CuGenDBv2

Gene ID	IVF0024200
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3
Genome location	chr11:17862131..17863348
RNA-Seq Expression	IVF0024200
Synteny	IVF0024200
Gene Ontology terms	GO:0016320 - endoplasmic reticulum membrane fusion (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0005789 - endoplasmic reticulum membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domains	IPR008803 - RHD3/Sey1 IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase IPR030386 - GB1/RHD3-type guanine nucleotide-binding (G) domain

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

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Alignment

KAF5466454.1 hypothetical protein F2P56_016377, partial [Juglans regia]

3.90e-55

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KAG5000672.1 hypothetical protein JHK87_021744 [Glycine soja]

1.90e-54

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MCH81464.1 ROOT HAIR defective 3 GTP-binding family protein [Trifolium medium]

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PKI62324.1 hypothetical protein CRG98_017325 [Punica granatum]

8.50e-56

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XP_029129067.1 protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 1 [Cajanus cajan]

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e value

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A0A1U8AA95 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog

3.7e-45

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A0A445JH49 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog

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A0A445JH51 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog

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A0A6J1D092 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog

4.8e-45

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I1KUU5 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog

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SwissProt top hits

e value

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P93042 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3

4.2e-46

78.45

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Q0JLS6 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3

5.1e-44

76.72

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Q2QMH2 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 1

6.0e-45

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Q9FKE9 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 2

1.8e-41

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Q9SSN0 Protein ROOT HAIR DEFECTIVE 3 homolog 1

3.2e-46

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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G72960.1 Root hair defective 3 GTP-binding protein (RHD3)

2.3e-47

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AT3G13870.1 Root hair defective 3 GTP-binding protein (RHD3)

3.0e-47

78.45

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AT3G13870.2 Root hair defective 3 GTP-binding protein (RHD3)

6.0e-32

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AT5G45160.1 Root hair defective 3 GTP-binding protein (RHD3)

1.3e-42

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Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGGCCCTCAAAGTAGTGGGAAGAGTACACTACTAAATAATATGTTTGGAACCAACTTCAGAGAGATAGATGCTTTTAAAGGGAGGTCGCAAACAACTAAAGGTATATG
GTTGGCTAGATGCGCCGACATTGAGCCTTGTACACTTGTGATGAATTTGGAAGGAACTGATGGAAGAGAGCGAGGGAGGTGCATTTCTATGCCCTTTTTGGACGACACTG
CATTTGAGAAGCAAAGTGCCCTCTTTGTGCTTGCCGTATGGTGTCACGATATTGGCCGTGAGCAGGCTGCAAATAAGCCTCTCCTCAAAACTGTATTTCAGGTATTCCCT
TTAATCTGGTTGGGGGACATGGTGTATCTTTTATAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MGPQSSGKSTLLNNMFGTNFREIDAFKGRSQTTKGIWLARCADIEPCTLVMNLEGTDGRERGRCISMPFLDDTAFEKQSALFVLAVWCHDIGREQAANKPLLKTVFQVFP
LIWLGDMVYLL

IVF0024200 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome