; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0024206 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0024206
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Descriptionpre-rRNA-processing protein TSR2 homolog
Genome locationtig00007311_ERROPOS1150197+:292840..294882
RNA-Seq ExpressionIVF0024206
SyntenyIVF0024206
Gene Ontology termsGO:0000462 - maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
InterPro domainsIPR019398 - Pre-rRNA-processing protein TSR2


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004134444.1 pre-rRNA-processing protein TSR2 isoform X2 [Cucumis sativus]9.96e-7198.18Show/hide
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XP_011650975.1 pre-rRNA-processing protein TSR2 isoform X1 [Cucumis sativus]6.96e-6997.3Show/hide
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XP_038881388.1 pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog [Benincasa hispida]1.31e-6694.55Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L7I9 Uncharacterized protein2.1e-5398.18Show/hide
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A0A1S3AWZ6 pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog isoform X22.5e-54100Show/hide
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A0A1S3AX32 pre-rRNA-processing protein TSR2 isoform X16.2e-5399.1Show/hide
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A0A5D3D3A3 Pre-rRNA-processing protein TSR2-like protein isoform X22.5e-54100Show/hide
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A0A6J1C959 pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog1.9e-4991.89Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q06672 Pre-rRNA-processing protein TSR24.2e-0633Show/hide
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        ++ +S V  +WD L +A+EN WGG DS +K   +   V   F   K    V D   L+ ETLL +    F T +ED S   +A +++ IY +   + Y +
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Q3KRG3 Pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog9.3e-0630.23Show/hide
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Q3T090 Pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog1.4e-0633.33Show/hide
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Q8C8T8 Pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog6.5e-0734.52Show/hide
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Q969E8 Pre-rRNA-processing protein TSR2 homolog7.2e-0633.73Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G22510.1 Pre-rRNA-processing protein TSR2, conserved region1.2e-2460.64Show/hide
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AT5G27990.1 Pre-rRNA-processing protein TSR2, conserved region9.0e-1241.76Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CATTGAAAATCAATGGGGAGGTCGCGACTCTCACCAAAAATCACTGAATCTCGTCTCAGATGTCTTCTCTTGGTTCTCTTATTCCAAACCTCCTTTATACGTGGAAGATC
TGGAAAATTTGCTCCATGAAACTCTATTGCTCTCCTTCAACACCGAGATTGAAGACGGCAGCATCGAACAGGTAGCAGAACAATTGATGATGATATACGAGGAAAATTTG
CAAATCCCTTATAGGAGAACTAGGGGTAGTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAGCCAATTGATGGATTAACCTCAACCAATTACAAGGCGGGATCTGTCTCCAGCCTCCAAATGGCCATTTCATCAGTGTTTTCACGGTGGGACGGCCTTCAAATGGC
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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QIPYRRTRGS