; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

IVF0024447 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome

Gene IDIVF0024447
OrganismCucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr04:13904297..13905589
RNA-Seq ExpressionIVF0024447
SyntenyIVF0024447
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004148579.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Cucumis sativus]3.26e-18998.11Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic6.4e-151100Show/hide
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A0A6J1J722 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic7.3e-14796.23Show/hide
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A0A6J1KEF6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic4.3e-14796.6Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic1.9e-13186.52Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)3.7e-13288.03Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.1e-13187.55Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic1.2e-13085.93Show/hide
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P27497 Chlorophyll a-b binding protein M9, chloroplastic2.1e-13085.82Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 33.2e-12683.15Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGV FGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 23.2e-12683.15Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GR++MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVNFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGV FGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 12.4e-12683.15Show/hide
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        + MALSS  F GK V L   +  +S V  +GR++MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGV FGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.1e-12683.52Show/hide
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        + MALSS  F GK V        +S V  +GR++MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVNFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGV FGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B18.9e-12984.59Show/hide
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        + MALSS   TGK V L   +  +S V   GRI+MRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKVVPLNAPTELSSSVRSNGRISMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVNFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGV FGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVNFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCATCCTCGGTTCGAAGCAACGGTAGAATCTCAATGAGGAA
ATCCGGAAAGCCAGCAGCTTCCTCAGGCAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCC
CTGGTGACTATGGTTGGGACACTGCAGGTCTATCAGCTGACCCAGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTATTCCCTGAGCTTCTTTCAAGAAATGGAGTCAACTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTTAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTATTCATGCACAGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCACTTGGAGAGA
TTACCGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTTGGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGTCGTCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTTGGGTTTTTCGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGAAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GCCTGTGAATATTTTCTTGGTGTCACCTTGAGGACCACTATAGATTAGTTATTATTCACAAGATTAATATTCTAATCAGTTAGAAGAAATCTCTAATGGTTCCTTGATTG
GTTGAGTGAGATAATGAAGATTGTGGAGTTTTAGATATCTTCTCATCAACCAATTAGAAGAGGATGAAGTTCCACAAAGGATAGACTTTGTGGGACTCACCAGACACTAT
ATAAGTAGATTCCATACTTTCATGGATTTTCATCAATAACTCAGCACTTACGAGGACTTACTTCCTTTGAGTTGAAGTTGGTAGGCAATGGCAGCCATGGCTCTTTCATC
TACATTCACAGGAAAAGTTGTTCCTTTGAATGCACCTACCGAGCTCTCATCCTCGGTTCGAAGCAACGGTAGAATCTCAATGAGGAAATCCGGAAAGCCAGCAGCTTCCT
CAGGCAGCCCATGGTATGGTCCCGACCGTGTCAAGTACCTTGGACCGTTCTCTGGTGAGCCTCCATCTTACCTCAAAGGTGAATTCCCTGGTGACTATGGTTGGGACACT
GCAGGTCTATCAGCTGACCCAGAGACATTTGCCAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTAGGATGTGTATTCCCTGAGCTTCT
TTCAAGAAATGGAGTCAACTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTTAGTGAGGGTGGCCTAGACTATCTTGGAAACCCAAGTCTTATTCATGCAC
AGAGCATTTTGGCAATTTGGGCATCTCAAGTAGTGTTAATGGGTGCTGTTGAAGGTTACCGTATTGCCGGAGGACCACTTGGAGAGATTACCGATCCCATCTACCCAGGT
GGTAGCTTTGATCCCCTTGGGTTGGCTGATGATCCAGAGGCATTTGCAGAACTTAAGGTGAAAGAACTTAAGAATGGTCGTCTTGCAATGTTTTCCATGTTTGGGTTTTT
CGTACAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCTTTGGAGAACCTTGCAGACCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTATGCTACCAACTTTGTACCTGGAA
AGTGAAATTACTATGTAATGTTCAAACAAGCTTTCAATTTCACTACGGTGTTAGCTTGTAAAATGTAAAATGTACAATCAAAATGTTGAAAATCAACAATCAATGTTATA
ATCACTGAAACTATCTCGAGCAAGTTAGTGTTTGATTGATCCATTAAAAGAACAGAAAATATATATATAAACCATTGACAGAC
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAAMALSSTFTGKVVPLNAPTELSSSVRSNGRISMRKSGKPAASSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVNFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK