; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0018334 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0018334
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionCollagen triple helix repeat
Genome locationchr12:10782622..10783197
RNA-Seq ExpressionIVF0018334
SyntenyIVF0018334
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
CAB4124396.1 Collagen triple helix repeat, partial [uncultured Caudovirales phage]8.13e-0938.3Show/hide
Query:  EGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIESKEGTFGIGMFGIV---
        +GT+G  T G + + G+ G +GTSG  T G + + G  G++G  G GT G V     G  G+ G +GT G    G+ GT G    +GT G G  G V   
Subjt:  EGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIESKEGTFGIGMFGIV---

Query:  ----TGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG
            T G LGT G  G +GT G  T G +G +G +  GT+G
Subjt:  ----TGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG

CAB4159571.1 Collagen triple helix repeat, partial [uncultured Caudovirales phage]3.70e-1045.39Show/hide
Query:  GKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIESKEGT
        G       GT GI + G   TSGI+G+ GTSG    G   TSGI+G+ G SGI GTSG  T GI G SG  G +G+ G      TDG  G+SGI+   GT
Subjt:  GKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIESKEGT

Query:  FGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND
         G+    G  GI   G  GT+GI+G  GT G  T G  G  G   DGT G D
Subjt:  FGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND

NBR25198.1 calcium-binding protein [Micrococcales bacterium]8.62e-1044.51Show/hide
Query:  GITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKV----TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILG
        G  G  G  G S   ++GT G  T GI  TSG  G +GTSG  T GI  TSG++G  G SG+ GTSG      T G  G+SG+ G  GT G+  T GI G
Subjt:  GITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKV----TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILG

Query:  TSGIESKEGTFGI-GMFGIV----TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEGND
        TSG    +GT GI G  GI     T G+ GT+G +G  GT G+  T G  G  G  ++GT G D
Subjt:  TSGIESKEGTFGI-GMFGIV----TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEGND

TMW66081.1 hypothetical protein Poli38472_003846 [Pythium oligandrum]3.69e-0939.22Show/hide
Query:  GITGILGR-------GGKSVDRIEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSGKV-TGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFG-IVTD
        G+TG++G        GG  V  + G +G++ TGG+L  SG+ G  G  G + TGG+L  SG+ G  G+ G+      TGG+LG SG+    G  G + T 
Subjt:  GITGILGR-------GGKSVDRIEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSGKV-TGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFG-IVTD

Query:  GILGTSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRG
        G+LG SG+    G  G     + TGGVLG +G+ G  G  G++ TGG+LG  G
Subjt:  GILGTSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRG

XP_031739036.1 collagen alpha-1(IV) chain [Cucumis sativus]7.31e-2155.7Show/hide
Query:  MLGI--TGILGRGGKSVDRIEGTLG-IVTGG-ILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILG
        M GI  TGILGRGGKSVD IEGT+G IV GG IL  +GIE NEGT G + GG L T G EGN+G  GI       GG LGM G E NEG  GI+  G LG
Subjt:  MLGI--TGILGRGGKSVDRIEGTLG-IVTGG-ILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILG

Query:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND
        T G +  EGT GI       GG LGT G EGN+GT GI    M GR G +  G+EGN+
Subjt:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LY65 Uncharacterized protein8.5e-1853.16Show/hide
Query:  MLGI--TGILGRGGKSVDRIEGTLG--IVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILG
        M GI  TGILGRGGKSVD IEGT+G  +V G IL  +GIE NEGT G + GG L T G EGN+G  G      V GG LG  G EGNEGT G++  G LG
Subjt:  MLGI--TGILGRGGKSVDRIEGTLG--IVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILG

Query:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTG--GMLGRRGELIDGTEG
        T G +  EGT GI       GG LGT G EGN+GT G++ G  G +G +G   +GT G
Subjt:  TSGIESKEGTFGIGMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTG--GMLGRRGELIDGTEG

A0A0F8AK28 Spectrin beta chain, brain 11.1e-0947.34Show/hide
Query:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKV-TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-------TDG
        +G  GI+   G  ++ IEGT+G V  GI+ T GIEG EGT G V  GI+ T GIEG +G   +GT G V T GI+G+ GIEG  GT G V       T G
Subjt:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKV-TGGILGMSGIEGNEGTFGIV-------TDG

Query:  ILGTSGIESKEGTFG-IGMFGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-------TGGMLGRRG-ELIDGTEG
        I+G  GIE   GT G +G+ GIV T G++G  GIEG  GT G V       T G++G  G E I GT G
Subjt:  ILGTSGIESKEGTFG-IGMFGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-------TGGMLGRRG-ELIDGTEG

A0A4Z0R0A4 Collagen-like protein (Fragment)5.0e-1049.65Show/hide
Query:  IEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSG-KVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSG-KVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILGTSGIESKEGTFGI-GM
        I+GT GI  T GI  T GI+G +GT G + T GI  T GI+G +G  GI GT G + T GI G  GI+G +G  GI  T GI GT GI+  +GT GI G 
Subjt:  IEGTLGIV-TGGILETSGIEGNEGTSG-KVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSG-KVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV-TDGILGTSGIESKEGTFGI-GM

Query:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG
         GI  T G+ GT GI+G +GT GI  T G+ G +G  I GT+G
Subjt:  FGIV-TGGVLGTNGIEGNKGTFGIV-TGGMLGRRGELIDGTEG

A0A6J5KT28 Collagen triple helix repeat3.6e-0836.71Show/hide
Query:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIE
        +G  G+ G  G      +GT+G  T G + + G+ G +GTSG  T G + + G  G++G  G GT G V     G  G+ G +GT G    G+ GT G  
Subjt:  LGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIE

Query:  SKEGTFGIGMFGIV-------TGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG
          +GT G G  G V       T G LGT G  G +GT G  T G +G +G +  GT+G
Subjt:  SKEGTFGIGMFGIV-------TGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEG

A0A6J5NQC0 Collagen triple helix repeat (Fragment)1.9e-0943.95Show/hide
Query:  ILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIE
        +    G       GT GI + G   TSGI+G+ GTSG    G   TSGI+G+ G SGI GTSG  T GI G SG  G +G+ G      TDG  G+SGI+
Subjt:  ILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGI-GTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIV----TDGILGTSGIE

Query:  SKEGTFGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND
           GT G+    G  GI   G  GT+GI+G  GT G  T G  G  G   DGT G D
Subjt:  SKEGTFGI----GMFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGND

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCTCGGGATAACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGAAAATCGGTGGATAGAATAGAAGGAACGTTGGGGATAGTAACAGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATCGAAGG
CAATGAAGGAACGTCCGGGAAAGTAACGGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATTGAAGGCAATAAAGGAATGTCTGGGATAGGAACGTCCGGGAAAGTAACAGGTGGAA
TATTAGGGATGAGTGGAATCGAAGGTAATGAAGGAACGTTCGGGATAGTAACGGATGGAATATTAGGGACGAGTGGAATCGAAAGCAAAGAAGGAACGTTCGGGATAGGA
ATGTTTGGAATAGTAACAGGTGGAGTATTAGGCACGAATGGAATCGAAGGCAATAAAGGAACGTTTGGGATAGTAACCGGTGGAATGTTAGGGAGGAGAGGTGAACTGAT
TGATGGAACAGAAGGCAATGATTGTTGGAGATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCTCGGGATAACTGGAATATTAGGAAGGGGAGGAAAATCGGTGGATAGAATAGAAGGAACGTTGGGGATAGTAACAGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATCGAAGG
CAATGAAGGAACGTCCGGGAAAGTAACGGGTGGAATATTAGAGACAAGTGGAATTGAAGGCAATAAAGGAATGTCTGGGATAGGAACGTCCGGGAAAGTAACAGGTGGAA
TATTAGGGATGAGTGGAATCGAAGGTAATGAAGGAACGTTCGGGATAGTAACGGATGGAATATTAGGGACGAGTGGAATCGAAAGCAAAGAAGGAACGTTCGGGATAGGA
ATGTTTGGAATAGTAACAGGTGGAGTATTAGGCACGAATGGAATCGAAGGCAATAAAGGAACGTTTGGGATAGTAACCGGTGGAATGTTAGGGAGGAGAGGTGAACTGAT
TGATGGAACAGAAGGCAATGATTGTTGGAGATGACGTCCTGCTTCACTCCCTTTGATGGTTGTTGATGATAGAGTTATAAATACAAGAACAAGGATTAAGAAGCTTTTAT
CGGAAGCCATGATAGATAAATGTTTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLGITGILGRGGKSVDRIEGTLGIVTGGILETSGIEGNEGTSGKVTGGILETSGIEGNKGMSGIGTSGKVTGGILGMSGIEGNEGTFGIVTDGILGTSGIESKEGTFGIG
MFGIVTGGVLGTNGIEGNKGTFGIVTGGMLGRRGELIDGTEGNDCWR