CuGenDBv2

Gene ID	IVF0026515
Organism	Cucumis melo ssp. agrestis cv. IVF77 (Melon (IVF77) v1)
Description	Cytochrome c biogenesis protein CcsA
Genome location	tig00000662:37937..38908
RNA-Seq Expression	IVF0026515
Synteny	IVF0026515
Gene Ontology terms	GO:0017004 - cytochrome complex assembly (biological process) GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0020037 - heme binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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QHB76014.1 cytochrome c biogenesis protein [Cucumis melo subsp. melo]

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A0A249RXM9 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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Q09FZ7 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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Q09WW9 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

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        CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN
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Q0ZIW9 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

1.0e-144

81.11

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        MIF T EHILTHISFSV+SIVITI LITLL++E VGL  SSEKGMI TFFCITGLLVTRWIYL H PLSDLYESL+FLSW+ SIIH+  Y KK+KNHL  
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Query:  SAITAPSTIFTQGFATSGFLTEMHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYAALLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFGKNNNLLNALFSFDEIQYINEGNYFV
        SA+TAPS IFTQGFATSG LTEMHQS +LVPALQS WLMMHVSMMVLGYAALLCGSL SVAL+VITF++ IRI  KNN+ LN  FSFDEIQY+N+GN  +
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Query:  RNTSFFSSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVASMGFLIIWI
        +NTSF S +NYY++Q IQQLDHWSYR+ISLGF+FL+IGILSGAVWANE WGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKN +  NSAIVASMGFLIIWI
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Query:  CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN
        CYFGVNLLGIGLHSYGSFT +SN
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Q2QD41 Cytochrome c biogenesis protein CcsA

4.4e-175

97.83

Show/hide

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        MIF TFEHILTHISFSVISIVITIQLITLLINETVGLYVSSEKGMI TFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWA SIIHLF Y KKYKNHLSV
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        SAITAPSTIFTQGFATSGFLTEMHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYAALLCGSLFSVALIVITFQKAIRIF KNNNLLNALFSF+EIQYINEGNYFV
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Query:  RNTSFFSSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVASMGFLIIWI
        RNTSFFSSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVASMGFLIIWI
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        CYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

ATCG01040.1 Cytochrome C assembly protein

3.4e-122

70.03

Show/hide

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        MIF   EHILTHISFSV+SIV+TI  +TLL+N  E +G + SS+KG+I+TFF ITGLL+TRWIY  H PLS+LYESL+FLSWA SIIH+ +Y  K K   
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Query:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTEMHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYAALLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFG----KNNNLLNALFSFDEIQYIN
         ++ ITAPS IF QGFATSG L +M QS +LVPALQS WLMMHVSMM+LGY ALLCGSL S+AL+VITF+K    F     K N LLN LFSFD + YIN
Subjt:  SVSAITAPSTIFTQGFATSGFLTEMHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYAALLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFG----KNNNLLNALFSFDEIQYIN

Query:  EGNYFV--RNTSFFSSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVAS
        E N  +  +N +F  S+NYY+ QLIQQLD WS+RIISLGFIFL++GILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLH +TN+N  G+NSAIVA 
Subjt:  EGNYFV--RNTSFFSSKNYYKSQLIQQLDHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVAS

Query:  MGFLIIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT
        +GF++IWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT
Subjt:  MGFLIIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFT

Sequences

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CDS sequence

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ATGATATTTTTAACTTTCGAGCATATATTAACTCATATATCTTTTTCGGTCATTTCAATTGTCATTACAATTCAGTTAATAACCTTATTAATCAATGAAACCGTAGGACT
CTATGTTTCGTCAGAAAAGGGCATGATAGTTACTTTTTTCTGTATAACAGGATTATTAGTTACTCGTTGGATTTATTTGAGGCATTTACCATTAAGTGATTTATATGAAT
CATTACTATTTCTTTCATGGGCTTTATCCATTATTCATCTATTTGCTTATTTAAAAAAATATAAAAACCATTTAAGTGTAAGCGCAATAACCGCGCCAAGTACTATTTTT
ACACAAGGTTTTGCTACTTCAGGTTTTTTAACTGAAATGCATCAATCCCCACTATTAGTTCCCGCTCTCCAATCTCATTGGTTAATGATGCACGTAAGTATGATGGTATT
AGGTTATGCAGCTCTTTTATGTGGATCATTATTTTCAGTAGCTCTTATAGTGATTACATTTCAAAAAGCTATAAGAATTTTTGGTAAAAACAATAATTTATTAAATGCGT
TATTTTCCTTTGATGAGATCCAATACATCAACGAAGGGAACTATTTTGTAAGAAACACTTCCTTTTTTTCTTCGAAGAATTATTATAAGTCTCAACTGATTCAACAATTA
GATCATTGGAGTTATCGTATTATTAGTCTAGGGTTTATCTTTTTAAGCATAGGTATTCTTTCAGGGGCAGTATGGGCTAATGAGACATGGGGATCGTATTGGAATTGGGA
CCCAAAGGAAACTTGGGCATTTATTACTTGGACGATATTTGCAATTTATTTACATACGCGAACAAATAAAAATTTTGAAGGTGTAAATTCCGCAATTGTGGCCTCTATGG
GTTTTCTTATAATTTGGATATGCTATTTTGGGGTCAATCTATTAGGGATAGGGCTACATAGTTATGGTTCATTTACATTAACATCTAATTGA

mRNA sequence

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Protein sequence

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MIFLTFEHILTHISFSVISIVITIQLITLLINETVGLYVSSEKGMIVTFFCITGLLVTRWIYLRHLPLSDLYESLLFLSWALSIIHLFAYLKKYKNHLSVSAITAPSTIF
TQGFATSGFLTEMHQSPLLVPALQSHWLMMHVSMMVLGYAALLCGSLFSVALIVITFQKAIRIFGKNNNLLNALFSFDEIQYINEGNYFVRNTSFFSSKNYYKSQLIQQL
DHWSYRIISLGFIFLSIGILSGAVWANETWGSYWNWDPKETWAFITWTIFAIYLHTRTNKNFEGVNSAIVASMGFLIIWICYFGVNLLGIGLHSYGSFTLTSN

IVF0026515 (gene) of Melon (IVF77) v1 genome