; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0021803 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0021803
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionRetrotransposable element Tf2
Genome locationchr11:7648062..7649374
RNA-Seq ExpressionIVF0021803
SyntenyIVF0021803
Gene Ontology termsGO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ADN34145.1 hypothetical protein [Cucumis melo subsp. melo]1.17e-7682.04Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSS+KGSARGRTNSTSSKG+  SSSSNS PSP  A QY M++GFT VTRSRSR S+I IGS TES+TPPRPSVNLI PS GV+QMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTR
         TTYSQAVT DKRFVPRPEIKSYFQK IVVYDPIIE EYQSLTLEE VSKIF +DFNFLPEDL+K +
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTR

KAA0026217.1 hypothetical protein E6C27_scaffold19G001920 [Cucumis melo var. makuwa]3.72e-7783.03Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKG+ARGRTNSTSSKGN  SSSSNSAPSP  ADQYAM++GFT VTRSRSR S I IG  TES+TPPRPS NLI P   VVQM+PPASPSSNR+SSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRK
         TTYSQAVTPDKRFVPRP+IK YFQK IVVYDP IELEYQSLTLEE VSKIF EDFNFLPEDLRK
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRK

KAA0043136.1 putative Retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]6.05e-8287.08Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSS KGSARGRTNSTSSKGN   SSSNSAPSP  ADQYAM++GFTTVTR  SRS  I IGS TES+TPPRPS NLI PSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTK
         TTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQK IVVYDPIIELEYQSLT EETVSKIF EDFNFL EDLRKTRKFYEFIL DTK
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTK

KAA0066384.1 hypothetical protein E6C27_scaffold21G004590 [Cucumis melo var. makuwa]5.65e-81100Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ
        STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ

TYJ98361.1 hypothetical protein E5676_scaffold232G00950 [Cucumis melo var. makuwa]4.14e-6748.55Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKGSARGRTNSTSSKGN  SSSSNSAPSP   DQYAM++G+TTV +SRS+SS I I S  ES+TPPRPSVNLIHP   V+QMR  ASPSSNRESST 
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTKSVEITHVPDKNGPSKIAYSKLN
         TTYSQAVTPDK+FVPR EIKSYFQK IV+YDPIIELEYQ                                               KNG          
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTKSVEITHVPDKNGPSKIAYSKLN

Query:  FFKAINPTHWNQEIFTEKSLSKPFVPQSFSYQDYIKAWYRMLVKSLKIKWWEKYNFQHATIKHIKEWFVENRYLQDIDQRKNAKFLNDKSKLLAAL----
                                                                                 LQDIDQRKNAKFLNDK K LAAL    
Subjt:  FFKAINPTHWNQEIFTEKSLSKPFVPQSFSYQDYIKAWYRMLVKSLKIKWWEKYNFQHATIKHIKEWFVENRYLQDIDQRKNAKFLNDKSKLLAAL----

Query:  ------RLLSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS
              RLLST VN SSSSK   S IQEDEEQVD EYDLDDPFLDS
Subjt:  ------RLLSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TM80 Putative Retrotransposon protein1.8e-7087.08Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSS KGSARGRTNSTSSKGN   SSSNSAPSP  ADQYAM++GFTTVTR  SRS  I IGS TES+TPPRPS NLI PSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTK
         TTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQK IVVYDPIIELEYQSLT EETVSKIF EDFNFL EDLRKTRKFYEFIL DTK
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTK

A0A5D3BI61 Uncharacterized protein2.4e-5448.55Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKGSARGRTNSTSSKGN  SSSSNSAPSP   DQYAM++G+TTV +SRS+SS I I S  ES+TPPRPSVNLIHP   V+QMR  ASPSSNRESST 
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTKSVEITHVPDKNGPSKIAYSKLN
         TTYSQAVTPDK+FVPR EIKSYFQK IV+YDPIIELEYQ                                               KNG          
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTKSVEITHVPDKNGPSKIAYSKLN

Query:  FFKAINPTHWNQEIFTEKSLSKPFVPQSFSYQDYIKAWYRMLVKSLKIKWWEKYNFQHATIKHIKEWFVENRYLQDIDQRKNAKFLNDKSKLLAAL----
                                                                                 LQDIDQRKNAKFLNDK K LAAL    
Subjt:  FFKAINPTHWNQEIFTEKSLSKPFVPQSFSYQDYIKAWYRMLVKSLKIKWWEKYNFQHATIKHIKEWFVENRYLQDIDQRKNAKFLNDKSKLLAAL----

Query:  ------RLLSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS
              RLLST VN SSSSK   S IQEDEEQVD EYDLDDPFLDS
Subjt:  ------RLLSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS

A0A5D3BPD3 Uncharacterized protein2.6e-64100Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ
        STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQ

A0A5D3BPD3 Uncharacterized protein1.9e-0689.47Show/hide
Query:  LSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS
        L   +NASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS
Subjt:  LSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLDDPFLDS

A0A5D3BPD3 Uncharacterized protein3.5e-6183.03Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSSKKG+ARGRTNSTSSKGN  SSSSNSAPSP  ADQYAM++GFT VTRSRSR S I IG  TES+TPPRPS NLI P   VVQM+PPASPSSNR+SSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRK
         TTYSQAVTPDKRFVPRP+IK YFQK IVVYDP IELEYQSLTLEE VSKIF EDFNFLPEDLRK
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRK

E5GCE6 Uncharacterized protein7.8e-6182.04Show/hide
Query:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP
        MSS+KGSARGRTNSTSSKG+  SSSSNS PSP  A QY M++GFT VTRSRSR S+I IGS TES+TPPRPSVNLI PS GV+QMRPPASPSSNRESSTP
Subjt:  MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTP

Query:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTR
         TTYSQAVT DKRFVPRPEIKSYFQK IVVYDPIIE EYQSLTLEE VSKIF +DFNFLPEDL+K +
Subjt:  STTYSQAVTPDKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTR

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTCGAAAAAAGGAAGTGCTAGAGGAAGAACAAACTCTACCTCTTCAAAGGGCAATCACGCATCTTCTTCTTCTAATTCTGCACCTTCACCTACGGGTGCAGATCA
ATATGCAATGGAAGTAGGGTTTACCACAGTAACTCGATCCAGATCAAGATCGTCCAACATACGAATTGGGTCTCTCACGGAGTCAACAACTCCACCTAGGCCTTCAGTCA
ATCTTATCCATCCTTCTAGCGGAGTTGTTCAAATGAGGCCTCCTGCCTCTCCTTCATCAAATAGGGAGTCTTCTACTCCTTCTACAACTTATTCTCAGGCTGTCACTCCC
GATAAACGATTTGTACCAAGACCCGAGATCAAATCTTATTTTCAAAAGCTTATCGTTGTTTATGATCCTATCATAGAACTCGAATATCAAAGTCTCACTTTAGAAGAGAC
AGTTTCAAAAATCTTTACAGAGGACTTTAATTTTCTTCCTGAAGACCTCAGAAAAACAAGAAAATTTTATGAGTTTATTTTAGTAGACACAAAGTCTGTAGAAATAACTC
ATGTTCCAGACAAAAATGGTCCTTCAAAAATTGCTTATTCAAAATTAAACTTTTTTAAAGCAATCAATCCAACTCATTGGAATCAAGAAATTTTTACAGAAAAATCCCTT
TCGAAACCTTTTGTTCCTCAATCCTTCTCATACCAAGATTATATCAAAGCTTGGTATAGAATGTTGGTTAAAAGCCTAAAAATCAAGTGGTGGGAAAAATACAATTTTCA
GCATGCCACCATCAAACACATAAAAGAATGGTTTGTAGAAAATAGATATCTACAGGACATTGATCAAAGAAAAAATGCCAAATTCTTAAATGACAAATCAAAACTCCTTG
CAGCACTCAGATTATTATCAACAACAGTAAATGCTTCTTCTTCTTCTAAGTCACCATCTTCTTCCATACAAGAAGACGAAGAACAAGTAGATCCAGAATATGATCTAGAT
GATCCATTTCTCGACTCATAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAGTTCGAAAAAAGGAAGTGCTAGAGGAAGAACAAACTCTACCTCTTCAAAGGGCAATCACGCATCTTCTTCTTCTAATTCTGCACCTTCACCTACGGGTGCAGATCA
ATATGCAATGGAAGTAGGGTTTACCACAGTAACTCGATCCAGATCAAGATCGTCCAACATACGAATTGGGTCTCTCACGGAGTCAACAACTCCACCTAGGCCTTCAGTCA
ATCTTATCCATCCTTCTAGCGGAGTTGTTCAAATGAGGCCTCCTGCCTCTCCTTCATCAAATAGGGAGTCTTCTACTCCTTCTACAACTTATTCTCAGGCTGTCACTCCC
GATAAACGATTTGTACCAAGACCCGAGATCAAATCTTATTTTCAAAAGCTTATCGTTGTTTATGATCCTATCATAGAACTCGAATATCAAAGTCTCACTTTAGAAGAGAC
AGTTTCAAAAATCTTTACAGAGGACTTTAATTTTCTTCCTGAAGACCTCAGAAAAACAAGAAAATTTTATGAGTTTATTTTAGTAGACACAAAGTCTGTAGAAATAACTC
ATGTTCCAGACAAAAATGGTCCTTCAAAAATTGCTTATTCAAAATTAAACTTTTTTAAAGCAATCAATCCAACTCATTGGAATCAAGAAATTTTTACAGAAAAATCCCTT
TCGAAACCTTTTGTTCCTCAATCCTTCTCATACCAAGATTATATCAAAGCTTGGTATAGAATGTTGGTTAAAAGCCTAAAAATCAAGTGGTGGGAAAAATACAATTTTCA
GCATGCCACCATCAAACACATAAAAGAATGGTTTGTAGAAAATAGATATCTACAGGACATTGATCAAAGAAAAAATGCCAAATTCTTAAATGACAAATCAAAACTCCTTG
CAGCACTCAGATTATTATCAACAACAGTAAATGCTTCTTCTTCTTCTAAGTCACCATCTTCTTCCATACAAGAAGACGAAGAACAAGTAGATCCAGAATATGATCTAGAT
GATCCATTTCTCGACTCATAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSSKKGSARGRTNSTSSKGNHASSSSNSAPSPTGADQYAMEVGFTTVTRSRSRSSNIRIGSLTESTTPPRPSVNLIHPSSGVVQMRPPASPSSNRESSTPSTTYSQAVTP
DKRFVPRPEIKSYFQKLIVVYDPIIELEYQSLTLEETVSKIFTEDFNFLPEDLRKTRKFYEFILVDTKSVEITHVPDKNGPSKIAYSKLNFFKAINPTHWNQEIFTEKSL
SKPFVPQSFSYQDYIKAWYRMLVKSLKIKWWEKYNFQHATIKHIKEWFVENRYLQDIDQRKNAKFLNDKSKLLAALRLLSTTVNASSSSKSPSSSIQEDEEQVDPEYDLD
DPFLDS