CuGenDBv2

Gene ID	IVF0024638
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Protein TIC 214
Genome location	chr03:17501868..17502068
RNA-Seq Expression	IVF0024638
Synteny	IVF0024638
Gene Ontology terms	GO:0015031 - protein transport (biological process) GO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR008896 - Protein TIC214

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

AEK71472.1 hypothetical chloroplast RF1, partial [Crossosoma californicum]

5.58e-24

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK+FILGNLVSLCMKII   +  GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEKKV+ATTGFI G
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

AWT40616.1 hypothetical chloroplast RF1 [Cercis chuniana]

8.67e-24

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK FIL NLVSLCMKII   +  GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

OWK25800.1 hypothetical protein AJ87_01050 [Rhizobium yanglingense]

1.62e-24

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MI K FILGNLVSLCMKII   +  GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

QCY72794.1 hypothetical chloroplast RF19 [Calycanthus chinensis]

4.77e-24

79.1

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII   +  GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

QWK41144.1 hypothetical chloroplast RF1 [Platanus x hispanica]

9.08e-24

79.1

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII   +  GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLF-GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0P0KCU6 Protein TIC 214

3.6e-18

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILKYFILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRAR+   G EKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A0A3G1VXN6 Protein TIC 214

3.6e-18

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILKYFILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRAR+   G EKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A0A3G1W0L2 Protein TIC 214

3.6e-18

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILKYFILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRAR+   G EKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A0A3G1W2D0 Protein TIC 214

3.6e-18

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILKYFILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRAR+   G EKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A0A3G1W4W1 Protein TIC 214

3.6e-18

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILKYFILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRAR+   G EKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

A6MM95 Protein TIC 214

6.3e-20

80.6

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEKKV+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A6MN03 Protein TIC 214

1.8e-19

79.1

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

A8SEG5 Protein TIC 214

2.1e-20

82.09

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRS-LFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK FILGNLVSLCMKII  + + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIRS-LFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

Q06GT8 Protein TIC 214

1.8e-19

79.1

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

Q7YJS6 Protein TIC 214

1.8e-19

79.1

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG
        MILK F+LGNL+SLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV   GTEK+V+ATTGFITG
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G07739.1 Ycf1 protein

3.9e-17

71.43

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG
        M+ + FILGNLV LCMKII    + GLYYGFLTTFSIGP YLFLLRARV      GTEKKV+ATTGFI G
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG

ATCG01000.1 Ycf1 protein

1.6e-18

74.29

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG
        M+ + FILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV      GTEKKV+ATTGFI G
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG

ATCG01130.1 Ycf1 protein

1.6e-18

74.29

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG
        M+ + FILGNLVSLCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV      GTEKKV+ATTGFI G
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG

ATMG00370.1 Ycf1 protein

7.8e-18

72.86

Show/hide

Query:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG
        M+ + FILGNLV LCMKII    + GLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARV      GTEKKV+ATTGFI G
Subjt:  MILKYFILGNLVSLCMKIIIR-SLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYG---RGTEKKVAATTGFITG

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGATTTTAAAATATTTTATACTAGGTAATCTAGTATCCTTATGCATGAAGATAATCATTCGATCGTTGTTCGGACTCTATTATGGATTTCTGACCACATTCTCCATAGG
GCCCTCTTATCTCTTCCTTCTCCGAGCTCGGGTTTATGGAAGAGGAACCGAGAAGAAAGTAGCAGCAACAACAGGTTTTATTACGGGATAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MILKYFILGNLVSLCMKIIIRSLFGLYYGFLTTFSIGPSYLFLLRARVYGRGTEKKVAATTGFITG

IVF0024638 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome