; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0019887 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0019887
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr08:1114887..1116223
RNA-Seq ExpressionIVF0019887
SyntenyIVF0019887
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
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GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
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GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A1S3AZZ0 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.7e-151100Show/hide
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A0A5D3CNU3 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.7e-151100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic6.2e-14392.08Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.0e-14697.25Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic8.6e-14594.32Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic4.3e-14491.7Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic3.3e-14492.51Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 31.5e-13688.39Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 21.5e-13688.39Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAV LSP A E+ G+GR+TMRKT  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 14.0e-13788.76Show/hide
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        MAASTMALSSP+ AGKAVKLSP A E+ G+GR+TMRKT  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B22.8e-13588.01Show/hide
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        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P A ++ G+GR+TMRKT  K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B17.2e-13989.85Show/hide
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        MAASTMALSSP+L GKAVKLSP A E+ GTGRITMRK +  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGTGRITMRKTATKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEVTDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCTTCTACAATGGCTCTTTCCTCCCCATCTCTGGCCGGCAAAGCCGTGAAACTCTCCCCCAATGCCCCTGAAATTCAGGGAACTGGAAGAATCACCATGAGGAA
AACTGCCACCAAGTCAGTTTCCTCCGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAATACTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCACCATCCTACCTAACCGGAGAGTTCC
CTGGTGACTACGGATGGGACACTGCTGGACTCTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTG
GGGTGCGTTTTCCCTGAGCTTTTGTCTCGCAATGGTGTGAAGTTCGGTGAAGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGGTCTCAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGG
CAACCCTAGCTTGGTCCACGCTCAGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAGGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGGGTTACCGTATTGCCGGCGGCCCGCTCGGGGAGG
TGACTGACCCCATCTACCCAGGTGGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAGTTGAAGGTTAAGGAGCTGAAGAATGGAAGGTTGGCT
ATGTTCTCCATGTTTGGATTCTTTGTTCAGGCTATTGTTACCGGAAAGGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGATCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCCTA
CGCTACAAACTTTGTTCCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTCAAAGAAATCTTAGGAAGTAATCAATTTCTGTTTATTCAAGATGTAGCCTCCCAAAAGAAAAATACATCACATCAAATTCAAACAAAAATATCTACAGCTAGCAAAAC
CTCAAACCGTTAAAATTTCAAGCCACATAAATGAAATTTTCATCTGAAAAAAGGACAATCTATCTAGACGTTAGATTTCAGCCCTAATATGAATCTGAAGCATTTGGTGG
ACGAGAAAGAGCCATGTAGGAATGCATCAAACAAAGGAAAAATCTTTGAACTCCAATGGGATTGAAGATACAGATACCAATGGATAAGAATCTGTTCTCTTTGCCCACTA
TTTAAACTCACCAAACCCACCAGTATCTTCCTCACCACAAAATACATTCCACCGTTGATCACAAGCCTTATTCCACCACCTCCAACAATGGCTGCTTCTACAATGGCTCT
TTCCTCCCCATCTCTGGCCGGCAAAGCCGTGAAACTCTCCCCCAATGCCCCTGAAATTCAGGGAACTGGAAGAATCACCATGAGGAAAACTGCCACCAAGTCAGTTTCCT
CCGGCAGCCCATGGTACGGCCCCGACCGTGTCAAATACTTGGGCCCATTCTCTGGTGAGCCACCATCCTACCTAACCGGAGAGTTCCCTGGTGACTACGGATGGGACACT
GCTGGACTCTCAGCTGATCCCGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGTTGGAAGTGATCCACTCCAGATGGGCCATGCTTGGAGCTTTGGGGTGCGTTTTCCCTGAGCTTTT
GTCTCGCAATGGTGTGAAGTTCGGTGAAGCTGTGTGGTTCAAGGCTGGGTCTCAGATCTTCAGCGAAGGTGGGCTCGACTACTTGGGCAACCCTAGCTTGGTCCACGCTC
AGAGCATTTTGGCCATCTGGGCTTGCCAGGTTGTGTTGATGGGTGCCGTCGAGGGTTACCGTATTGCCGGCGGCCCGCTCGGGGAGGTGACTGACCCCATCTACCCAGGT
GGAAGCTTCGACCCATTGGGTTTGGCTGATGACCCAGAGGCCTTCGCTGAGTTGAAGGTTAAGGAGCTGAAGAATGGAAGGTTGGCTATGTTCTCCATGTTTGGATTCTT
TGTTCAGGCTATTGTTACCGGAAAGGGTCCATTGGAGAATTTGGCTGATCACCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCCTACGCTACAAACTTTGTTCCTGGAA
AGTGAGAAATACGTAGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACTAAAGAGAGTTTCTATGGTGTTGAATTATTATTTGTGGTGGTATTGTACATTAGTTGAAAATGAATGA
AGTGCTTTTGTGCTGCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLSPNAPEIQGTGRITMRKTATKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK