; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0013335 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0013335
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationchr08:23378596..23380360
RNA-Seq ExpressionIVF0013335
SyntenyIVF0013335
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]5.83e-10895.98Show/hide
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KGN53959.2 hypothetical protein Csa_021575 [Cucumis sativus]4.38e-10692.82Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]7.04e-11599.49Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]3.52e-10996.48Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.85e-10694.36Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-8999.49Show/hide
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A0A1S3B5D8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-8999.49Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-8999.49Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.5e-8596.48Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.5e-8596.48Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR14.7e-3958.85Show/hide
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 12.3e-3863.37Show/hide
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        G + + YFSIK+ E + A+S+    KFYIDPAKLLPL RFLP+P   + P RGGGRGGGRGGGRG  GG G  G GG RGGRGG   GGG     RGGGF
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.2e-3658.05Show/hide
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        G+ ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+PK    P              RGG RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG R GG
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        F GRG
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 15.9e-5879.13Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 21.9e-4874.36Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein4.2e-5979.13Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.3e-4974.36Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CGGAGGCTTCCGTGACGAGGGTCCTCCATCTGAAGTCGTTGAGGTTTCTACTTTTCTTCATGCATGTGAGGGAGATGCAGTCACAAAGCTCACAAATGAGAAGATTCCTT
TCTTTAATGCCCCTATTTATCTTCAGAACAAGACTCAGATAGGGAAAGTGGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAATCTTACTTCTCGATCAAAATGATGGAAGGAATT
GTCGCAACCTCTTACGCTTCTGGGGATAAATTTTATATTGATCCTGCTAAACTCCTACCACTTGCTAGATTTCTTCCACAACCGAAGTACGGACAGTTTCCCTCTAGAGG
CGGAGGTCGTGGAGGGGGCAGAGGTGGTGGCAGAGGTGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTCGTGGAAGAGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGTGGCCCTCCAAGAGGTGGTG
GCCGTGGTGGTGGCTTTAGGGGGAGAGGAAGATTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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VATSYASGDKFYIDPAKLLPLARFLPQPKYGQFPSRGGGRGGGRGGGRGGRGGGGFRGRGGPRGGRGGPPRGGGRGGGFRGRGRF