CuGenDBv2

Gene ID	IVF0016559
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	30S ribosomal protein S15, chloroplastic
Genome location	chr07:23447831..23450824
RNA-Seq Expression	IVF0016559
Synteny	IVF0016559
Gene Ontology terms	GO:0006412 - translation (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005840 - ribosome (cellular component) GO:0003735 - structural constituent of ribosome (molecular function)
InterPro domains	IPR000589 - Ribosomal protein S15 IPR005290 - Ribosomal protein S15, bacterial-type IPR009068 - S15/NS1, RNA-binding

Homology

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GenBank top hits

e value

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A0A0A0KVK2 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A5A7TSB7 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1G9E3 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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A0A6J1K776 30S ribosomal protein S15, chloroplastic

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76.54

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Query:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSS-SSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRISMPFDSIKESLRQVSSARGMQNELKVGDSLSLS
        LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPS+   TPSS SSSWQRG+SFQELYK N+MRKG+DG+AP + + G    + FDSI+ESLRQVSS++ MQNE K GDS+SLS
Subjt:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSS-SSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRISMPFDSIKESLRQVSSARGMQNELKVGDSLSLS

Query:  AFKDSLKLKPSDP----VMGGTERLPV----------KDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETESRI
        AFK+SLKLKP DP    V GGTERLP           K G+N GMKTEFVKMYS+ ELG KLRALRP+ EKGKNWFSL+ELN+RL+KLRTMEEKETES+I
Subjt:  AFKDSLKLKPSDP----VMGGTERLPV----------KDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETESRI

Query:  GGISFQDLRASLMQMKISDDEKAKKASLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI
        GGISFQDLR SL++MK+SDDEKAKK ++QRLDI+GQL RTPN+ML+PP+EHLVEKYFHPDNMSSAEK+KIELAKVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLTTKI
Subjt:  GGISFQDLRASLMQMKISDDEKAKKASLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKI

Query:  NHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK
        NHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQ RKKLLKYLRRTDW+SYCMVLN LG RDNPDYK
Subjt:  NHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A6TEI4 30S ribosomal protein S15

7.6e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR
        AK+  +F   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV QR+KLL YL+R D   Y  ++  LGLR
Subjt:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR

A8F724 30S ribosomal protein S15

7.6e-13

Show/hide

Query:  ELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR
        E  K+ E+F+++E D GSA VQVA LT +I HLT  L  H KD HS++GL+ MV +R+KLL+YLR+++ +SY  ++  L LR
Subjt:  ELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR

B0THS1 30S ribosomal protein S15

3.4e-13

Show/hide

Query:  KFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR
        KFK  E D GS  VQ+A LT +IN+LT  L  HKKD HS++GLL MV QR+ LL YL+RTD + Y  ++  LGLR
Subjt:  KFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR

B5XSX7 30S ribosomal protein S15

5.8e-13

52.5

Show/hide

Query:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR
        AK+  +F   E+D GS  VQVA LT +INHL      HKKD HS++GLL MV QR+KLL YL+R D   Y  ++  LGLR
Subjt:  AKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTA--VLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR

B5YEA9 30S ribosomal protein S15

9.9e-13

48.81

Show/hide

Query:  KIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR
        K E  ++ EKF+++E+D GS  VQ+A LT +I  LT  L  HKKD HS+ GLL M+ +R+KLLKYL+  D++ Y  ++  LGLR
Subjt:  KIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL--HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLR

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G15810.1 S15/NS1, RNA-binding protein

2.5e-80

45.66

Show/hide

Query:  MALQLTFKPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPN-----DETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLK---QDQQFSSSPTARRPADQFTSPLNRSTSPAS
        MAL L    ++ +  +N SLI  F SNSS+ S P       E    S +SP  S SS + D++  LK   Q+QQ           +Q   P +RS + + 
Subjt:  MALQLTFKPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPN-----DETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLK---QDQQFSSSPTARRPADQFTSPLNRSTSPAS

Query:  KAASL---EEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSSSSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRISMPFDSIKESLRQVSSARGMQNELKVG
           S    + + KNL++F+ RS+VPPP D       S      +S   LYK ++     D   P NSK  G  S   +++ E+L+ + +     N +   
Subjt:  KAASL---EEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSSSSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRISMPFDSIKESLRQVSSARGMQNELKVG

Query:  DSLSLSAFKDSL-KLKPSDPVMGGTERLPVKDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETESRIGGISFQD
          + L +FK ++ +  P        +     +G+     TEF+  Y+ +ELG KLR LRP+ EK + WFSL ELN RLVKLR +EEKE + R    +F  
Subjt:  DSLSLSAFKDSL-KLKPSDPVMGGTERLPVKDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETESRIGGISFQD

Query:  LRASLMQMKISDDEKAKKASLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL
        LR  +   K   +E ++ +S Q + IMG L   P Y L PPKE LV+ YFHPDNMSSAEKMKIEL+KVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLTTKI HL++ L
Subjt:  LRASLMQMKISDDEKAKKASLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVL

Query:  HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK
        HKKDKHS+KGLL MVQ+RKKLLKYLRRTDWDSYC+VL+ L LRDNPDYK
Subjt:  HKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK

AT1G80620.1 S15/NS1, RNA-binding protein

9.6e-88

47.16

Show/hide

Query:  MALQLTFKPKNPKTLTNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPTARRPADQFTSPLNRSTSPASKAAS
        MAL L  +PK  +  +NPSLIHLF    SS+SS+P D N+     S +S    ISSY S +R+ LKQ Q    S   +R   +F         P +  + 
Subjt:  MALQLTFKPKNPKTLTNPSLIHLF----SSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPTARRPADQFTSPLNRSTSPASKAAS

Query:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSSSSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRI-SMPFDSIKESLRQV-----------SSARGMQN
         ++IR+NL+EFRSR++ PPP D                 Q+L+K N + K         S G  RI  +P  +IK +LRQ+           ++  G+QN
Subjt:  LEEIRKNLSEFRSRSSVPPPSDHSSTPSSSSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRI-SMPFDSIKESLRQV-----------SSARGMQN

Query:  ELK--VGDSLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVKDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETE--SR
         +K  + D++  +    + +  P   V    + L  +D     MK+EF+K Y   ELG KLR  RP+ +K + WFSL ELN RLVKLR MEE++ +  S 
Subjt:  ELK--VGDSLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVKDGKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETE--SR

Query:  IGGISFQDLRASLMQMKISDDEKAKKAS-LQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTT
        +      +LR+   +       KA+K+   Q  +I G L  TP YMLEPPK+ LVE YFHPDNMSSAEKMKIELAKVRE+FKMSESDCGSARVQVAQLTT
Subjt:  IGGISFQDLRASLMQMKISDDEKAKKAS-LQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPKEHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTT

Query:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK
        KI HL++VLHKKDKHS+KGL+AMVQ+RKKLLKY+RRTDWDSYC+ L+ LGLRDNPDYK
Subjt:  KINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYK

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGCTTCAACTCACCTTCAAACCCAAAAACCCTAAAACTCTCACCAATCCTTCTCTCATTCATCTTTTCTCTTCCAATTCCTCTGCCCCATCTGATCCAAATGATGA
AACCGCTGATACATCCACTGCCTCACCTCGATCTTCCATCTCCTCTTACCTCAGCGATGTCAGAGCCCGCCTCAAACAGGACCAACAATTTTCTTCTTCACCCACGGCTA
GAAGACCTGCCGACCAATTCACTTCTCCTCTCAATCGCTCGACTTCTCCGGCTTCCAAAGCCGCCTCACTTGAAGAAATCAGAAAAAATCTATCCGAATTTCGCAGCCGA
TCGTCTGTGCCTCCTCCCTCCGACCACAGTTCTACACCTTCCTCTTCTTCGTCTTGGCAGCGTGGTGTCTCGTTTCAAGAGCTGTACAAGAATAATAGCATGAGAAAGGG
TGAGGACGGTAATGCACCTGCAAACTCGAAGGGAGGTGGCCGTATCAGTATGCCATTTGATTCTATTAAGGAGAGCTTACGGCAGGTGAGTTCAGCGAGAGGGATGCAAA
ATGAACTGAAGGTTGGGGATTCGTTGTCTTTATCGGCTTTTAAGGACAGCTTGAAATTGAAACCGTCGGACCCGGTGATGGGTGGGACAGAGAGGTTACCAGTAAAAGAT
GGGAAGAATGTGGGAATGAAGACGGAGTTTGTGAAGATGTATAGCTATGATGAATTGGGAAATAAGTTGAGAGCTCTGAGGCCAGATAATGAAAAAGGGAAGAATTGGTT
TTCATTGTCGGAGTTGAATGACAGGTTGGTGAAGCTTAGAACAATGGAGGAGAAGGAGACTGAGTCGAGAATTGGGGGGATTTCATTTCAGGATTTGAGAGCGAGCTTGA
TGCAGATGAAGATTTCTGATGATGAAAAGGCAAAGAAAGCTTCACTCCAGCGGCTCGATATCATGGGTCAGCTAGTTCGAACACCAAACTATATGCTAGAACCTCCAAAG
GAACATCTTGTTGAGAAGTATTTCCATCCGGATAACATGTCATCTGCGGAAAAGATGAAAATTGAGCTAGCAAAAGTTAGAGAAAAATTTAAAATGTCAGAATCGGACTG
TGGATCTGCTCGTGTTCAAGTTGCTCAACTGACAACTAAAATCAATCATCTAACTGCCGTTCTGCACAAGAAGGATAAGCATTCTAAGAAAGGTCTTCTTGCAATGGTAC
AACAGAGGAAAAAGCTACTGAAGTATCTTCGACGAACCGACTGGGATTCCTACTGTATGGTTCTTAACGCTCTTGGTCTTCGAGACAACCCGGATTACAAGGCCTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MALQLTFKPKNPKTLTNPSLIHLFSSNSSAPSDPNDETADTSTASPRSSISSYLSDVRARLKQDQQFSSSPTARRPADQFTSPLNRSTSPASKAASLEEIRKNLSEFRSR
SSVPPPSDHSSTPSSSSSWQRGVSFQELYKNNSMRKGEDGNAPANSKGGGRISMPFDSIKESLRQVSSARGMQNELKVGDSLSLSAFKDSLKLKPSDPVMGGTERLPVKD
GKNVGMKTEFVKMYSYDELGNKLRALRPDNEKGKNWFSLSELNDRLVKLRTMEEKETESRIGGISFQDLRASLMQMKISDDEKAKKASLQRLDIMGQLVRTPNYMLEPPK
EHLVEKYFHPDNMSSAEKMKIELAKVREKFKMSESDCGSARVQVAQLTTKINHLTAVLHKKDKHSKKGLLAMVQQRKKLLKYLRRTDWDSYCMVLNALGLRDNPDYKA

IVF0016559 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome