; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0017053 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0017053
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr12:19981428..19982739
RNA-Seq ExpressionIVF0017053
SyntenyIVF0017053
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
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GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
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GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.3e-14797.36Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic1.7e-14090.19Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)4.0e-14294.12Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.1e-14293.94Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic5.2e-14290.57Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic4.0e-14291.76Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 36.3e-13586.89Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 26.3e-13586.89Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+ G+ RV MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.7e-13587.27Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+ G+ RV MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B27.0e-13486.89Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++ G+ RV MRK+ AK    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B12.3e-13787.59Show/hide
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        MAASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+FG  R+ MRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNSRVNMRKSAAKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCTCAACCATGGCTCTATCCTCGCCCTCTCTCGCCGGAAAAGCGGTGAAACTTACGCCTTCTTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACAGCAGAGTCAACATGAGGAA
ATCTGCCGCCAAGTCAGTTTCTTCTGGAAGCCCGTGGTACGGACCTGACCGTGTTAAGTATTTGGGCCCATTCTCCGGTGAGCCTCCATCCTATCTTACTGGAGAATTCC
CCGGTGACTATGGTTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAGACTTTTGCCAAGAACCGTGAACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGAGCATTG
GGTTGCGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCCCGTAATGGTGTGAAGTTCGGAGAAGCAGTATGGTTCAAAGCCGGTTCTCAGATTTTCAGCGAAGGTGGACTCGACTACTTAGG
AAACCCAAGTTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCCCAAGTTGTTCTCATGGGGGCCGTCGAGGGATACCGTATTGCCGGTGGTCCACTAGGGGAGG
TGACCGATCCCATCTACCCAGGCGGTAGCTTTGACCCATTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGCTCAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGACGATTGGCT
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCTATCGTCACCGGAAAGGGTCCACTAGAGAATCTTGCTGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTA
CGCTACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAGCCTCAACCATGGCTCTATCCTCGCCCTCTCTCGCCGGAAAAGCGGTGAAACTTACGCCTTCTTCCCCCGAGCTTTTCGGCAACAGCAGAGTCAACATGAGGAA
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CCGGTGACTATGGTTGGGATACTGCTGGACTTTCTGCTGATCCTGAGACTTTTGCCAAGAACCGTGAACTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGCTTGGAGCATTG
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TGACCGATCCCATCTACCCAGGCGGTAGCTTTGACCCATTGGGACTTGCAGATGACCCGGAAGCCTTTGCAGAGCTCAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGACGATTGGCT
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CGCTACCAACTTTGTTCCTGGAAAATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELFGNSRVNMRKSAAKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK