; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0017165 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0017165
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr08:1112867..1113664
RNA-Seq ExpressionIVF0017165
SyntenyIVF0017165
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A0A0KKK7 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.3e-14796.6Show/hide
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A0A1S3AZW8 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.5e-152100Show/hide
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A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.4e-15099.25Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.4e-15099.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic2.8e-14392.13Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)1.7e-14596.47Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic2.5e-14493.94Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic1.1e-14491.7Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.2e-14392.13Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 34.0e-13788.39Show/hide
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 24.0e-13788.39Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAV LSP A E+ G+GR+TMRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.0e-13788.76Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAVKLSP A E+ G+GR+TMRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B27.5e-13688.01Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P A ++ G+GR+TMRKT  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGTGRITMRKTATKPVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B12.8e-13889.47Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGTGRITMRKTATKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKLSP A E+ GTGRITMRK +     SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGTGRITMRKTATKPVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHL+DPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCCTCTACAATGGCTCTTTCTTCTCCATCTCTGGCCGGCAAGGCCGTGAAGCTCTCCCCCAATGCCCCTGAAATTCAGGGAACTGGAAGAATCACCATGAGGAA
AACTGCCACCAAGCCAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAGTACTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCACCATCCTACCTTACCGGAGAGTTCC
CCGGTGACTACGGCTGGGACACTGCTGGACTTTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGGTGTGTCTTCCCTGAGCTTTTGTCTCGCAATGGTGTGAAGTTTGGTGAAGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGATCACAGATCTTCAGCGAGGGCGGGCTTGACTACTTGGG
CAACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAGGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGGGTTACCGTATTGCTGGCGGCCCACTCGGAGAGG
TGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTTGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAATTGAAGGTTAAGGAGTTGAAGAATGGAAGGTTGGCT
ATGTTTTCCATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCCATTGTTACAGGAAAGGGTCCTTTGGAAAACTTGGCTGACCACCTTTCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCATA
TGCCACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGCCACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLSDPVNNNAWAYATNFVPGK