACCTCTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTCTTTCACCGCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCGTTTCTCCACGAGCTTCAATCGCCAAAGGGTTTCGGACCTAAATTTTCTCCCAATTTTTCTATTTT
TTCTTTGATTTCATCCTCCATTTTTGGCTCTTCCCGTATCATTTCTCCTTGTTTTTGATCCTTCCGAAATGGGTGACTCTCATACGCCGTCGTTTGTCTCTTCGCCGCTT
GCAGATCGACAATCACCCATGCCGCCGGCCTCTTCTACTACTGACTCCACTGGCTTCAACTCTGAATCTCACTCTTCTTCCATTACTGTTGATGGGTCCAAGCGTTTTTT
GGATTCTCATCATTGTTTGCAACTGGATGCGGAGCAAACACATTGGACAGACGAGAAACATAGATCATATCTTGATTCTTTAGAAGCATCTTTTGTCCAAGGTTTGCATC
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GCTGCTATTGACCTCTTAGGTTGTACCATTTAAAAGATTATCCTAAAAAAGATCAAAAGCCAGATGGCATATTGTCTTCGGAGCATCCTCAAAACTTTGTGCCTCCAAAT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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