; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0014436 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0014436
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase subunit beta
Genome locationchr07:24495512..24496825
RNA-Seq ExpressionIVF0014436
SyntenyIVF0014436
Gene Ontology termsGO:0045488 - pectin metabolic process (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0008168 - methyltransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR044689 - Pectin methyltransferase CGR2/3


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0044302.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold46G00230 [Cucumis melo var. makuwa]1.90e-7199.07Show/hide
Query:  MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV
        MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV
Subjt:  MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV

Query:  IIFAGKP
        IIFAG P
Subjt:  IIFAGKP

KAE8649381.1 hypothetical protein Csa_011838 [Cucumis sativus]6.34e-8292.31Show/hide
Query:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
        GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDD+MTKVLYVGPDTCSMISKLLI DEDDYEAWG+EPY  DSSYF+CWDLIHKGIIRVADVKF LPY +NSFSHVIISDTL
Subjt:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL

Query:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
        EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P
Subjt:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

TYK29433.1 uncharacterized protein E5676_scaffold655G00250 [Cucumis melo var. makuwa]1.47e-9199.24Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
        TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

XP_008454502.1 PREDICTED: uncharacterized protein At3g49720-like [Cucumis melo]1.72e-8899.23Show/hide
Query:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
        GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
Subjt:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL

Query:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
        EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P
Subjt:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

XP_011654354.1 probable pectin methylesterase CGR3 [Cucumis sativus]6.76e-8192.31Show/hide
Query:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
        GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDD+MTKVLYVGPDTCSMISKLLI DEDDYEAWG+EPY  DSSYF+CWDLIHKGIIRVADVKF LPY +NSFSHVIISDTL
Subjt:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL

Query:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
        EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P
Subjt:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L156 Uncharacterized protein2.9e-7785.23Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDD+MTKVLYVGPDTCSMISKLLI DEDDYEAWG+EPY  DSSYF+CWDLIHKGIIRVADVKF LPY +NSFSHVIISD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLIL-----------VIQIIQFQNSPDLNLTVRRNFEVLRGGKGI
        TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLIL           VI+IIQFQN PD NLT+R N EVLRGGKGI
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLIL-----------VIQIIQFQNSPDLNLTVRRNFEVLRGGKGI

A0A1S3BYV5 uncharacterized protein At3g49720-like8.5e-6992.2Show/hide
Query:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
        GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
Subjt:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL

Query:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLILVIQIIQFQ
        EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P   + +  +F+
Subjt:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLILVIQIIQFQ

A0A5A7TLX1 Uncharacterized protein2.7e-5490.68Show/hide
Query:  MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV
        MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV
Subjt:  MTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGV

Query:  IIFAGKPLILVIQIIQFQ
        IIFAG P   + +  +F+
Subjt:  IIFAGKPLILVIQIIQFQ

A0A5D3E063 Uncharacterized protein7.7e-7092.31Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLILVIQIIQFQ
        TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAG P   + +  +F+
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLILVIQIIQFQ

A0A6J1D594 uncharacterized protein At3g49720-like2.9e-4567.69Show/hide
Query:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL
        GH FCT EV+ T+PLLREVYDD M KVLYVGPDTCS++S  L  DE+DYEAWG++P+G D++  +C DL+ +GI+RVAD+KF LPY ++SFSHV++SDTL
Subjt:  GHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTL

Query:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
        EY SSRYLNST+ EL RVS EGVII+AG P
Subjt:  EYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q0WPN7 Probable pectin methylesterase CGR31.7e-3754.55Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        + G   CT+EVQ  IP+L+  Y DSM KVL+VGP+TCS++S LL  +E++ EAWG+EPY  + +  NC  L+HKG++RVAD+KF LPY   SFS VI+SD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
         L+Y S RYLN T+ EL RV+ +GV++ AG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

Q9M2Y6 Probable pectin methylesterase CGR22.7e-3552.27Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        + G   CT+EVQ  IP+L++ Y D M KVL+VGPDTCS++S LL   E++ EAWG+EPY  + +  +C   + KG++RVAD+KF LPY   SFS VI+SD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
         L+Y S +YLN T+ EL RV+ +GV++FAG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G49720.1 unknown protein1.9e-3652.27Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        + G   CT+EVQ  IP+L++ Y D M KVL+VGPDTCS++S LL   E++ EAWG+EPY  + +  +C   + KG++RVAD+KF LPY   SFS VI+SD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
         L+Y S +YLN T+ EL RV+ +GV++FAG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

AT3G49720.2 unknown protein1.9e-3652.27Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        + G   CT+EVQ  IP+L++ Y D M KVL+VGPDTCS++S LL   E++ EAWG+EPY  + +  +C   + KG++RVAD+KF LPY   SFS VI+SD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
         L+Y S +YLN T+ EL RV+ +GV++FAG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP

AT5G65810.1 unknown protein1.2e-3854.55Show/hide
Query:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD
        + G   CT+EVQ  IP+L+  Y DSM KVL+VGP+TCS++S LL  +E++ EAWG+EPY  + +  NC  L+HKG++RVAD+KF LPY   SFS VI+SD
Subjt:  MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISD

Query:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP
         L+Y S RYLN T+ EL RV+ +GV++ AG P
Subjt:  TLEYFSSRYLNSTIFELMRVSREGVIIFAGKP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGGTCATACCTTTTGCACTTCGGAAGTTCAAACAACAATACCACTTCTAAGGGAAGTATATGATGATAGCATGACCAAAGTGTTGTATGTTGGCCCTGATACTTG
TTCGATGATATCCAAATTACTCATAGACGACGAAGATGATTATGAAGCTTGGGGTTTGGAACCATATGGCTCTGATTCTAGTTACTTCAATTGCTGGGATCTCATCCATA
AAGGCATCATCCGTGTTGCCGATGTTAAATTTGCTCTGCCTTATGGAGAAAATTCATTTTCTCATGTTATAATTTCAGATACTTTGGAATATTTCTCTTCACGATACCTA
AACAGCACAATTTTTGAGTTGATGAGGGTGTCTAGAGAGGGTGTTATCATTTTTGCTGGTAAACCCCTTATTTTAGTTATCCAGATTATCCAATTTCAGAATTCACCAGA
TTTAAATTTGACCGTCAGGCGAAACTTCGAAGTCCTTCGTGGTGGAAAAGGTATTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAGGTCATACCTTTTGCACTTCGGAAGTTCAAACAACAATACCACTTCTAAGGGAAGTATATGATGATAGCATGACCAAAGTGTTGTATGTTGGCCCTGATACTTG
TTCGATGATATCCAAATTACTCATAGACGACGAAGATGATTATGAAGCTTGGGGTTTGGAACCATATGGCTCTGATTCTAGTTACTTCAATTGCTGGGATCTCATCCATA
AAGGCATCATCCGTGTTGCCGATGTTAAATTTGCTCTGCCTTATGGAGAAAATTCATTTTCTCATGTTATAATTTCAGATACTTTGGAATATTTCTCTTCACGATACCTA
AACAGCACAATTTTTGAGTTGATGAGGGTGTCTAGAGAGGGTGTTATCATTTTTGCTGGTAAACCCCTTATTTTAGTTATCCAGATTATCCAATTTCAGAATTCACCAGA
TTTAAATTTGACCGTCAGGCGAAACTTCGAAGTCCTTCGTGGTGGAAAAGGTATTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAGHTFCTSEVQTTIPLLREVYDDSMTKVLYVGPDTCSMISKLLIDDEDDYEAWGLEPYGSDSSYFNCWDLIHKGIIRVADVKFALPYGENSFSHVIISDTLEYFSSRYL
NSTIFELMRVSREGVIIFAGKPLILVIQIIQFQNSPDLNLTVRRNFEVLRGGKGI