; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0014652 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0014652
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionDNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7
Genome locationchr09:14879966..14884078
RNA-Seq ExpressionIVF0014652
SyntenyIVF0014652
Gene Ontology termsGO:0000291 - nuclear-transcribed mRNA catabolic process, exonucleolytic (biological process)
GO:0006367 - transcription initiation from RNA polymerase II promoter (biological process)
GO:0045948 - positive regulation of translational initiation (biological process)
GO:0060213 - positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening (biological process)
GO:0000932 - P-body (cellular component)
GO:0005665 - RNA polymerase II, core complex (cellular component)
GO:0003697 - single-stranded DNA binding (molecular function)
GO:0003727 - single-stranded RNA binding (molecular function)
GO:0003899 - DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity (molecular function)
GO:0031369 - translation initiation factor binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR005576 - RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR036898 - RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily
IPR045113 - RNA polymerase Rpb7-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAF3454638.1 hypothetical protein FNV43_RR05086 [Rhamnella rubrinervis]1.67e-10699.35Show/hide
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KAG7032688.1 hypothetical protein SDJN02_06738, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.98e-10699.35Show/hide
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XP_004150740.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 isoform X1 [Cucumis sativus]5.81e-107100Show/hide
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XP_022923594.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like [Cucurbita moschata]1.67e-10699.35Show/hide
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XP_038906688.1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7 [Benincasa hispida]1.67e-10699.35Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KPS4 Uncharacterized protein6.4e-82100Show/hide
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A0A2I4HHD1 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.9e-8198.69Show/hide
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A0A6J0ZV58 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB71.9e-8198.69Show/hide
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A0A6J1E6V3 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.4e-8199.35Show/hide
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A0A6J1JSG6 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB7-like1.4e-8199.35Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P38421 DNA-directed RNA polymerase II subunit 71.9e-7892.16Show/hide
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P46279 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB75.6e-8397.39Show/hide
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P62487 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB74.2e-4655.63Show/hide
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Q5E9B8 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB74.2e-4655.63Show/hide
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Q7ZW41 DNA-directed RNA polymerase II subunit RPB74.2e-4656.29Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G22900.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain1.6e-1336.45Show/hide
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        G+++  T +ENIG+G I++ TG + FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V+K G F ++GP +I   +H+     EF  G+ P +     S +IQ  + V
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        R  ++ T
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AT4G14660.1 RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain2.8e-1336.11Show/hide
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        G+ VA+T ++ IG+G IR+ TG V FPV +  + F+ FKGEI+  VV  V K G F   GP++    ++    D ++  G+ P +     S +IQ ++ V
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Query:  RLKIIGTR
        R+ +IG +
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AT5G59180.1 DNA-directed RNA polymerase II1.3e-7992.16Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAGCTACACCCTCGCCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAACCTGGTGTCCAAACTGATGAAAGATGTTGAGGGCACCTGCAGCGGCCGGCATGGGTTTGTAGTTGC
AATCACAGGAATTGAGAATATTGGGAAAGGATTGATTCGCGATGGGACTGGCTTTGTCACTTTTCCCGTGAAATACCAATGTGTGGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAA
TTTTGGAAGCGGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGCTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTTCAG
TCTGGAGATGTGCCAAACTATACCACGTCAGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGATAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGCACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTTT
TTGTATTGGAACCATAAAGATGACTTCTTGGGTGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AGGATAAGGAAACGAAAAAACATACTATGTTAGCATACCATGCTAGCATAGTATATAGTCGAGGAAACCTTTTTTTTGTTGGAATCGTACGAAAAACTTCTTTTTCTGTA
GAGTTATTATAAATAAAATTAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAGAGATCGAGAAGAGAGAAAGTACCCGAGGAGAAGGGAGGTGGGAGTGGAGGAGGAAGAAGAAGGAAAGGA
GAAAGAAGGAAGATTGGAGGAGGAGGAAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGGGCGACCGTTTCTGGGCATACGTTTCTTGCAGAGGAGGGGAGTGGAAGCGAAGGCGGGGACGG
CGGAGGAGAGATCATCGACGACGGGTTGCCGGGTTGACCCAACCCAACCCGGTTTAAGGGTATATATATACACATATAAAAACCCTAAATTAACATTTTTCATTCTCATT
TTGCCCCAAACCTTGCACGCAACTCAACCCCTCAGGCCTTCAGCGCTCGCAATCCCTTCGGCATTCAGACCTTCACATTCCGGCAACGTTCAGAACCACTCGCACGTTTC
GGACTTCACATTCCGGCGAACTTTTCGGCCTTTTCTTTCAATCTCACTCTCTCCTTTGCCCTCTTCCTGCTTGACGCTTTTGCCGCTCCGCCATCTCTCTCCGTTCAGCG
CCACCGCCGCCTCCTACCGGAGTTGCATTCATTGAATTCAAGTGGTTTTCCTTTAGTTAGAGGAAGCCAATATGTTTTTCACATAGTTCTGGAGAGGAATATGCAGCTAC
ACCCTCGCCACTTTGGCCGTAACCTACGTGAGAACCTGGTGTCCAAACTGATGAAAGATGTTGAGGGCACCTGCAGCGGCCGGCATGGGTTTGTAGTTGCAATCACAGGA
ATTGAGAATATTGGGAAAGGATTGATTCGCGATGGGACTGGCTTTGTCACTTTTCCCGTGAAATACCAATGTGTGGTGTTTCGACCATTCAAGGGAGAAATTTTGGAAGC
GGTTGTTACTATGGTAAACAAGATGGGCTTCTTTGCTGAAGCTGGACCTGTTCAGATTTTTGTTTCAAACCATTTGATACCAGATGATATGGAGTTTCAGTCTGGAGATG
TGCCAAACTATACCACGTCAGATGGATCGGTTAAGATTCAGAAGGATAGTGAAGTTCGATTAAAGATAATTGGCACTCGAGTAGATGCAACTGAAATTTTTTGTATTGGA
ACCATAAAGATGACTTCTTGGGTGTGATCAATGACCCTTCAGCGGCTTAGTTCTTCATCTTTGATGCAAGTTTGTAGATTGTTATGTATTAACCTTGACATTGATAAAAG
AAAATTCTAATTTTGCTGTATAGGCTCTGTTTTTTTCAACCGTTTATCCATTTATTTCTAGGGGGGGTTAAAATGAGAAGTATATTCCTAGGGTTAAATTATAAATTTCG
AACCTTACAGTTTCGGGAAAGGCTATAATGTAATCTATTATGTTGTTTTAAAGGTTTTAACCTTCATGGTTAGATATAAACTCTAAATAGTCATTGTTGTTGGATACAAC
TTTCATGAATAATCTCTACAAATCTATATTTTTAATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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