CuGenDBv2

Gene ID	IVF0017047
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	F-box protein skip8
Genome location	chr07:19603293..19606031
RNA-Seq Expression	IVF0017047
Synteny	IVF0017047
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

TYK16544.1 uncharacterized protein E5676_scaffold21G003600 [Cucumis melo var. makuwa]

9.04e-59

74.38

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XP_004148991.1 uncharacterized protein LOC101208661 isoform X2 [Cucumis sativus]

2.27e-48

67.09

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XP_008451929.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103493082 isoform X1 [Cucumis melo]

8.91e-75

76.88

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XP_008451930.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103493082 isoform X2 [Cucumis melo]

1.53e-54

70.99

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        VPGF   PIKAYRPCPGFVASG       + G+         GRTEASASVSRKDSS +  S
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XP_011653222.1 uncharacterized protein LOC101208661 isoform X1 [Cucumis sativus]

3.26e-49

66.88

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KUY4 Uncharacterized protein

2.2e-37

66.67

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A0A1S3BSL8 uncharacterized protein LOC103493082 isoform X2

2.5e-41

71.17

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A0A1S3BSP7 uncharacterized protein LOC103493082 isoform X1

2.5e-57

77.42

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A0A5D3D003 Uncharacterized protein

1.1e-44

74.38

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A0A6J1C7J9 uncharacterized protein LOC111008142

2.0e-25

55.17

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Query:  --GIQGGIATVPGFVGGPIKAYRPCPGFVASGA----DTSGTDKHGRGYIWRGRTEASASVSRKDSSRENTSSS
           IQGGIATVPGF   PIKAYRPCPGFVASG          D+   G    GRT+AS    RK+S  +  S +
Subjt:  --GIQGGIATVPGFVGGPIKAYRPCPGFVASGA----DTSGTDKHGRGYIWRGRTEASASVSRKDSSRENTSSS

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G42070.1 unknown protein

1.9e-04

34.34

Show/hide

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        M  ++ S+  P    F + SH+SR + +S  F     S   P   LS SSS SS        D ++  S       + +    +    IQGGIATVPGF 
Subjt:  MGTALLSVPAP----FFHSSHRSR-FTTSLPF-----SSSRPTTFLSSSSSSSSASVV----DEEINSSSPDQLSLQSESDPDDSSFGIQGGIATVPGFV

Query:  GGPIKAYRPCPGFVASGAD----TSGTDKHGRGYIWRGRTEASASVSRKDSSRENTSSSTGKPTGT
          PIKAYRPCP FV +G          D+   G   RG +++S SV   DS    T     KPT +
Subjt:  GGPIKAYRPCPGFVASGAD----TSGTDKHGRGYIWRGRTEASASVSRKDSSRENTSSSTGKPTGT

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGAACTGCTCTTCTCTCAGTTCCTGCCCCATTCTTCCATTCCTCCCATCGTTCCCGATTCACCACTTCACTCCCATTTTCATCATCTAGGCCCACCACCTTCCTCTC
TTCTTCCTCCTCTTCTTCTTCAGCTTCGGTTGTTGATGAAGAAATCAATTCTTCTTCCCCAGATCAACTCTCTCTTCAATCTGAATCTGACCCAGATGATTCTTCCTTCG
GGATACAAGGTGGAATTGCAACAGTTCCTGGTTTTGTTGGTGGGCCTATAAAGGCATACAGGCCTTGTCCTGGATTCGTAGCATCAGGTGCAGATACAAGCGGCACGGAC
AAGCATGGACGAGGTTACATCTGGAGGGGGAGGACTGAAGCCTCTGCCAGTGTTAGTAGAAAGGACTCGTCGAGGGAAAATACCTCGTCCTCCACCGGGAAACCAACAGG
AACAGTACTGGAAGGGAGAGGACTCTCTTCTTCGATCTACATTGATCAATAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGTALLSVPAPFFHSSHRSRFTTSLPFSSSRPTTFLSSSSSSSSASVVDEEINSSSPDQLSLQSESDPDDSSFGIQGGIATVPGFVGGPIKAYRPCPGFVASGADTSGTD
KHGRGYIWRGRTEASASVSRKDSSRENTSSSTGKPTGTVLEGRGLSSSIYIDQ

IVF0017047 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome