CuGenDBv2

Gene ID	IVF0012945
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	protein POLYCHOME
Genome location	chr08:13676306..13678994
RNA-Seq Expression	IVF0012945
Synteny	IVF0012945
Gene Ontology terms	GO:0051783 - regulation of nuclear division (biological process) GO:1904667 - negative regulation of ubiquitin protein ligase activity (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component)
InterPro domains	IPR034590 - POLYCHOME/GIGAS CELL1

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KGN53824.1 hypothetical protein Csa_015343 [Cucumis sativus]

5.97e-200

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XP_004150162.1 protein POLYCHOME [Cucumis sativus]

7.00e-163

98.39

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XP_008460799.1 PREDICTED: protein POLYCHOME [Cucumis melo]

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XP_022925136.1 protein POLYCHOME-like [Cucurbita moschata]

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XP_038881398.1 protein POLYCHOME [Benincasa hispida]

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TrEMBL top hits

e value

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Alignment

A0A0A0KY99 Uncharacterized protein

1.3e-155

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A0A1S3CDA1 protein POLYCHOME

1.1e-128

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A0A5D3BM43 Protein POLYCHOME

1.1e-128

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A0A6J1EBD1 protein POLYCHOME-like

4.3e-106

85.38

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A0A6J1HRM8 protein POLYCHOME

4.3e-106

85.04

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

O48533 Protein POLYCHOME

4.5e-52

51.91

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        M EARDR+ERQVDY   F  RRS GI LDE     NL G+P+ R  +           G   G G  +R  FG   +GG  R +  +R+P   REN S G
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         +RR R+R  NSVLP WYPRTPLRDI+AVVRAIER RAR+   EG G D  +P P     L+  V ++  H E   S++TP P++G          KV +
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        IL  I  ENT   + LTP+KKLLNSIDKVEKVVMEE+QK+K TPSAK+AEREKRVRTLMS R
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Q9M2R1 Protein GIGAS CELL1

9.5e-34

43.61

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        M EARDR ER VDY+ +FA RR  GI LDE +   +LI +P+            P     GG G  +R  F +   G        +R P   REN    +
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        +RR R  G   +LP WYPRTPLRDIT +VRAIER     R   G G D       P       LE  V ++ +H+    S++TP P+VG          K
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        V K+L  I  E     A  +TP+KKLLNSIDKVEK+VM E+QKLK TP AK+ EREKRVRTLM+ R
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G42260.1 uv-b-insensitive 4

3.2e-53

51.91

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        M EARDR+ERQVDY   F  RRS GI LDE     NL G+P+ R  +           G   G G  +R  FG   +GG  R +  +R+P   REN S G
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Query:  SSRRSRSRGRNSVLPIWYPRTPLRDITAVVRAIERTRARLRENEGQGSD-SSPAPSDERALEYSVSVASDHQEPIISLLTPKPTVG----------KVPK
         +RR R+R  NSVLP WYPRTPLRDI+AVVRAIER RAR+   EG G D  +P P     L+  V ++  H E   S++TP P++G          KV +
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Query:  ILRGIANENTVGAETLTPQKKLLNSIDKVEKVVMEELQKLKRTPSAKKAEREKRVRTLMSFR
        IL  I  ENT   + LTP+KKLLNSIDKVEKVVMEE+QK+K TPSAK+AEREKRVRTLMS R
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AT3G57860.1 UV-B-insensitive 4-like

6.7e-35

43.61

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        M EARDR ER VDY+ +FA RR  GI LDE +   +LI +P+            P     GG G  +R  F +   G        +R P   REN    +
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Query:  SRRSRSRGRNSVLPIWYPRTPLRDITAVVRAIERTRARLRENEGQGSDSS-----PAPSDERALEYSVSVASDHQEPIISLLTPKPTVG----------K
        +RR R  G   +LP WYPRTPLRDIT +VRAIER     R   G G D       P       LE  V ++ +H+    S++TP P+VG          K
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Query:  VPKILRGIANE-NTVGAETLTPQKKLLNSIDKVEKVVMEELQKLKRTPSAKKAEREKRVRTLMSFR
        V K+L  I  E     A  +TP+KKLLNSIDKVEK+VM E+QKLK TP AK+ EREKRVRTLM+ R
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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAGTTTAAGTAGCGCCCAAATTTTCCCATTTCAAATCTGCCCAAAATTTCGACTTCTCTCAAACCAGCTTCACCTTCTTCCCTCTCATTTTTCATCTCCGCTCCTCAC
AGATCGCCGCTCCCCACCAATCCACCGCCATTTTTTTGGAATACTCCATTCAAGCCCACTGGAATCTCGCGGTATTTCCATAATGTCGGAAGCAAGGGATAGATTGGAGA
GACAAGTGGATTATGCCGAGGTATTTGCTCGTCGGAGGTCGGAAGGTATATTGGACGAGCAAGAAATGGGTTCTAATTTGATAGGTACTCCGATTGCACGCGCCACTACG
ACGACTGCTGCTCAACAAAGGCCTACGAATCCCGGCCCTGGTGGAGGTGGTGCGAATCTGAGACGTACTTTTGGTTCTCCCATTTCTGGCGGAATTGGGCGTAATAGATT
TCTTTATAGAACTCCAGTGTTGAGCCGTGAGAATCCGTCGGCTGGGAGTTCCAGGCGGAGTAGATCTCGGGGTAGGAACAGTGTGTTACCGATTTGGTACCCAAGAACCC
CTCTTCGTGACATAACTGCAGTTGTGAGGGCAATCGAAAGGACAAGAGCTCGCTTGAGAGAAAACGAAGGCCAAGGAAGTGACAGTAGTCCAGCTCCCTCGGACGAAAGA
GCATTAGAGTATAGCGTCTCCGTGGCAAGTGATCATCAAGAGCCGATCATTTCTCTGCTTACCCCAAAACCAACCGTAGGAAAAGTTCCAAAGATTCTTCGTGGAATCGC
AAATGAGAACACGGTAGGGGCCGAGACTCTGACTCCTCAGAAGAAGCTCTTGAACTCCATAGACAAAGTGGAGAAAGTAGTAATGGAGGAGTTACAGAAATTGAAAAGAA
CACCAAGTGCCAAGAAAGCAGAGAGGGAGAAAAGGGTTCGCACTTTAATGTCGTTTCGTTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MSLSSAQIFPFQICPKFRLLSNQLHLLPSHFSSPLLTDRRSPPIHRHFFGILHSSPLESRGISIMSEARDRLERQVDYAEVFARRRSEGILDEQEMGSNLIGTPIARATT
TTAAQQRPTNPGPGGGGANLRRTFGSPISGGIGRNRFLYRTPVLSRENPSAGSSRRSRSRGRNSVLPIWYPRTPLRDITAVVRAIERTRARLRENEGQGSDSSPAPSDER
ALEYSVSVASDHQEPIISLLTPKPTVGKVPKILRGIANENTVGAETLTPQKKLLNSIDKVEKVVMEELQKLKRTPSAKKAEREKRVRTLMSFR

IVF0012945 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome